太后命人在文淵閣放火，企圖燒毁《永樂大典》內藏的秘密，可是《永樂大典》卻被金鎮南趁機盜走。多年後，大盜「百變狐狸」五人受託往鎮南鏢局偷取物件，丁叮噹溜到藏寶室驚見大猩猩看守，幸得被困藏寶室的秦劍相救。

叮噹守諾，返回鎮南鏢局救出秦劍和大猩猩，其後丁松邀秦劍加入「百變狐狸」。叮噹替秦劍剪髮、剃面毛後，驚訝秦劍樣貌俊朗。方正設置機關捉拿偷入平安大押的小偷，卻被錢錢誤事；叮噹追賊至花滿樓，但失去對方蹤影。

江湖中人覬覦百變狐狸從鎮南鏢局偷來的《永樂大典》，毒手鷹王與丁松、秦劍交手時，其子突然吐血，秦劍提議鷹王廢了兒子的武功來救他。毅力、叮噹、秦劍護送《永樂大典》到京城時，鍾情秦劍的喀麗絲設計引秦劍相見。

四皇爺派人與毅力、叮噹、秦劍接頭，並邀三人往東王府作客，秦劍被迫與侍衛總管文達比劍，文達不敵，皇爺要他自殘一臂。東廠首領袁嘯天要為文達討回公道，幸叮噹請求皇爺派人為秦劍解圍；叮噹答應為皇爺找書生孫嵐。

四皇爺要孫嵐鑑證《永樂大典》後，要叮噹潛入皇宮偷取太后墨寶，才肯釋放秦劍等人；孫嵐要求與叮噹同進宮，皇爺答允。叮噹阻止宮女葵盈投井自盡，後得知她與皇上兩情相悅，卻被皇爺逼婚，叮噹決助她來換取太后墨寶。

太后、皇上來謝叮噹，叮噹趁機要求得到太后墨寶；孫嵐認出《永樂大典》中的情詩是太后的字跡，叮噹因而洞悉四皇爺欲揭發太后的私情，遂與孫嵐施計瞞騙皇爺。麗絲苦纏秦劍，秦劍使計激走她。丁松迷戀茜茜，錢錢不快。

錢錢哭訴被丁松冷待，把丁松罵走；毅力等人偷聽到二人對話，擔心不已。秦劍懷疑茜茜接近丁松另有目的，卻未有頭緒。茜茜試探錢錢是否百變狐狸不果，憶起亡夫被百變狐狸殺害往事。麗絲昏倒在平安大押前，被丁松發現。

麗絲、毅力分別向秦劍、叮噹示愛失敗，二人在街頭相擁痛哭。茜茜約見自稱百變狐狸的人，丁松同往拆騙局，更自揭真正身份。秦劍告知叮噹其往事及加入百變狐狸的原因。錢錢與丁松再為茜茜而爭吵，拉扯間丁松推倒錢錢。

麗絲利用毅力來刺激秦劍，卻讓毅力誤會。茜茜找師兄幫忙，計劃將百變狐狸一網成擒。錢錢接獲生意，遂派叮噹和秦劍前往救人，叮噹誤觸機關，二人有驚無險。孫嵐被誤認是方正遭擄走，毅力、方正等前往營救，卻遇埋伏。

丁松洞悉茜茜的詭計，發毒誓否認殺了其夫。毅力難以接受麗絲利用他來刺激秦劍，在雨中哭泣呼喊。丁松挽留茜茜，並向她示愛，茜茜難過。叮噹失蹤，事前原來遭秦劍拒愛。眾人遍尋不獲，丁松說出把叮噹嫁給找到她的人。

叮噹找孫嵐散心，並陪他赴京考科舉。毅力和方正尋叮噹至寶榮齋，遇上孫嵐的青梅竹馬方婉君，三人同往找叮噹和孫嵐。秦劍被派往助許博學考取狀元，因而得知博學是受四皇爺指派往考功名。叮噹與孫嵐投棧，竟遇見秦劍。

毅力先後向婉君、叮噹示愛，皆遭拒。丞相與眾考生吟詩作對，孫嵐才華出眾，丞相讚賞。毅力和方正到丞相府工作，暗中視察環境，好讓秦劍擬定偷取試題的方法。四皇爺得知孫嵐的才華勝過其安插的考生，遂命人對付孫嵐。

廣東會館被人放火，叮噹看見孫嵐安然無恙，激動得擁抱著他。秦劍、叮噹與毅力、方正裡應外合到丞相府偷取試題，卻被侍衛發現，幸最後成功逃脫。叮噹將試題交給孫嵐，孫嵐竟將試題公諸於世，幸被丞相審問後釋放赴考。

叮噹無意中看見《孫嵐日記》，感到心甜。博學交白卷，秦劍卻保證他一定金榜題名。毅力潛入丞相府，易容成丞相的模樣，將博學的試卷偷龍轉鳳。放榜日，博學成為狀元，孫嵐只入選進士。孫嵐向叮噹求婚，叮噹不知所措。

夏豹及杜蛇欲委託百變狐狸從蘇州官庫偷運出一千萬両黃金，丁松拒接生意後，平安大押被人縱火，丁松不知所終。叮噹為情苦惱，錢錢質問秦劍是否愛叮噹，秦劍堅決表明不愛。孫嵐衣錦回鄉，婉君開口要孫嵐娶她為妻……

