時珍一直都想棄文從醫，惜父親卻要時珍考取功名，但時珍卻暗中學習醫術。某日，言聞為患肺病的村民診治時，被時珍在旁偷聽，令他深感古老民間偏方可醫此病，於是決定上山找尋藥材。

時珍在上山的途中，巧見老婦因久患便秘卻沒錢求醫而求拜「藥仙」。時珍聽後決定夜訪為老婦診治，卻見一神秘女子出現並放下藥包，時珍以為遇見「藥仙」，大喜追出向她討教，神秘女子告之藥方後便消失蹤影。翌日，時珍未經言聞准許便以該藥方救人，令言聞大怒，但卻發現病人真的痊癒。

時珍在路上驚見一具棺材溢出血水，時珍覺事有可疑，與慕榕施計嚇走送殯隊伍，將屍體帶回家中，最後經言聞診後證實，該「屍體」仍未死去，兩父子決定救人。這時，官兵與群眾突然來到家中要捉拿時珍。

言聞要時珍投考科舉而弄得不歡而散；及後時珍從時果口中得悉，言聞為保護時珍，竟不惜向荊王下跪道歉，於是決心投考科舉答謝言聞心意。言聞即安排他於陽明書院跟名儒顧日岩學習，顧日岩甚欣賞時珍不肯行賄考官的氣節。

時珍入住陽明學院後，不單無心向學，還串通顧日岩終日四處遊玩。一日在渡頭巧遇欲投河自盡的漁夫金水，原來金水因感染食肉菌而令腳部潰爛，而城中大夫均要他切足保命，時珍決隱瞞言聞找冬青救人。而冬青深感身為女兒身難以成名，決心要醫治奇難雜症打響名堂，決定接手醫治金水怪病。不過冬青與時珍對藥理了解大相逕庭，決分頭尋找藥方。最後，時珍從龐憲手上的《集驗坊》得到靈感，最終能對症下藥，救回金水雙腳。

慕蓉為在朝會中搶得狀元筆，而巧遇龐憲，龐憲甫見慕榕便驚為天人，最終狀元筆落入農夫豐收手上，慕榕為得狀元筆，竟答應替豐收犁田，終中暑暈倒，幸得時珍路過救回。而時珍對冬青已萌生愛意，對慕榕卻只感無以為報。

慕榕為時珍求筆染病，時珍無以為報，決定上山捉蛤蚧替慕榕解暑，卻巧遇冬青，二人漸生情愫，令有婚約在身的時珍心煩。及後果珍巧遇冬青，果珍即對冬青萌生愛意。當晚，果珍談及意中人，茫不知正是時珍愛上的「藥仙姐姐」。

時珍鼓勵果珍爭取意中人，果珍依言向冬青大獻恩勤，冬青亦從果珍之口證實時珍心意，視果珍的恩勤為時珍所指示，芳心大喜。適逢考期將至，時珍要到武昌應考，冬青立即送上冬青葉表明心跡，時珍也決定考取功名後，與荊王退婚迎娶冬青。恰巧，果珍誤會冬青鼓勵他表白，向時珍請教，時珍將玉佩送給果珍，要果珍用作為訂情信物，但卻被冬青誤會時珍著果珍提親，大喜下答應。但冬青趕到渡頭送別時珍時，卻又交諸交臂。

時珍到武昌應考，途見女婢小花被冤枉與人通奸成孕；時珍診斷後發現小花肚內生蟲，而小花主人正是考官陳大人。陳大人公報私仇，反將揭發嚴世藩作弊的時珍趕離考場，時珍又被趕出客棧，冬青趕到武昌卻在街上驚見病倒街頭的時珍。

慕榕瞞著家人到武昌找時珍，途中卻誤上賊車，幸得龐憲所救。另一方面，冬青衣不解帶照料時珍，但時珍病情未見好轉，決定上街尋父親小地藏往救時珍，卻巧遇小地藏捲入「救人變殺人」的案件中。

小地藏與冬青回到客棧，竟發現時珍經已離開，大急之下四處尋找。原來慕榕終尋獲時珍，由於時珍病得不省人事，決定帶他出城尋找大夫，病重的時珍眼看慕蓉細心照顧，大表感動。及後，時珍愈病愈重，慕榕立即帶時珍回鄉找言聞醫治，終治好頑疾。而眾家人終得知時珍在考場的待遇，氣憤下聯想到荊王將藉此解除婚約，令眾人大感苦惱，而時珍亦因此多了一番心事，深感辜負了父親的期望之餘，亦不知如何回應慕榕的愛意。

