清世祖顺治十五年，明朝亡国公主长平率领朱崇权及常公公欲刺杀世祖，但朱崇权与常公公先后失手被擒，而长平公主亦被杞献唐将军斩断一臂，自身难保，正被大内高手重重围困，情急挟持康熙为人质，命令杞将军放走朱崇权与常公公，杞将军为保太子性命，让三人离去。康熙二十年，何元龙出使高丽，立功而返，听闻杞将军时迫害汉人，大为不满，伺机向康熙进言对汉人采用怀柔政策。杞将军密告康熙，谓何元龙贡品中欠一治国平天下的无敌天书，康熙闻言大怒，质问何元龙有关天书之事，何元龙知杞将军早有预谋，遂急返家告知家人收拾细软准备逃离，一面带书上朝，但天书内全无文字，康熙指何元龙欺君犯上，即命安大人抄其家，玉凤及时与母亲逃脱，何元龙则被收押天牢。玉凤匿藏安大人府中，但龙飞早已求神问卜得知安府不久亦大祸临头，劝玉凤速离安府，安大人却不以为然，劝玉凤暂栖身府内。

玉凤往天牢劫狱，被铁手银鹇发现，到处追杀，玉凤受伤藏于水中，幸得李妙生相救，逃过清兵耳目。玉凤知不能久留安府，与母立即动身离开，但杞将军已带同手下到来搜查，搜得母女留下之衣服，杞将军指安大人私藏钦犯，将之押走。龙飞远行返家，见安府已被封，不禁凄然，时玉凤突出现，与龙飞齐往苦修庵暂避。杞将军之子杞英明对双格格一见钟情，赠厚礼约格格往什刹海赏灯，格格依时到会，却屡将英明戏弄，英明大受刺激，癫痫症复发，晕倒地上，妙生急忙与英明手下送英明返王府，并将英明救醒，杞将军见妙生医术高明，留妙生在王府长住，以便医好英明的病。玉凤知悉父亲在菜市口处斩，单人匹马往劫法场，但却中杞将军之阴毒掌，身处险景，此时独臂神尼突然出现，将玉凤救走，杞将军怀疑神尼乃长平公主，遂加派人手往庵观搜查。

玉凤在神尼安排下匿居妓女小莲房中，法雷、搜魂到苦修庵搜捕玉凤等人，何母与龙飞则亡命奔逃，两名尼姑挺身保护二人，但何母一个踉跄跌下陡坡，龙飞则安然逃脱。英明往妓院寻欢，却见父亲手下跟踪尼姑而至，怀疑玉凤藏身于妓院内，即禀告康熙，康熙因而对他甚为赏识，并准备将双格格许配予英明。玉凤听闻康熙以何府作为格格婚嫁之用，气极之余将府第烧毁，却见母亲倒卧地上，连忙将母救走。玉凤出外行事皆女扮男装，格格不知情，对玉凤痴心一片。格格闻父将之许配予英明，坚决反对，遂悄悄单独离开京城。

神尼认为不宜久留妓院，趁清兵搜捕稍松之时，与玉凤等人乔装离城，何母为引开清兵注意力，竟奔跑出城，卒被清兵所杀，玉凤藏在箱中目睹一切，悲恸万分。玉凤欲冲出箱外救母，被龙飞阻止，神尼见势色不对，即命普渡、慈航急挑箱子飞跑，清兵欲追杀，被英明阻止，原来康熙欲将之一网打尽，不欲打草惊蛇，暗命铁手、银鹇跟踪各人。玉凤与龙飞、紫薇到客栈度宿，格格跟踪而至，令各人不胜其烦。当晚龙飞往野外观天，无意中目睹拜月教残忍行为，不禁惊呼，致被拜月教徒捉去，格格连忙告知玉凤，玉凤与紫薇悄悄将龙飞救走，但格格却被捉去。两人再返野地救格格，并把拜月教等人击退。格格感谢玉凤救命之恩，对玉凤更为钟情，并改名为柳双双，与三人一起上路。铁手追踪神尼到能仁寺，英明即命大队清兵包围，并着妹紫薇引开玉凤等人，然后分头歼灭，但紫薇对龙飞己生情愫，恳求英明放过龙飞，英明拒绝。大队清兵攻打能仁寺，神尼等人从秘道逃脱，但朱大人与方丈大师不幸身亡。

英明带同弓箭手围攻玉凤等人，却见格格与玉凤一起，立即命弓箭手停止射杀，此时神尼出现，立带两人脱离险境。神尼劝玉凤小心紫薇及双双，玉凤与龙飞商量留下两人，但龙飞与紫薇已生情愫，不欲丢下紫薇不理，而紫薇亦迫龙飞与她远走高飞，龙飞正左右为难。

