同治十三年，同治皇帝駕崩，慈禧太后召眾大臣商議立嗣之事，但她早已決定要醇親王奕譞之子載湉過繼成皇帝。載湉登基，改元光緒，慈安太后中途離去以表不滿；其後奕譞為避嫌亦向慈禧請辭。慈禧不想光緒只顧玩樂，請來翁同龢教導光緒。慈安見光緒惦念母親，讓奕譞妻入宮探望，可是卻被慈禧得悉，於是將光緒鎖於房內。光緒感驚恐，偷偷逃去，卻不慎跌倒，幸被路過的太監李蓮英發現。慈安為此事質問慈禧，二人遂起爭執，慈安拂袖而去。

慈安為表不欲與慈禧相爭，拒見光緒。固倫好言相勸慈安，慈安終心軟與光緒見面。李蓮英梳頭了得，被慈禧欽點服侍她。蓮英成功令光緒自願向慈禧請安，慈禧大喜。蓮英受慈禧之命送禮物出宮，卻遭午門護軍阻止，蓮英對路過的奕訢出言不遜，被奕訢重罰。慈禧為此革除三名護軍之職，奕訢與慈禧理論，慈禧竟要罷免奕訢。慈安得知後，與慈禧爭執，更警告蓮英勿亂說話。慈禧往見活佛，法師推算慈禧此行有風險，還指「西風雖勁，東風更強」。

慈禧離開西山寺時遇強風，被拋出轎外，幸得巡城御史榮祿救駕。慈禧為《伊犁條約》煩惱之際，偶然看見「榮祿利我」四字，故賜封榮祿為內務府大臣。慈禧因長出白髮而大動肝火，榮祿以布偶戲曲討得她歡心。慈禧想起榮祿救駕之事，遂寫下詩句，卻被李蓮英看見，他還向榮祿查問詩中含意。光緒穿著其母所贈的衣服，蓮英遭慈禧斥責及趕走，榮祿遂自薦為慈禧按摩。榮祿得知慈禧寂寞，於是以春宮圖成功慰解慈禧，並得慈禧主動倚靠其懷抱中。

慈禧四日不上朝，引眾臣猜疑。李蓮英見地位被榮祿搶走，借酒澆愁，酒後吐露慈禧與榮祿之事，讓慈安聽見；慈安撞破慈禧與榮祿的私情，欲以先帝遺詔教訓她，卻念及慈禧多年來為清廷勞心勞力而心軟放過她。豈料慈禧竟動殺機，命蓮英在慈安的食物下毒；慈安毒發身亡，被躲在暗處的光緒看見一切。事成後，慈禧即把慈安的遺體蓋棺入殮，惹奕訢猜疑。慈禧心感被奕訢一直針對，於是藉著清廷與法國多次戰敗為由，將奕訢等人的官職革除。

慈禧殺死慈安後，經常產生幻覺，於是誠心禮佛，幻覺消失。光緒長大，但慈禧仍不願還政予他。光緒微服出宮，遇上女扮男裝的他他拉氏，光緒對她敢言的性格大表欣賞，並抬得其遺下的玉珮。慈禧暗示拒還政，翁同龢遂勸光緒向慈禧提出先訓政三年才親政，慈禧答允。慈禧打算安排光緒的表姐鳳儀為后，光緒不悅。光緒重遇來選后的他他拉氏，她欲取回玉珮不果，與光緒起爭執，卻不知對方是皇上。選后時，光緒繞過鳳儀，慈禧、固倫大表緊張。

光緒走在他他拉氏面前，慈禧大為緊張，光緒唯有走向鳳儀，選她為隆裕皇后。慈禧指責光緒，光緒解釋後，慈禧息怒，並接納固倫建議，立他他拉氏兩姊妹為瑾妃及珍妃。光緒冷待皇后，皇后表明心意，光緒終放開對皇后的偏見。慈禧要皇后將光緒與翁同龢的對話每日彙報，令光緒擢升大臣的計劃被破壞。同龢懷疑皇后告密，光緒遂質問皇后，皇后賠罪，光緒憤而離去。皇后淋雨求光緒原諒，並指自己不敢違抗慈禧命令，光緒感同身受，原諒皇后。