時珍病癒，果珍即帶他往見「未來大嫂」，卻讓時珍發現「未來阿嫂」正是冬青，心灰若死決定讓愛。荊王終要求解除婚約，慕榕聽後大受打擊，決定落髮為尼，時珍追至聽到慕榕的一番情深說話，竟衝口而出說要迎娶她。

時珍在庵堂中當眾答應迎娶慕榕，遭荊王激烈反對，但慕榕卻表示出非時珍不嫁的決心，令荊王一怒而去。最終慕榕叛出家門，隻身嫁進李家；但在新婚翌日，冬青到來找尋時珍，發覺時珍竟迎娶他人，一切皆是誤會，冬青一怒而去。

時珍成家立室，眾家人即要時珍為前途作打算，時珍決定行醫救人，但又恐遭言聞反對，結果時珍以小草明志，向言聞遊說他不以功名衡量成就，但言聞始終覺得行醫絕對吃力不討好的工作，堅決反對。幸得慕榕從旁開解。結果，言聞決定退休將醫蘆交予時珍。

另一方面，張嬌對新媳婦展開「教導」，不停吩咐慕榕處理家務，可惜慕榕自幼嬌生慣養，在處理家事上錯漏百出，讓李家上下都叫苦連天。

林知縣抱恙派下人來找言聞，言聞即引薦時珍，時珍唯有代父應診；林知縣服藥後突然病危，時珍即被捕下獄。後來經時珍後發現是由荊王管理的惠民藥局的藥物出現問題，最終無罪釋放，時珍回家後，竟發現慕榕面上出現黑斑。

慕榕面上突然出現黑斑，始發現慕榕因家事引致精神緊張而成。時珍父子雖然出盡方法，仍未能改善病況。荊王聞訊趕至，終不歡而散；荊王更揚言要時珍醫蘆結業，時珍唯有更用心鑽研醫理，冷落了慕榕而不自知。

時珍為救妻而終日茶飯不思，在山上巧見一對青年男女將藥仙石改名為地藏石，細聞下始知原來該少女同樣患上色斑症，幸得怪醫小地藏才將病醫好，時珍聞得消息後即往找尋，結果發現小地藏，更被他多番氣弄，原來小地藏早知時珍與冬青關係，故意氣弄，但時珍契而不捨的態度卻得小地藏欣賞。及後，時珍終得悉小地藏的身分，並且再次重遇冬青，但冬青懷恨在心，竟拒絕說出醫治色斑症的秘方，結果，時珍無奈而去。

時珍自責未能救妻，再去找小地藏，冬青再次斷言拒絕。小地藏要時珍服毒，才肯說出秘方，冬青立即出面阻止後一怒而去，時珍無奈回家，回家途上再遇冬青，時珍道出以往種種，更曉之大義，令冬青終肯答應醫治慕榕。

時珍帶冬青到家為慕榕醫病，慕榕熱情招待。冬青要求慕榕用布蔽眼才和她醫病後，原來慕榕是以水蛭放面吸出瘀血；及後慕榕知道療傷之法後，嚇至暈倒當場。療程完成後，慕榕不肯照鏡，最後才發現回復容貌。

時珍對小地藏的醫術心感佩服。得父親肯首後，特意向小地藏拜師學藝；幾番努力下，終可與冬青成為師姐弟。時珍帶慕榕回荊王府探親，荊王見慕榕康復，承認二人關係，並答應不封時珍醫館。張嬌怕慕榕舊病復發，不許她再做家事，但見慕榕頻頻外出又感不快。冬青到時珍醫館幫忙，卻被病人嘲她為「神棍」；幸得時珍支持。病人突然增多，時珍認為可能會有瘟疫出現，小地藏亦認同時珍看法，後來他們發現病源，可能來自鄰村。

時珍欲找荊王增加醫藥撥款，卻被藉故推搪；時珍與父親自發設檢疫站，卻因此引起騷動，被拉回衙門。高官龐百川之子龐憲來到鎮上，荊王爭相奉承。龐憲向荊王等建議可將患病居民隔離，怎知荊王竟誤會而將病患者捉上山等死。