红船上众人均被英明爪牙杀死，常公公突围而出，但已身受重伤，戏棚亦被大批清兵包围，幸双双与玉凤身手敏捷，逃过清兵追捕。神尼见英明人多势众，亦不恋战，遂与常公公先返红柳山庄养伤，但神尼因此事越发怀疑紫薇，嘱慈航等人小心。龙飞被铁手银鹇偷袭，身中剧毒，紫薇恳求英明给解药，并诈称以龙飞为饵，引玉凤上钓，英明觉有理，但只给予暂时性解药，以免紫薇倒戈相向。玉凤知悉神尼怀疑紫薇为内奸，遂往质问紫薇，但紫薇不肯透露半点口风，令玉凤不得要领。双双与妙生匿居陈家村内，但陈家村疫症流行，双双不幸染病，此外英明已带同手下到来找寻二人，妙生即背双双离去。

英明猜双双与妙生匿居陈村长家内，但遍搜村长家仍不见两人影踪，遂迁怒于陈村长，将陈村长一家大小拉出屋外斩首，妙生见势色不对，即现身劝英明勿滥杀无辜，一面着双双独自离去，而英明此时已染上疫症，为要妙生救其一命，即听其言，并要妙生返王府任其随侍大夫。慈航带玉凤到红柳山庄，与邓九公认识，邓九公虽年纪老迈，但对当日家仇国恨仍耿耿于怀，原来当年清兵入关，奸淫掳掠，邓家四姐妹丽质天生，邓九公为保四姐妹贞节，反抗清兵，以致招来灭门之祸，血染庄前二十八棵柳树，故改命为红柳山庄。神尼着玉凤带龙飞到山庄以便疗伤，但龙飞与紫薇已发生关系，龙飞不忍就此抛下紫薇不理，玉凤本对龙飞一往情深，因而伤心欲绝。

龙飞毒性发作，辛苦非常，紫薇不忍，遂着玉凤带龙飞往找神尼医治，希望爱郎能逃出生天。玉凤用软功骗双双说出真正身份，方知双双乃当今皇帝的胞妹，遂转告神尼，神尼打算利用双双作为要挟朝廷的人质，但命玉凤不可将此秘密告知他人，以免使双双招来杀生之祸，破坏计划。紫薇被英明捉返驿馆，但对龙飞仍死心不息，坚持离去，英明遂派人暗中跟踪紫薇，以探玉凤行踪。神尼以为错怪紫薇，遂安排紫薇与龙飞等人到牧场的小屋暂住，英明查知玉凤所在，以为双双亦在其中，打算先掳走双双，然后围捕牧场，遂命银鹇约神尼比武，以分散神尼注意力，但此事被妙生知悉，暗中向神尼报讯，神尼明白一切，计划将计就计。

神尼假扮双双等候英明同党到来，铁手银鹇不知情，将神尼误作双双带返驿馆，英明一不留神被神尼用掌击中倒地，即呼唤手下到来，此时玉凤等人已赶到，但被大队人马包围，遂飞身而去。龙飞毒患再度发作，且越趋严重，神尼想出一法，带龙飞去寒潭中运功疗伤，但紫薇见龙飞危在旦夕，即找双双，并伺机将双双点穴，希望能带双双往英明那里换取解药，双双动弹不得，任由紫薇摆布，英明见双双落在紫薇手中，便将解药交出。紫薇将解药交到龙飞手上，但龙飞毒伤已愈，正是得物无所用，紫薇但感过往所做一切对不起各人，遂将身份说出，神尼知悉后亦不知如何处置，暂将紫薇囚于地牢。龙飞往探望紫薇，知悉紫薇已有身孕，玉凤在牢外听得此事，忍痛将两人放走。

紫薇与龙飞上路，途中遇见林总管，林总管将杞献唐托其转交兄妹之信交给紫薇，紫薇知悉父亲将南下，恐对神尼不利，遂着龙飞返山庄告知各人。能仁寺被清廷占据，守卫森严，神尼又见林总管与清兵扮作商人运送杂物上寺，感事态有异，遂四出追查，得知能仁寺已被清廷用作秘密机关，而康熙亦即将南下，神尼小心部署。小莲突带何母到山庄找玉凤，母女别后重逢，相拥而泣，原来何母当日重伤昏迷，幸得小莲相救，得保性命。玉凤等人夜袭能仁寺，龙飞则在山庄作法，呼风唤雨以助玉凤一臂之力，能仁寺外守卫因大雨而戒备松懈，玉凤等得以潜入寺内，但寺中机关满布，各人不幸跌下机关。