光緒多日不上朝，被慈禧責罵，散心時又被珍妃觸怒，於是將珍妃囚於柴房內。光緒經固倫勸說後，回復上朝，但事事仍要聽從慈禧之意。瑾妃為珍妃求情，光緒釋放珍妃。皇后帶病跪見光緒，光緒卻指心內有刺，慨嘆二人有緣無份。適時珍妃聽到二人對話，開始對光緒改觀。光緒召見珍妃，遭李蓮英阻止，其後光緒在御花園遇見珍妃，珍妃得知光緒之難處，決懲罰常搬規矩壓制光緒的蓮英。固倫安慰皇后，並勸皇后禮待珍妃，可望令光緒改變心意。

珍妃與皇后爭吵，光緒替她解圍時誤推跌了皇后，皇后傷心地將定情玉珮交還光緒。李蓮英觸怒慈禧而被棄用，曾受蓮英培育之恩的寇連才向慈禧求情，慈禧要連才侍奉光緒。日本簽署《天津條約》後仍常駐兵到朝鮮，軍機大臣李鴻章建議以外交途徑解決，將責任一力承擔。奕譞在家中吐血而死，慈禧拒讓光緒出宮見他，光緒傷心不已。榮祿向慈禧送禮，慈禧讓他回宮擔任侍衛內大臣。頤和園落成，慈禧決意帶走珍妃，欲製造機會讓光緒與皇后相處。

慈禧遷入頤和園，卻對政事未感放心。光緒與皇后日夕相處後，心內芥蒂消除。珍妃病倒，固倫提議將珍妃送回宮中，慈禧答應。皇后見珍妃回宮感威脅，加上慈禧催促產龍裔，於是往拜觀音求子。珍妃言談間取笑慈禧，被慈禧問話，幸得寇連才巧言解釋，平息事件。慈禧再要求皇后彙報光緒之一舉一動，皇后哭求慈禧收回承命，慈禧答允。光緒向皇后傾訴懷緬慈安之話傳到慈禧耳中，慈禧刻意讓光緒誤以為是皇后出賣他，令光緒再次冷落皇后。

皇后感染風寒，但光緒拒絕探望，讓皇后心死。朝鮮爆發農民起義，牙山清軍被日軍包圍，光緒決定出兵。光緒與珍妃向慈禧稟告事件，慈禧答應出兵。甲午戰爭爆發，但慈禧六十大壽將至，於是慈禧召見李鴻章，得知清兵處於劣勢，命其退軍，豈料光緒堅持出戰，展開了黃海之戰。大壽當日，慈禧不理戰況，只顧看戲，珍妃、光緒冒死向慈禧提出節省大壽開支來撥往軍費，可惜不被接納，還得悉黃海一戰傷亡慘重，光緒悲痛不已，慈禧卻無動於衷。

光緒責問李鴻章黃海戰敗之罪，因而得知大部分軍費撥至建頤和園。慈禧表明停戰後，光緒卻繼續再戰，令慈禧不滿，光緒憤而提出廢帝，慈禧拒絕。皇后與李蓮英設計陷害珍妃，怎料日軍此時攻打天津，慈禧無心處理此事，放過珍妃。日本開出苛刻條款，逼鴻章簽訂《馬關條約》。光緒在翁同龢的建議下，先行簽署條約，再伺機參考南海舉人康有為等人所建議變革圖強。浙江軍主導袁世凱認同有為的改革言論，可是卻聽到榮祿有意封殺有為等人。