時珍號召大夫上山聯手抗病，龐憲亦主動協助；時珍與冬青通宵達旦一起遍查藥方醫書，感情更增。慕榕連夜做香包，因時珍曾向她曾說過用藥料可退疫症；而且慕榕更為眾人預備八寶飯，張嬌此時才知媳婦出外是學習廚藝。

慕榕等到山上替眾人打氣；冬青不欲吃醋與一姐離開。龐憲決意下山，眾人對他責罵，但原來他下山是為了募捐籌款救人。小地藏突然出現，在吃飯以醋點饅頭，更笑說未染病可能是多「呷醋」有關。疫症日益猖狂，令時珍父親言聞患病也不願意離開病人下山休養，最後被小地藏打暈強帶下山；時珍得啟示，以醋煙為家居消毒，並與父親在街上派抗疫單張。時珍身體開始出現異狀，但仍堅持救垂危病人陳伯，並要冬青不可告訴其他人。

慕榕在街上聽到時珍患病消息，深感惶恐又不敢告訴家人；慕榕苦思下想獨自上山找時珍，被冬青勸解後留下。小地藏在路上巧遇垂死病者，誤打誤撞餵了他食地鼠，翌日病者情況竟轉好。但當小地藏回山上告知各人，龐憲不信。

眾人對地鼠湯仍抱懷疑態度，時珍決定以身試藥；晚上病情反覆，冬青整夜倍伴在側。翌晨時珍病好，證明此湯有效；眾人決以此湯救病人。時珍終成抗病英雄，並得到英雄式歡迎；龐憲向荊王打聽慕榕消息，卻未能相見。

中秋夜，時珍與慕榕月下度過；冬青自覺孤身一人，黯然神傷。時珍與慕榕品茗，遇上一郎中寫錯藥方讓人受苦，令時珍修藥書之心更為堅定。時珍往找荊王，想他幫助修書之事；荊王了解事情後反勸說因要花長時間及斥鉅資而堅拒。時珍將修書大綱交予龐憲，希望他代為上表。時珍發現楚王孫兒面色不佳。張嬌希望早日抱孫，教慕榕煲補湯及按穴位取悅丈夫，慕榕擔心時珍將來為修書而忙，想生小孩也沒時間，時珍為之氣結。

荊王因遇鬼受驚，請時珍代為診治。時珍等人發現「鬼魂」，將之捉住才知此鬼竟是楚王的孫兒。原來因小孩「生積」才會扮鬼吃燈芯。時珍為他開藥後病情轉好；楚王要給時珍賞賜，時珍婉拒，明言只想重修草本。

楚王向時珍解釋，要有官職或德望者才可入太醫院；為完成時珍心願，楚王邀請他往武昌楚王府任職，讓時珍任此公職後，成為他日後為入太醫院踏腳石。慕榕為讓時珍放心，特意送上掛畫及寫滿地址的信封。

眾人到達武昌後，時珍遇上楚王大兒子發酒瘋後嘴歪；楚王認為兒子撞邪，但時珍認為他是中風。冬青女扮男裝來到武昌；當她知道大王子之事，主動請纓為他醫治。大王子看見冬青後欲有所圖，故帶她回楚王府，更與時珍相遇；冬青留在王府，要時珍替她在沐浴時把風。因大王子不吃藥，冬青唯有將藥放入粥同煮。大王子在街上緊握冬青手，時珍見到立即帶冬青走，警告大王子可能有龍陽之辟。大王子亦向冬青說出自己偏好男色的因由。

大王子終發現冬青是女子，楚王欲趕走冬青，時珍要楚王安排雲嫦與大王子見面，令他回復正常。冬青借酒澆愁，時珍鼓勵她以醫藥與菜餚結合，冬青翌晨製出多款藥餚食物。楚王安排時珍到太醫院考試，冬青決定跟時珍同往京城。

時珍用計順利捉了瘋狗，卻嚇壞了冬青。嚴嵩康復後欲拉攏他，特意問時珍對煉丹看法；時珍坦言認為煉丹只有百害而無一利，因此惹怒嚴嵩父子。冬青為時珍安排乾花及風鈴粉飾家居，卻不小心扭傷腳，時珍更特意揹她回家。

