Season 0 of Ghost in the Shell: Stand Alone Complex premiered on December 20, 2002.

This season is comprised of the 3 OVAs and the 52 shorts of the "Tachikomatic Days" and "2nd GIG Tachikomatic Days", 26 for season 1 and 2. These shorts aired at the end of each episode and delve into the collective minds of the Tachikomas. Last 1 short "Uchikomatic Days" about the birth of the Uchikomas, the 'ugly duckling' second generation think-tanks.

Season 1 of Ghost in the Shell: Stand Alone Complex premiered on October 1, 2002.

Kolem roku 2030 se technologie používané lidmi liší od těch dnešních. Biotechnologický rozvoj umožnil zkloubit dohromady lidské tělo a biotechnologické implantáty. Mobilní telefon máte přímo v hlavě, nemusíte ani mluvit aby vás druhý slyšel. Lidé se pomalu přibližují cyborgům a ti robotům.

Vznikají roboti, inteligentní roboti, kteří slouží lidem. Ale oproti lidem jim stále něco chybí, je to duše. Někteří roboti se ale občas chovají podivně, jinak než byli naprogramováni a v mysli diváka tak nutně vyvstává otázka, jak vlastně definovat inteligentní živou bytost?

Season 2 of Ghost in the Shell: Stand Alone Complex premiered on January 1, 2004.

V budoucnosti, kde má internetová síť a kybernetika značný vliv na společnost, členové Sekce 9 opět řeší mnoho případů týkajících se počítačové kyberkriminality. Tentokrát však mají více práce, jelikož novou vlnu nebezpečí spustila sebevražedná skupina známá jako „Jedenáct jednotlivců“ (Individual Eleven). Tato skupina se okamžitě stává hlavním cílem Sekce 9, která se snaží případ rychle ukončit. Aktuální otázka uprchlíků v Japonsku by totiž mohla přerůst až v občanskou válku.