清廷簽了《中俄密約》，國內四分五裂。珍妃兄長及老師上書要求恭親王復出，李蓮英建議皇后藉此剷除珍妃，最後慈禧將珍妃降為貴人。光緒猜到是皇后陷害珍妃，怒摑皇后。皇后在慈禧面前哭訴，慈禧卻警告她不要再搞事。翁同龢向有為請教治國之道，光緒對其「行新政、用新人」的意見大表讚同，可是向慈禧提出卻換來一臉討厭，慈禧還罷去同龢之差事。奕訢臨終前勸慈禧放手予光緒治國，慈禧思前想後，決定封榮祿為大學士扶助光緒。

慈禧答應讓光緒維新變法，自己則搬往頤和園休養。光緒召見康有為共商改革之事，並任命他為總理衙門章京，籌備變法事宜。光緒24年，清廷開始修政，光緒取消修葺紫禁城的撥款，引起眾舊軍機大臣不滿，以罷工威脅。光緒聽從翁同龢指示，與眾大臣言和及作出讓步，但大臣們竟要求光緒停用眾漢人，光緒氣得罷免四人職務。榮祿等人直闖頤和園，慈禧得知後要光緒廢新政，光緒拒絕。榮祿向慈禧建議削新黨勢力之辦法，更提出讓同龢回鄉。

光緒得知慈禧有意將他的帝位廢除，與康有為等人商量後決定先殺榮祿，再派兵要求慈禧交出政權，並將此事交由袁世凱執行。豈料世凱被榮祿游說成功，還偽造手諭，指光緒有意謀害慈禧。慈禧與光緒對質，珍妃為光緒承擔一切罪行，慈禧遂命人拉走珍妃，軟禁光緒，並下旨緝拿與新政有關的人。固倫為光緒向慈禧求情，使慈禧猜到假手諭是榮祿捏造，但她念在能重奪大權，於是放過榮祿。戊戌維新失敗，光緒茶飯不思，珍妃著連才帶書信給光緒。

皇后見珍妃願意為光緒頂罪，自愧不如，遂安排光緒與珍妃見面，豈料慈禧來至，更謊稱是自己悉心安排，讓光緒加深對皇后的誤會。溥儁見一洋人持刀走進御花園，出手制止，使慈禧大為欣賞。榮祿使計令慈禧決定立溥儁為大阿哥，廢除光緒之帝位。寇連才漏夜寫下奏摺，冒死向慈禧進諫，求慈禧收回廢帝的決定。光緒得知連才已死的消息，當場暈倒。西洋各國不滿朝廷另立大阿哥，榮祿獻計提議慈禧請光緒親自主持溥儁的加冠大典，光緒竟答應。

光緒為溥儁加冠，卻遭慈禧暗諷。民間組織義和拳殺害境內洋人，自稱刀槍不入，還要取「一龍二虎」之人頭，有大臣遂提議慈禧向他們招安，慈禧卻決定圍剿義和拳。載漪從中作梗，成功令慈禧召義和拳入宮，並將拳民編制，名為義和團。日本及德國公使要見光緒，溥儁阻擋兩人的去路，並不滿洋人的態度，於是要義和團教訓二人。怎料義和團殺死兩名公使，使大清與洋人關係勢成水火。慈禧收到洋人的詔令，對其要求感無理，決定開戰解決事件！

慈禧向八國宣戰，珍妃擔心載漪父子對光緒不利，遂請求固倫及皇后幫忙。皇后千辛萬苦帶走光緒，但光緒得悉要倚靠洋人相救後，竟拒離開，此時慈禧率眾來至，將眾人押回宮中。聯軍攻佔天津，繼而攻入北京，載漪建議慈禧避走西安，並帶走光緒，免受洋人支持的光緒藉此重奪政權。光緒拒離開，慈禧求珍妃幫忙勸說，珍妃假意答應，實質勸光緒不要退避。慈禧臨離開前，力數珍妃罪行，並命人推珍妃下井，珍妃反痛罵慈禧，然後自行投井自盡。