時珍用小地藏從雲南帶回藥材「田七」為冬青醫腳；此舉令小地藏開始思考，如何將田七製成藥膳。小地藏勸說冬青重視自己感覺，但冬青說不想與別人分享丈夫。錦衣衛副刀統龐百川與子龐憲到嚴嵩家作客，百川為救嚴嵩而身受重傷；龐憲堅持以自己方法治父。百川夜深痛楚難熬，時珍以田七醫之，二人決定隱瞞憲免傷其自尊。龐憲後被父點化終承認時珍決定，更建議以田七作為宮廷藥材。不斷研究田七食材的小地藏，亦醫治了月訊有問題女子，後得時珍點化終創出田七雞湯。

時珍協助冬青在風雪中搬牌扁，亦因此得知冬青以「珍膳美」作為藥膳店名字；冬青趁時珍替他治手部凍傷之際，問時珍對她的感覺。突然慕榕出現；原來李家已舉家已遷到京師與時珍重聚。慕榕看到冬青為時珍粉飾家居，感嘆自己不及冬青般細心。

慕榕見家中乾花及風鈴，內疚未能好好照顧丈夫，更羨慕冬青無論多忙也神采飛揚；張嬌問慕榕會否為冬青及時珍關係感不快，慕榕只怪自己未能好好幫助丈夫。果珍勸弟弟應疼鍚太太，時珍明言自己已有家室，冬青只是她紅顏知己。

時珍修書需要人畫本草圖，卻因自己不擅功筆畫而被取笑。慕榕欲協助父君想拜師學畫，因老師不收婦人學生，慕榕唯為以少女打扮，並得龐憲協助終能習畫。

「珍膳美」開張，田七氣鍋雞成招牌菜；果珍與一姐亦同時興起以運藥作為生意點子。慕榕因洗碗弄致雙手乾裂，冬青教之用豬油塗抹，卻弄得家中油漬處處。慕榕鼓勵時珍找冬青修書，而亦暗中努力練畫。時珍在山上見眾宮女採桑取甘露，懷疑與太醫院有關。後追查下竟見有宮女神秘死亡，深感不妙。

龐憲跟隨慕榕同去學畫，並教慕榕花草藥用等知識。冬青與時珍一起修書，慕榕將自製鵝毛坐墊交予冬青，好讓她與時珍在晚上使用。時珍龐憲查探製藥房，又見宮女被抬出，且手上有血痕。二人上山查探後得知主謀是邵元節。

張嬌見慕榕不時外出，漸生不滿；慕榕除畫功大進外，亦努力向龐憲詢問有關花草藥知識。張嬌在街上竟見到少女打扮的慕榕與一男子在街上走過，回家後向媳婦興師問罪；慕榕得見喜幫助，才順利混騙過去。

皇帝脾氣日差，召許紳應診，時珍暗感不妙；龐憲亦勸時珍勿再查下去。

冬青見到慕榕與龐憲一起，不敢向時珍言明。慕榕與龐憲相約上山，不知時珍跟隨在後；龐寵為保護慕榕而被蜜蜂針傷，慕榕為他塗藥時被時珍看見。

時珍在太醫院向龐憲旁敲側擊，才知他一直喜歡的心上人，就是妻子慕榕。時珍賣醉，並向冬青訴說慕榕與龐憲之事，更怪自己沒好好關心妻子。

冬青勸時回家解決問題；時珍與慕榕傾談，終了解所有真相，夫妻感情更增。冬青詢問慕榕為何仍作少女打扮，慕榕笑說事情已曝光，以後可做自己想做的事情。時珍與龐憲從公公處查探皇上藥品時，驚聞宮女受害原因。

冬青終得知慕榕畫畫原因；龐憲亦為慕榕忽冷忽熱態度而感奇怪。時珍與慕榕夫妻徹夜畫畫，夫婦感情日增。時珍從冬青口中得知，有未曾見過的植物，二人相約上山搜尋。楚王父子上京，和時珍見面互道近況。

冬青見時珍夫妻恩愛，心中不快。時珍夫婦到玉石店看飾物，慕榕不想丈夫花錢而放棄買玉頸鍊，其實時珍暗裡已買下。時珍上山採藥，後被人告知曾發生山崩；時珍因找不到一直不肯下山的冬青，心急如焚。可幸二人最終也能相逢，因彷如隔世兩人不禁相擁，冬青更說出自己的感覺。時珍為冬青料理傷口時掉下頸鍊，冬青誤會是送給她。兄弟二人傾談，果珍勸時珍往後要好好對待慕榕。慕榕再到店舖才知丈夫已購下頸鍊，心中暗喜；但看到冬青戴此頸鍊，還掩飾說是父親送贈而感難過。

