Cuando ocurre una serie de ataques misteriosos que involucran a AutoReivs infectados con Cogito, se asigna a Re-l para investigar y se encuentra con un monstruo humanoide. Más tarde, es atacada por dos de estos monstruos en su casa.

Re-l lucha por convencer a sus compañeros de sus encuentros con los monstruos, que se entera de que se llaman Proxy. Ella se retira de la investigación y descubre que Iggy ha borrado sus recuerdos de eventos recientes. Mientras tanto, Vincent se encuentra huyendo de un proxy y luego de las autoridades de la ciudad.

Romdo ya no es un refugio seguro para Vincent. Él está tratando de evitar la captura por parte de las autoridades. Mientras huye, se encuentra con el AutoReiv Pino infectado. Pino luego le muestra la forma de escapar de Romdo al mundo exterior. Re-l lucha por contactar a Vincent y descubrir la verdadera naturaleza de su relación con el Proxy.

Vincent y Pino son acogidos por una pequeña comuna, cuyos habitantes se ganan la vida con los desechos arrojados por la Cúpula. Mientras tanto, Raúl planea su movimiento para localizar y capturar a Vincent.

Re-l se enfrenta al mundo exterior para llevar a Vincent de vuelta a Romdo. Mientras está allí, Raúl comienza su plan para capturar a Vincent atacando la Comuna con drones de patrulla. El traje ambiental de Re-l está dañado y Vincent resulta herido en el ataque. Re-l se confirman las sospechas de que existe un vínculo entre Vincent y los Proxies.

La vida de Re-l se pone en peligro cuando se enferma después de la exposición al entorno hostil. Hoody trama un astuto plan para engañar a Raúl y regresar con Romdo. Quinn lidera un grupo en un escape de la Comuna usando el Conejo.

Re-l se recupera de su enfermedad. Dédalo le muestra los inquietantes mecanismos responsables de la continua supervivencia de la Cúpula. Vincent se dirige a casa, perdiendo lentamente a sus compañeros en el camino y terminando solo con Pino. Un grupo de AutoReivs infectados se desata en Re-l, Iggy y Daedalus. El episodio termina con Daedalus llenando el certificado de defunción de Re-l.

Vincent conoce a un hombre llamado Hauer y descubre algunas verdades sobre Halos y Proxies, y descubre una revelación horrible.

Inquieto por los últimos acontecimientos, Raúl cuestiona el futuro de Romdo. Mientras tanto, Re-l e Iggy exploran una extraña cúpula anticuada habitada solo por primitivos AutoReivs.

Vincent encuentra una librería extraña y un anciano aún más extraño, donde descubre más sobre su verdadera naturaleza. Re-l e Iggy se ponen al día con el Centzon (el Conejo, el barco volador en el que viaja Vincent).

El grupo se enfrenta a un Proxy vagabundo y su compañero AutoReiv, y Re-l pone en práctica su nueva arma.

Un Iggy infectado se enfurece y secuestra a Re-l, y se dispone a matar a Vincent. Re-l se enfrenta nuevamente al AutoReiv sin hogar.

Mientras descansan en una cúpula abandonada hace mucho tiempo, ocurren sucesos extraños y la vida del trío está en peligro.

Al encontrarse en un extraño programa de juegos en vivo, el conocimiento de trivia de Vincent se pone a prueba mientras lucha por su vida.

Cuando los vientos se apagan, el trío queda varado a bordo del Centzon y Re-l se encuentra luchando por mantener su cordura.

Romdo está en alerta máxima mientras buscan al fugitivo Raúl, que planea activar un arma mortal. Mientras tanto, el trío descubre extraños humanoides que viven dentro de un sistema de cuevas tóxicas.

El trío llega a la devastada Mosko, la ciudad natal de Vincent, y descubre que las verdades llevan de regreso a Romdo.

Pino explora la misteriosa Tierra de la Sonrisa con NaKaMa y se enfrenta al Creador de la ciudad.

Vincent se encuentra atrapado dentro de la conciencia de Re-l y observa impotente cómo se desarrollan los eventos.

Un brote de Cogito se extiende por Romdo y la ciudad cae en el caos. Vincent incita a la gente a rebelarse, empujándolos a cazar y matar a todos los AutoReivs.

A medida que la ciudad continúa desmoronándose, Vincent y Re-l se encuentran con Proxy One. Raúl está abrumado por el arrepentimiento y la desesperación, y se dispone a buscar a Pino.

Se juegan piezas y se descubren revelaciones a medida que comienza la pelea final. Monad regresa e intenta convencer a Vincent de que se una a ella.