慈禧以光緒性命威脅皇后哄騙光緒離京；光緒惦念着珍妃，皇后道出珍妃已死，光緒憤然往殺慈禧惜不果，遂上吊自殺，幸得皇后相救，並答應皇后不再尋死。慈禧、光緒、皇后與眾人失散，只好跟着民眾逃難，更險遭義和團洗劫，幸清兵及時趕至相救。載漪勸溥儁不要再恃權鬧事，怕其大阿哥地位不保，溥儁竟萌起殺光緒的念頭。行刺失敗，溥儁雖免一死，但遭慈禧廢除其大阿哥之名號。李鴻章代表清廷與八國簽訂《辛丑條約》後，慈禧決定回京。

光緒前往探望固倫，卻遭李蓮英阻撓，光緒憤然怒摑蓮英。袁世凱趁機游說蓮英對付光緒，令慈禧廢光緒皇位。慈禧因吸食過量鴉片致身體虛弱，決定戒煙，但蓮英仍在慈禧的茶中加入鴉片，使慈禧病情惡化。慈禧向光緒表明於他壽辰日還政予他，光緒卻無意再執政，更有意削髮為僧。蓮英謊稱固倫已向光緒說出慈禧殺死慈安的秘密，慈禧為保清譽，決定向光緒下毒手。光緒駕崩後，慈禧立醇親王之子溥儀為皇嗣後，氣絕身亡。溥儀繼位，改元宣統。

宣統成為皇帝，政事由載灃攝政，隆裕則效法慈禧垂簾聽政，與載灃展開明爭暗鬥。孫文領導的革命軍在武昌起義，載灃起用袁世凱對抗，世凱卻向孫文提出共和，以保紫禁城內不變。中華民國成立，世凱成為第一任大總統，處處為難載灃。隆裕病重，但仍痛斥載灃未有為清廷盡力，終氣憤離世。禁宮改由瑨妃、瑜妃、珣妃及瑾妃「四太妃」掌管，瑾妃升為端康太妃控制着宣統的生活，還要溥儀親弟溥傑及堂弟溥佳進宮一同學習，豈料三人只顧玩樂。

眾大臣決定聯名上表宣統恩准袁世凱稱帝，載灃雖極力反對，但最終無奈答允。世凱改元稱帝，並自命「中華帝國洪憲皇帝」，可是不足百日，世凱被各方討伐，氣憤下一病不起。張勳率師於1917年回京復辟，可惜不足12日復辟失敗，民國政府仍然掌控大權。民國政府為長大成人的宣統請來洋人老師莊士敦，莊士敦勸宣統親政，宣統主動了解新文化運動的思想，更願意接受外國文化及先進科技，並決定剪去長辮，端康趕來看見，氣得當場暈倒。

宣統剪辮，令端康大怒，她遂將袁公公逐出宮，改由張謙和服侍宣統。端康與宣統為謙和起爭執，二人不歡而散。六福晉要求宣統向端康賠罪，反被宣統指責，其後又被端康奚落，再加上回家後看見載灃與侍婢有私情，傷心下自殺。民國總統黎元洪派人向宣統提親，宣統無奈接受，最後立婉容為后，文綉為妃。莊士敦表示有辦法帶宣統出宮見識世界，宣統經文綉鼓勵後，決定與溥傑、溥佳出宮，可惜被載灃截獲。在載灃的跪求下，宣統答應不離宮。

（大結局）宣統發現太監與大臣勾結變賣宮中文物牟利，於是將所有太監革職趕離宮，順道減少內務府的開支。豈料內務府開支並未減少，宣統決定封駐日本大使鄭孝胥為內務總管大臣，進行改革。端康病重，臨終前勸宣統勿太信任孝胥。端康離世後，宣統自知難有作為，終日吃喝玩樂。1924年11月5日，民國代表鹿鍾麟率兵闖入紫禁城，要宣統簽紙退位，永遠廢除宣統的稱號，並立即遷出紫禁城。最後宣統與各人緩緩步出紫禁城，依依不捨。