時珍私入製藥房一事被發現；嵩本欲斬殺時珍，礙於楚王，只撤了時珍職。被眨成宮女的妃子與宮女密謀殺皇上，雖事敗但皇上昏迷不醒；時珍得龐憲眾人協助終得入宮，最後得皇后首肯，成功救了皇上，終被升為御醫。

慕榕因丈夫情況而緊張，龐憲卻誤會她是為自己而擔心。慕榕與家人打算秘密為時珍慶祝，卻呆等至午夜仍未見他回，原來時珍在街上遇上冬青，被拉去慶祝而飲酒至午夜才回。慕榕更以連理枝畫暗喻二人間感情轉淡。

翌日時珍帶慕榕到玉石店，原來他早已打製了一對玉戒指，打算夫妻二人配戴，亦言明了送玉頸鍊一事只是誤會。一姐小兒得風疹，果珍細心地照顧他。皇后因錯斬端妃，日夜睡不安寧，更召邵元節為她開壇；時珍卻認為她有病，請求大王子帶往見皇后，經診斷她是被心魔纏繞。龐憲以紅豆向慕榕暗示愛意，令慕榕決帶時珍往見劉老師言明一切；龐憲回來得知慕榕已停學，追出又失去蹤影，難過不已。因照顧一姐兒子，令果珍也同染上風疹，因禍得福，與一姐感情更佳。

嚴嵩要時珍在修本草時加重煉丹方面，時珍拒絕而激怒嚴嵩；時珍在太醫院內被排斥，甚至要他為皇上愛貓診治。龐憲看不過眼與父商量，並決定拜時珍為師。當龐憲來到時珍家拜師，正當時珍首肯，驚見他日夜思念的慕榕出現。

龐憲驚見慕榕竟是時珍的妻子！但在眾人面前，龐憲也不得不向這「師母」跪拜斟茶。

龐憲失意醉酒，冬青安慰他時不慎洩露時珍早知此事；言談間二人共感天涯淪落之惜，龐憲更謂如有人為他縫一件皮草便好了。

龐憲與時珍見面仍感尷尬；冬青購入皮草欲製衣給時珍，龐憲卻誤會是為他造。一姐幼兒已戒奶但她尚未發覺，果珍竟私自將粥給他，卻將母乳飲下。冬青以怕時珍冷壞為理由，以毛衣相贈。時珍與龐憲在煉丹房外偷窺，進一步獲知更多秘密。

時珍以冬青毛衣轉讓給龐憲，冬青知後大怒要取回毛衣；慕榕看見以為二人關係密切。龐憲向冬青表示，明白暗戀感受，冬青叮囑他勿多言。一姐終得知果珍以朱砂詐病，果珍才知他飲的是一姐母乳，發誓再不飲奶。

皇帝感精力不及從前，嚴嵩乘機勸說要「煉金丹」，皇帝應允；嚴嵩怕金丹出問題，與邵元節合謀以真人來作試驗。皇后向時珍賞賜銀両，時珍轉贈太醫院眾人；但當時珍準備離開時，嚴嵩突然派人以受賄罪名捉拿他。

嚴嵩欲以時珍未經批准便應診之事問罪，幸大王子帶同皇后來解圍才得以脫險。龐憲跟時珍回家吃飯，二人促膝詳談，隔膜盡除。龐憲往找小地藏「拔罐」減壓，冬青自薦為他動手，卻被慕榕看見。

慕榕回家後對眾人說龐憲與冬青相襯，卻被時珍喝罵。果珍得知一姐如不能買屋定居，便要回鄉，於是決心為她籌錢。龐憲見煉丹房搬物件上山，暗隨之下驚見發生爆炸；於是偷偷將爆炸物帶給時珍，終發現他們欲練「金丹」。時珍為冬青受小傷而慌張，龐憲私下提示冬青應避忌，又勸時珍不應再找冬青修書。慕榕約冬青去花卉展，亦分別約了龐憲及時珍；時珍見龐憲與冬青玩得愉快，心感不快。果珍發現波斯人高薪要人試藥，為讓一姐定居終於答應，為隱瞞家人更以涼茶減口氣。

慕榕與冬青同浸溫泉，二人終可獨處互訴心事。冬青意圖解釋頸鏈事件，為免慕榕再生誤會，寧讓慕榕以為她與龐憲發展。二人在酒寮對飲，冬青慨嘆寧願自己辛苦，令時珍等兩個人幸褔又何妨。

