Con l'aiuto di Chuck, il nonno di Chris, Sonic deve salvare i suoi amici Cream e Cheese che sono tenuti prigionieri in una struttura militare.

Quando il dottor Eggman sferra un attacco con l'E-23 Missile Wrist, Tails, Amy e Chris cercano di abbatterlo, ma il potente robot si rivela un nemico formidabile.

Il presidente manda a scuola di Chris una spia che si finge un insegnante. Quando salta fuori uno Smeraldo del Caos, sia Eggman sia Sonic tentano di prenderlo per primi.

Dopo essere stato ingannato dal dottor Eggman, Knuckles incolpa Sonic per essere rimasto intrappolato nel mondo degli uomini e lo sfida a battersi.

Il dottor Eggman invia un insegnante robot per fare il lavaggio del cervello a Chris e ai suoi compagni di classe, ma finisce per non attenersi al programma prestabilito.

Sonic e i suoi amici hanno mantenuto segreta la loro presenza in casa Thorndyke, ma una visita dello zio di Chris mette a rischio la loro copertura.

Il dottor Eggman scopre che l'esercito lo sta spiando e manda in orbita il suo robot E-90 per distruggere tutti i satelliti, lasciando senza TV gli abitanti della Terra.

Chris e i suoi amici vanno in un resort al mare. Il divertimento è interrotto dal dottor Eggman che rovina la festa, liberando i suoi robot per costruire un parco marino.

La squadra del dottor Eggman e quella di Sonic si sfidano in una partita di baseball. Il premio in palio è un altro Smeraldo del Caos.

Il presidente cerca di catturare Sonic usando un finto Smeraldo del Caos, ma è Rouge a cadere nella trappola e a finire alla base del dottor Eggman assieme a Topaz.

Rouge e Topaz sferrano un attacco alla base del dottor Eggman dopo che Chris e Tails lo affrontano in seguito alla scoperta di un terzo Smeraldo del Caos.

Eggman parte con lo Smeraldo del Caos, mentre Sonic salva Tails e Chris. Il tempo stringe per Rouge e Knuckles, intrappolati nella base del dottore.

Il presidente organizza un ricevimento per festeggiare la sconfitta di Eggman, con Sonic come ospite d'onore. Sfortunatamente per lui Sonic non si trova da nessuna parte.

Eggman ritorna per portare scompiglio con una nuova fortezza volante, la Egg Fort. Sonic vuole abbatterla, ma ha bisogno del Tornado X per raggiungerla.

Dopo aver individuato uno Smeraldo del Caos nei mari del Sud, Sonic e gli amici organizzano una spedizione per recuperarlo nelle viscere di un relitto.

Il cacciatore di tesori Hawk si offre di regalare al suo nuovo amico Knuckles uno Smeraldo del Caos nascosto, ma Eggman invia la Lady Ninja E-91 per rubarlo.

Dopo un atterraggio d'emergenza nella savana selvaggia, Tails e Chris guidano una protesta contro la costruzione di una diga in una riserva naturale.

Sonic e i suoi amici visitano un castello dove la madre di Chris sta girando un film. Quando un membro della troupe libera i fantasmi, la situazione si fa spettrale.

Chris e la banda si godono un rilassante viaggio sulla nave da crociera di suo padre, quando all'improvviso appare la Egg Fort di Eggman... in un ghiacciaio!

Sam Speed sfida Sonic in una gara con la sua nuova auto da corsa. Sonic accetta di partecipare quando l'assistente del presidente chiede aiuto a Eggman.

Chris e la banda cercano Cheese, che si è perso in una colonia. Pensando che la banda abbia trovato un altro Smeraldo, Eggman manda E-66.

Il padre di Chris compra senza saperlo un anello con uno Smeraldo del Caos e organizza una festa a sorpresa per la moglie, ma la gemma attira l'attenzione di Eggman.

Sonic non smette di correre ed è colpa dell'E-88 di Eggman. I suoi amici cercano di fermarlo con il Tornado X, ma non è facile.

Knuckles propone una tregua a Eggman per trovare tutti e sette gli Smeraldi e tornare a casa. Il pensiero della partenza dei suoi amici rattrista Chris.

Eggman inganna Chris e Knuckles e si fa consegnare i loro sei Smeraldi, prendendo in ostaggio Chris. Per salvarli, Sonic affronta un robot alimentato a Smeraldi!