Un mostro dalla prodigiosa forza fisica e dall'inumana agilità, scappa da un laboratorio governativo nella città di Rom-do. Mentre investiga su una serie di omicidi causati da Autoreiv infetti, Re-L incontra il mostro.

Dopo aver testimoniato a riguardo del suo incontro con il mostro, Re-L non viene creduta, mentre le prove dell'accaduto vengono cancellate. Per recuperare il suo orgoglio ferito si mette a investigare sulla faccenda da sola.

Re-L scopre un collegamento tra il mostro e Vincent Law, un immigrato sotto la sua protezione. Mentre cerca di contattarlo, scopre che è sospettato di un caso di omicidio. Braccato dalle guardie cittadine, Vincent è costretto ad abbandonare la città Cupola.

Per investigare su Vincent, Re-L cerca a casa sua. Nel frattempo, a causa del virus che contamina l'ambiente esterno a Rom-do, Vincent è in un coma. Si risveglierà dopo 10 giorni, per poi scoprire di essere stato curato da un fabbricante di giocattoli in esilio, Hude.

Re-L decide di recuperare Vincent dal mondo al di fuori della Cupola. Qui trova una comunità di gente che vive basandosi sui rifiuti della città-cupola Rom-do. Contemporaneamente Raul Creed ordina un attacco verso gli esuli con l'intenzione di liberarsi di Vincent. Re-L rimane bloccata all'esterno.

Re-L contrae il virus letale che incombe nella pesante atmosfera del mondo esterno. Dovrà tornare nella città se vorrà sopravvivere. L'attacco costringe la comunità a scappare.

Vincent e alcuni altri sopravvissuti riescono a seminare le macchine di Rom-do e quindi a scappare. Decidono di raggiungere la città cupola di Moscow. Nel frattempo Re-L si riprende dalla malattia contratta fuori dalle mura.

Quando stanno per raggiungere Moskow, Vincent e Pino si trovano nel fuoco incrociato di una battaglia che infuria tra un manipolo di umani e Autoreiv.

Vincent si risveglia in una stanza. Kazkis Hauer, un uomo misterioso, appare di fronte a lui.

Il sistema governativo di Rom-do inizia a mostrare segni di decadimento. Mentre Raul e Dedalus si scontrano per decidere come modificarlo, Donov si ritira verso le sue stanze senza ascoltarli. Re-L si avventura di nuovo all'esterno alla ricerca di Vincent.

Vincent Law si ritrova circondato dalla nebbia. Un bibliotecario lo aiuterà a ritrovare la strada. Re-L lo raggiunge.

Vincent, Pino e Re-L cominciano a viaggiare insieme e vengono attaccati da un proxy.

I protagonisti giungono in una città-cupola disabitata. Ma lo è davvero?

Vincent è il protagonista di un quiz show.

La Centzon Totochtin rimane bloccata a causa della mancanza più totale di vento. Re-L ne approfitta per "studiare" Vincent.

Raul Creed, frustrato per gli insuccessi circa la vicenda di Vincent Law e le pressioni del Sindaco Donov Mayer, viene colto da una follia che lo porterà ad usare un'antica arma che Rom-do credeva sepolta per sempre.

Re-L, Vincent e Pino arrivano alla città-cupola Moscow. Vincent non trova però le informazioni che cercava, anzi. Per risolvere il mistero, bisogna tornare a Rom-do.

L'Autoreiv Pino si ritrova in una città-cupola chiamata Smile Land, che contiene un immenso parco giochi gestita da Mr. Will B. Good.

Re-L è di nuovo a Rom-do e Vincent vede il mondo esterno dai suoi occhi, come se fosse intrappolato nella mente della ragazza. La psicologa Swan riesce a far emergere Vincent dal subconscio di Re-L. Chi può aver causato una distorsione così profonda della realtà?

La città-cupola di Rom-do è ormai teatro di un massacro a danno degli Autoreiv. Da quando Raul Creed ha usato il Rapture, il virus Cogito pare abbia contaminato la maggior parte degli automi. L'ADW Project è iniziato...

Giunto è il momento delle rivelazioni. Molte domande trovano risposta in questo episodio, mentre la città cupola è sull'orlo del crollo definitivo. Cosa sono i Proxy? Chi li ha creati? Che fine farà Raul Creed?

Il finale della vicenda che chiarisce solo in parte i misteri aperti nel corso della serie. Rom-do crolla definitivamente e la battaglia tra le due personalità di Vincent giunge finalmente al termine. Chi avrà la meglio? L'apocalisse sarà la fine di tutto o soltano un nuovo inizio? Ergo Proxy, L'emissario della Morte.