玉凤等人被困机关，法雷、搜魂暂将众人囚禁，以便杞献唐南下时向杞邀功。龙飞为救玉凤，心生一计，着邓九公与翠莲假扮妙生爹娘混进驿馆内，以便盗取大内通行令到能仁寺救玉凤。妙生知悉玉凤等被困，即答应帮助邓九公，并在侍卫酒菜中下迷药，先救走双双再取金牌，但紫薇为掩护众人仍留在驿馆中，令龙飞大感失望。神尼与杞献唐在湖边相遇，两人仇深似海，即展开大拼斗，杀得难分难解，但神尼被众高手围困，不敢恋战，纵身而去。龙飞假扮钦差大臣，命五羊知府押玉凤等到来受审，但英明早已知悉龙飞计谋，于是命大内高手假扮玉凤等到来，并当场揭穿龙飞真面目。

神尼出现，掩护众人逃走，但玉凤受伤，龙飞则被英明捉去，英明见徒劳无功，气极离去。玉凤受伤卧病床上，双双为玉凤换药，始知玉凤乃女儿之身，玉凤亦不再隐瞒，道明原委，双双大受刺激，悔恨自作多情，幸在神尼与玉凤劝解下，与玉凤冰释前嫌，结义金兰。杞献唐知悉紫薇与龙飞关系，向紫薇软硬兼施，迫紫薇命龙飞说出乱党藏身之所，但紫薇不忍，欲将龙飞悄悄放走，但被杞献唐发觉，将两人捉回。杞献唐命华大夫除去紫薇肚内婴孩，华唯有照办，紫薇不知老父阴谋，不幸服下堕胎药，令胎儿不保。玉凤无意发现无敌天书秘密，假称以天书作为交换龙飞的条件，约杞献唐三日后于凄雾峰见面。

紫薇知悉怀中婴孩已被父亲除掉，伤心欲绝，见龙飞对未来儿子充满希望，不敢对龙飞明言一切。玉凤伤势初愈，频频练功以应付杞献唐，而杞早已派手下在凄雾峰四面埋伏，以便将神尼等一网打尽。约战之日，玉凤将天书放在温泉上，杞献唐飞身上温泉取得天书后，以毒掌击向玉凤，幸龙飞及时提点，玉凤不敢一招丧命；此时，神尼出现，为玉凤合力攻击杞献唐，杞献唐见形势不妙，即发暗号命铁笔、银鹇带兵应战，但翠莲与常公公早已埋伏山上，阻挡两人去路，令二人不得脱身。神尼、玉凤与杞献唐拼斗激烈，神尼用尘拂直攻对方，紫薇见父危在旦夕，即以身掩护，不幸重伤，临终前向龙飞说明婴孩已失，但未及解释，龙飞已忙乱撤退，却误会紫薇与杞献唐合谋欺骗自己，不禁愤怒，不久紫薇即重伤而死。

玉凤知悉紫薇死讯，不敢向龙飞直言，只着龙飞到紫薇安葬之地，龙飞坚持与玉凤前去，及见紫薇之墓，方知紫薇已死，但龙飞误会紫薇欺骗感情，愤然离去。双双收拾行李离开红柳山庄，妙生一路追随，表现体贴入微，双双对妙生渐生好感。神尼为对付杞献唐，与龙飞、玉凤商量计策，龙飞想出一法，明攻驿馆，突破能仁寺，并故意出外散播攻打驿馆之谣言，铁笔、银鹇忙告知杞献唐，但杞老谋深算，反将兵力集中能仁寺，摆设空城计。神尼不知杞之阴谋，一面派龙飞与邓九公夜探驿馆，一面与玉凤攻打能仁寺，能仁寺早已四面埋伏，机关重重，神尼、玉凤两人与高手拼斗，惊险万分。

玉凤与常公公救走囚于寺内的反清义士，但被高手重重包围，不得脱身，幸神尼押英明到来交换人质，杞无奈将各人放走，神尼恐杞另有阴谋，遂一路挟持英明而去，杞不敢轻举妄动，沿途跟随，但英明恐父亲放走神尼被皇上罪责，突拔刀自杀，杞献唐失爱子，狂性大发，与神尼拼战，神尼不慎跌下百丈悬崖。原来英明有金缕玉衣护身，所以假装自杀，但杞献唐担心神尼仍在人间。杞献唐到树林谒见康熙，得知「玄火三圣」从西域受聘到来保护康熙，对三圣颇为妒忌。神尼无意在林中窥见三圣炼成圣火令，却被三圣发觉，被坚火令灼伤，负伤而去。