孫嵐向婉君表明自己鍾情叮噹後，留信離去。丁松發現夏豹及杜蛇是錦衣衛，又找到了茜茜，更分析嘯天因喜歡她而殺死其夫。毅力易容成叮噹的模樣來拒絕孫嵐的提親，惜失敗。嘯天向茜茜表白，此時丁松潛入東廠有所行動。

丁松放火燒東廠後往找茜茜，並指證嘯天是茜茜殺夫仇人，更迫嘯天使出殺人招式「黃蜂尾後針」。茜茜執意報仇，割脈自殺，要嘯天永遠得不到自己。蘇州官庫失竊，孫嵐緝拿酒後自認是百變狐狸的丁松，丁松對他另眼相看。

秦劍、毅力等助孫嵐調查蘇州官庫失竊案。嘯天率眾搗亂花滿樓後，與秦劍交手，秦劍不敵險被殺。秦劍等擒獲偷金的杜蛇，杜蛇答應供出案件幕後主謀，可是其後杜蛇在獄中被殺。證人杜蛇死了，案件告一段落，丁松被釋放。

孫嵐再次向叮噹提親，眾人意見不一，秦劍提議以投票來決定，最終孫嵐如願以償。嘯天強要與丁松決鬥，丁松被他踢出大海，不知所終。叮噹擔心丁松的安危，向秦劍哭訴，並倚偎在其肩膀，秦劍怕對叮噹生情，即急忙避開。

秦劍鼓勵孫嵐再向叮噹提親，並贊成二人早日成婚，叮噹因秦劍拒認愛她，終答應婚事。成親日，叮噹抱著秦劍，哭著約定和他私奔。叮噹在私奔地點等秦劍，卻驚見孫嵐來至，她向孫嵐表明另有心上人，孫嵐竟表示並不介意。

孫嵐順利與叮噹成婚。秦劍誤中麗絲的佈局，被她用手銬銬著兩人的手。四皇爺在民間製造異象石碑，指當今天子不是正統，更欲找孫嵐向皇上解釋碑文，藉此除去孫嵐。麗絲苦纏秦劍，被毅力痛斥，麗絲難過得擁著毅力痛哭。

秦劍再表明不愛麗絲後，毅力誤以為正在晾衫的麗絲為情自殺而上吊。孫嵐奉命到殿前解說碑文，幸皇上已洞悉異象石碑是四皇爺的奸計，故命丞相勸孫嵐推翻之前所說，改解說碑文為上天勉勵皇上的美言，孫嵐拒絕而被收監。

秦劍投靠嘯天，嘯天要他接招才讓他留下；秦劍成功過關。毅力和方正接獲生意，受託將一塊石頭搬入古墓。毅力借醉向麗絲示愛卻醉倒，醒後，麗絲已回蒙古，並留信向毅力表白，毅力後悔不已。孫嵐為皇上查出石碑是偽造。

孫嵐答應助皇上對付四皇爺和嘯天，並推薦叮噹入宮相助。嘯天派秦劍殺孫嵐，更藉此試探秦劍。毅力和方正執行任務時，被夏豹陷害而被困先帝皇陵。秦劍暗中放走孫嵐，再扮成被高手所傷。毅力和方正引爆炸藥，逃出生天。

嘯天從花滿樓抄家得來的《永樂大典》交給四皇爺。嘯天欲殺秦劍，秦劍答應取百變狐狸的人頭。秦劍與叮噹等人在丞相府見面，被嘯天發現，秦劍謊稱自己與叮噹有私情。秦劍用死囚易容成丁松的樣貌，成功取得嘯天的信任。

孫嵐為了國家大義，答應叮噹假意休妻。秦劍告知叮噹秦父也是錦衣衛，卻突然被處死，故接近嘯天查真相。四皇爺邀天狼法師參與推翻皇上的計劃，天狼答應。孫嵐懷疑叮噹與秦劍戲假情真，叮噹喝悶酒時，秦劍向叮噹表白。

秦劍借醉向叮噹表白，叮噹表示有些事不能回頭。天狼指災禍頻生因皇上而起，只要皇上下詔罪己，退位讓賢，便可平息民怨。太后向皇上坦言其父是鎮南，而先帝曉以大義，讓皇上繼位。四皇爺迫皇上退位，八大將軍趕回宮。

秦劍、叮噹偷取《永樂大典》，惜秦劍失手被擒。四皇爺和嘯天向八大將軍公開皇上非皇室正統的證據，不料被毅力、孫嵐等破壞。嘯天欲對皇上不利，幸皇上和太后是秦劍和叮噹易容所扮，嘯天急逃；原來一切皆是秦劍策劃。

（大結局）叮噹面對孫嵐和秦劍，難以抉擇。錢錢尋回丁松，與叮噹等重聚，此時眾人收到嘯天的戰書。嘯天捉走叮噹，秦劍、方正、毅力聯手對付嘯天，嘯天被殺。孫嵐自知未能保護叮噹，暗中離開。多年後，叮噹找回孫嵐。