慕榕開始擔心冬青暗戀時珍；一姐笑果珍變得滿臉鬚根，連果珍也未知自己身體開始變化，更興高采烈將所得酬金給一姐買屋。龐憲來冬青處前吃了柿子，再吃了她們的蟹粉小籠包而產生敏感。一姐對果珍為她籌錢買屋而煩惱。

費盡心思，「金丹」終於煉成；但事實證明服用者會出現中毒情況。但嚴嵩想利用金丹控制皇帝，一意孤行將藥獻上。皇后勸皇帝放棄金丹不果，唯有要嚴嵩一同服食，但嚴嵩竟以為是時珍幕後促使此事。時珍發現少了修草本草稿，要果珍代他去取回；冬青見果珍來取不禁大怒，在盛怒下更親自將草稿交予時珍。二人僵持時被慕榕窺見，她終忍不住上前詢問原由；冬青只好藉詞往找龐憲，回家痛哭。另一方面，慕榕在街上呆滯遊蕩，冬青遇上她，終說是自己暗戀時珍，慕榕為自己令她這麼難堪而感難過。

當慕榕回家，時珍說要對她坦白，但慕榕說出已知道冬青暗戀他；時珍為冬青獨自承擔而愣住。冬青上山時見龐憲持花等候，了解他是想鼓勵自己。時珍狂吃「十全大補餐」發洩後，見龐憲與冬青投契，更感不是味兒。

一姐發現果珍不單甩頭髮，且出現幻象，更以為一姐是他死去的妻子。時珍見龐憲與冬青有親密接觸，時珍心頭一緊。果珍與一起試藥的阿炳發現身體出問題，果珍帶他回去找父把脈時，阿炳突然暴斃，言聞發現他已中毒。

果珍說出自己也有試藥一事，言聞即時為他去毒；一姐為果珍以身犯險而邊哭邊罵，二人感情再增。龐百川與時珍等人一同搜查波斯店，但該處早已人去樓空；因為時珍多次查探，嚴嵩決定要除去時珍。幸時珍被暗殺時，剛巧因龐憲在旁而救了他一命。

時珍等人親向皇上勸諫，但可惜皇帝堅拒不信金丹有問題。龐憲送花給冬青，卻令她難過，時珍因此有所悟，決回家陪慕榕；二人更親密地往看戲，怎料卻沒有留意在一旁的冬青及龐憲。

龐憲要冬青忘卻時珍，冬青忍痛離開。時珍偶遇冬青，冬青忘情激動地上前擁抱時珍，卻被慕榕看見。時珍追趕慕榕，冬青卻突然暈倒。龐憲陪冬青回家途中，冬青卻發現自己視力出問題。

因為慕榕出走寄居劉老師家，李家度過了一次冷清的年夜飯；眾人鼓勵時珍追回妻子，而冬青則獨自困在房中。時珍在太醫院詢問龐憲有關慕榕情況，龐憲亦好言相勸。皇后急召時珍入宮，時珍等到入宮後驚見皇帝危坐欄杆上。

皇帝雖然被時珍被救回，但仍不信是丹藥出了問題；被救後竟認為嚴嵩及邵元節有功，更與時珍一同獲賞。小地藏與時珍找到秘密練功散毒的嚴嵩，小地藏更救了嚴嵩一命。冬青病情加劇，時珍卻以為冬青刻意不理會自己。冬青在酒寮獨自斟酌，被人調戲時竟得嚴世藩解圍。小地藏與時珍合謀要查嚴嵩煉丹事，特意當眾決裂，小地藏更成功任嚴家醫師。慕榕從一姐口中得知，原來時珍冬青相愛在先，自己竟是第三者。慕榕往找冬青，但冬青錯當成她為一姐說出心事，慕榕才知冬青盲了。

冬青視力衰退惹來茶客滋擾；慕榕突然以出現，更以老闆娘姿態為冬青解圍。眾人以為慕榕特意回來奪權令冬青難堪；但當二女獨處時，慕榕始說為了協助冬青守護店舖，更說不會說出她患上暴盲一事。

元宵夜，慕榕回家替張嬌預備補湯，卻避見時珍而遁走；時珍追出卻未能相遇。時珍往找慕榕更刻意送上禮物，卻被慕榕打破。慕榕向時珍質問如何處理與冬青關係，不想他為了責任而與她一起。