神尼受伤伏倒康熙屋梁上，康熙并未对神尼下毒手，及见神尼受伤，更细心照顾，令神尼迅速复原，但康熙不敢对之明言身份，神尼不以为意，只望早日离去，康熙即命侍从丁丁出镇购买道袍，却被杞献唐发觉，不禁生疑。妙生与双双同往钓鱼，双双无意将天书弄湿，妙生即用檀香熏除气味，无意发现天书现出字来，即告知玉凤，原来书内只记载唐书兵志，并无秘密，玉凤即既知天书内情，誓要为父亲洗脱罪名。杞献唐猜知神尼受康熙庇护，于神尼离去之日，着三圣半途伏击，幸康熙早有准备，命丁丁用千里马助神尼逃去。神尼对康熙身份怀疑，去而复返，并质问康熙身份，康熙诈称为九门提督，并将能仁寺机关地图送予神尼，神尼察知康熙对己一往情深，无奈家仇国恨未了，不敢动情。

英明暗自跟踪丁丁，发现丁丁将一字条交予乞丐，于是尾随乞丐，发现红柳山庄所在地，遂告知杞献唐，杞献唐立命大军于翌晚攻打山庄。一方面，玉凤得到能仁寺机关图，与邓九公等商量，于翌晚与慈航、普渡等五人攻能仁寺，以救出囚犯。杞献唐领军攻入红柳山庄，常公公被杀，邓九公亦身受重伤，庄内人等一一被捕，幸龙飞与何母及时逃脱，未遭毒手。玉凤五人攻打能仁寺，将囚犯救走，更利用机关，将法雷、铁手、银鹇三人炸死。杞献唐向康熙邀功，并指丁丁有私通钦犯嫌疑，康熙闻言大怒，反指杞献唐破坏计划，但为免杞献唐一再猜度，打算数日后返回京师。邓九公被拷打而死，杞献唐欲将邓尸体当众喂饲狗只，百般凌辱。翠莲闻丈夫惨死，悲痛莫名，怨恨康熙。双双感地位尴尬，遂与妙生离去。

杞献唐将邓九公尸体暴露街头，任由狗只咬噬，玉凤等人往劫尸，被清兵重重包围，身陷险境，幸神尼出现，掩护各人离去，但剑兰、芍药已中玄阴掌之毒，不久即毒发身亡，翠莲顿失爱夫与孙女，大受刺激。玉凤感此地不宜久留，着龙飞先带安父及何母返故乡暂避，容后与神尼再找杞献唐算账。神尼夜探驿馆，方知杞献唐与英明已向京师进发。原来杞献唐感康熙态度有变，欲在康熙身旁探得实情。妙生与双双返京师，途中遇英明，英明见两人态度亲昵，大生醋意，欲杀妙生，幸玉凤出现对付英明，展开恶斗，混乱中，英明死于自己剑下，玉凤见英明已死，即着双双先返宫廷，将天书交予康熙为安父洗脱罪名，并与妙生到苦修庵与神尼会合。杞献唐见英明惨死，激愤之余，联同朝官十多人上奏，退隐林泉，藉机要胁康熙委与太傅之职，主理朝中一切内外行政，康熙知杞献唐之奸计，遂立即传召镇国公多尔国舅共商对策。双双被杞献唐派人掳去，杞献唐更迫双双与生鸡拜堂成亲，双双被胁不得脱身。

神尼久久不见双双音讯，遂写信告知康熙，康熙闻讯大感震惊，猜知双双已落在杞献唐手中，怒不可遏。三圣与杞献唐互相勾结，康熙欲除去三圣，遂替神尼安排引三圣到玄冰洞，而神尼早已得知三圣武功秘诀，利用三圣弱点，将三人除去。康熙故意试探杞献唐，欲得双双行踪，杞献唐气焰嚣张，令康熙不得要领，但命杞献唐于翌日陪同往天坛替双双作福，杞献唐却派搜魂等十多个死士埋伏，欲杀康熙。康熙命国舅往杞府搜查，以找回双双，但一无所获，国舅反被杞献唐所杀，康熙大怒，斥责杞献唐，杞献唐却振振有词，令康熙哑口无言，一方面，杞献唐释放双双返宫，但双双已中搜魂大法，迷失本性，在杞献唐主使下，行刺康熙，康熙没有提防，被双双刺伤，康熙即召妙生入宫替双双治病。杞献唐为得天下，联同朝中大官迫康熙交出大权，康熙不肯，杞献唐即欲杀康熙以夺大权。