Zes maanden zijn verstreken. In plaats van dat de tweede Chaos Control Sonic en Co naar huis heeft gebracht, heeft het juist meer onderdelen van Sonic’s wereld naar de aarde gehaald.

Seizoen 2 bestaat uit een aantal losse verhaallijnen gebaseerd op onder andere de spellen Sonic Adventure, Sonic Adventure 2, en Sonic Battle. Zo vecht Sonic met het wezen Chaos, komt zijn dubbelganger Shadow tegen, en neemt deel aan een vechttoernooi. Uiteindelijk blijkt dat Sonic’s wereld en de aarde volledig dreigen te fuseren. Als dat gebeurt, is de ramp niet te overzien. Enige mogelijkheid is alle effecten van Chaos Control weer ongedaan maken. Tails en Chuck, de grootvader van Chris, bouwen een grote poort waarmee alle wezens uit Sonic’s wereld terug kunnen worden gestuurd naar hun eigen wereld.

אגמן משחרר את כאוס, אל החורבן, שהיה חתום במשך 4,000 שנה, וחובר לשאדו הקיפוד, שרוצה לנקום באנושות.