慕榕並交還戒指及要時珍在休書上簽字，令時珍與龐憲為她的柔弱外表與堅強內心而驚訝不已；最後時珍堅決不肯簽名。果珍與一姐傾談此事時卻被冬青聽見，冬青找慕榕詳談，但反被慕榕勸她要自愛，要專心治病。時珍在街市遇上替失婚婦人抱不平的慕榕，知道她病了，特意帶藥探望卻被拒。言聞等以為時珍要休妻，最後才知是慕榕的執著。小地藏從嚴嵩處得到丹藥，終於知道他們以水銀製丹藥。

世藩始終懷疑小地藏是奸細，欲測試他以一網成擒。時珍邀慕榕看戲，但慕榕卻發現不見冬青，與時珍努力往尋冬青；慕榕見時珍緊張帶冬青離開，心感難過。時珍雖有感欠了冬青，終明白慕榕寫休書目的。

冬青終讓龐憲替她醫治眼疾，更暗示希望重新過新生活，龐憲明白冬青只是為了讓時珍等安心而作出此決定，心感難過。時珍想求楚王代他告御狀，卻得知他已身身患惡疾。有方士中毒，得小地藏醫治，爭取了嚴嵩父子的信任。

龐憲成功治好冬青雙眼，卻知她欲離開他而心神不定。此事卻被一旁的慕榕得知；慕榕公開說要回鄉找荊王，而慕榕與冬青亦分別向對方隱喻將會讓愛。

時珍偷聽到嚴嵩的密謀，本欲找皇后勸皇帝，卻碰上皇帝突然暈倒。時珍救醒重帝，勸他停服丹藥，更說出這一切乃嚴嵩父子奸計。皇帝與時珍到煉丹房，反被嚴嵩以時珍毒害皇帝而收監。原來嚴嵩父子設局令皇帝認為時珍謀殺他，要將時珍收監候斬。

嚴嵩將時珍家人收監，冬青假扮有眼疾騙過世藩讓小地藏離開。慕榕攜時珍手稿逃走，在山崖前被世藩追到，慕榕被逼一躍而下；最後世藩發現手稿只是副本。時珍與家人在獄中，感嘆能死在一起，也沒甚可怕。

墮海的慕榕幸運地被漁民所救。楚王父子及百川為時珍家人求情，龐憲見父甘願退職也要救時珍家人而感動。冬青與龐憲因收到慕榕傳來的暗號，大家終能相見；但大王子卻帶來時珍將被斬消息。

龐憲努力安排時珍家人逃走回鄉；冬青卻不願離去，而且為了營救時珍，更主動往找世藩。世藩向冬青表白，冬青利用這機會向他說要待父脫罪才再作打算，更欺騙世藩說自願到囚房查問本草下落。冬青在囚房中，趁世藩往見楚王時，用計救出時珍，並與門外的大王子會合，一同往見慕榕及龐憲。四人兵分二路逃走躲避世藩追捕。冬青暴盲症復發，幸得龐憲悉心照顧。

時珍在途中見被蛇咬患者，因而放棄逃命與慕榕上山尋草藥，卻為救慕榕而被蛇咬；在慕榕盡心照顧下而轉好的時珍，卻不知行蹤已敗露。時珍將慕榕帶回荊王府，更交出休書，怕再連次累慕榕。

慕榕往找時珍，堅持要跟他一同去修書；可惜世藩百川等人也尋至。時珍等幸得曾被時珍救過的漁、樵、耕、獵四人相助逃脫。但世藩眼見時珍等人快逃走，竟以箭射向眾人，慕榕中箭倒下。

時珍等人終成功逃到冬青家，為救重傷的慕榕，時珍決為她開刀取箭；但因尋不到適合的麻醉藥，最後決定採用萬陀羅花一試，並以身試藥而暈倒。時珍剛成功為慕榕拔去箭頭之時，百川及世藩尋覓而至；時珍將本草資料交給龐憲要他帶走，自己主動向世藩自首，冬青則留下照顧慕榕。冬青以木頭車，載著慕榕往法場見時珍最後一面。時珍與慕榕彷如隔世，而世藩亦質問冬青為何要騙他。

在行刑前的一刻，大王子帶同聖旨及時趕到。原來皇上見楚王服食丹藥而死，明白了事情因果，免了時珍一死。龐憲決定跟時珍四處遊歷修書，冬青與慕榕亦找尋自己生活。當時珍與龐憲在途中，各自遇上生命中重要的人。