捕头佟林助云翼山庄庄主云鹏击退马贼，马贼欲捉有通灵眼的鹏女小雀儿，却误捉大夫麦青山之女麦玉芝，欲以她交换雀，幸林将她救回。相士潇湘女被杀，客栈少掌柜海棠怀疑此案与鹏有关。山验出女脚底有青斑，却隐瞒林。

佟林发现潇湘女脚底的青斑，并得悉云夫人表妹银娃曾请麦青山诊病，她死时脚底亦有青斑。林从女脚底抽出毒针，并查出此针法为针灸术的秘技「金蛇探穴」。麦玉芝获老师贾盈烟相告，芝母死时脚底亦有青斑，芝大感震惊。

麦玉芝向麦青山追问母亲的死因，父女不欢而散。山找贾盈烟算帐，更打伤对方，烟愤而向知县胡原状告山杀害妻子华倩如。仵作刁五门开棺后找出如的脚骨中确插有金针，故他向山勒索，却被捕快雷大力发现，遂劫走其银両。

麦青山成为杀人疑凶，被带返衙门调查。麦玉芝答应云鹏往其山庄雕玉像，芝借机调查银娃之死因。鹏妻柳若水遗失宝贵的珍珠衫，原来鹏偷偷把衫借予情人金兰花。芝于山庄发现疑是佟林妻子曹翠莺遗下的琴，不禁大感惊讶。

麦玉芝追问下人，怀疑曹翠莺曾于山庄暂住。佟林发觉潇湘女房中充斥龙涎香香味，若找到云鹏沾有此香的衣物，便可证明他曾于凶案现场出现。麦青山拒绝作供，林欲取走他诊症之处方，芝怕山被入罪而将之撕毁，与林闹翻。

麦玉芝来向佟林道歉，时云鹏因被林调查而派人教训他，林分心失手被打。林往山庄使计惩处施袭的人，并找到曹翠莺的画像；其后林向胡原申请搜查山庄时，鹏受马贼偷袭，林闻讯赶往，马贼撤退，林藉词欲带鹏回衙门查问。

柳若水将曹翠莺的琴交还予佟林，云鹏与林狭路相逢，两人为夺琴而打斗起来。林成功取回琴，并暗托麦玉芝找出鹏的针灸秘笈。水为芝与鹏争吵，芝欲离去，于是鹏带她参观其密室，芝看见内藏着自己过往的雕件，大受感动。

佟林查到针灸秘笈的事情，怀疑云鹏懂得施「金蛇探穴」的针法，麦玉芝却不相信鹏是凶手。时钦犯燕劲腕儿突然现身古北口，暗中与林等好友联络，似图谋大事。芝终完成观音玉像，鹏举行开光大典宴客，林欲趁机搜索秘笈。

金兰花跟随乔装鹰马王子的燕劲腕儿赴云鹏之宴，花以两人之事作胁，要鹏将珍珠衫送予她，鹏气愤将她留下离去，其后花失去影踪。佟林讹传马贼来袭，趁机搜索针灸秘笈，岂料弄假成真，小雀儿被马贼捉去，幸林成功救人。

金兰花的尸体被发现，其颈为利斧所袭，脚底被施以「金蛇探穴」，麦青山洗脱嫌疑获释。佟林夜探山庄重遇燕劲腕儿，得悉劲腕儿欲向云鹏骗财，资助将军赵无忌起义，劲腕儿更发现了杀花之凶器。麦玉芝为了鹏与山起争执。

云鹏成为疑凶，麦玉芝内心煎熬。佟林要胡原签票拘捕鹏，鹏得悉海棠等人将作证人指证他，于是收买捕快程咬银骗棠往山庄。鹏揭穿燕劲腕儿的身份，与棠一同被擒。原劝林罢手离去，林不允，原竟弃官而逃，林中途截获。

胡原决离去，佟林无奈放过云鹏，并救出燕劲腕儿。鹏派人毒哑金兰花之婢小青，以防被她指控。林捉拿云家总管云川，怀疑他与杀花的钢斧有关。柳若水托麦玉芝带走小雀儿，鹏向众人逼问女儿下落，婢女方儿不慎堕楼重伤。

云鹏往找麦玉芝，愿为她放弃一切与她离开，佟林竭力阻止，情急下向芝透露内心情意。燕劲腕儿试探云川，得悉川并非凶手。鹏对方儿施以「金蛇探穴」，柳若水害怕鹏而逃往找林。鹏听闻芝欲削发为尼，他随即赶往阻止。

云鹏中伏被佟林拘捕。麦玉芝追问林的心意，林不敢承认。小青回复声线，方儿经鹏施针亦康复，林向两人问话后感凶案别有内情。鹏侄云勇暗杀林失败后自尽，时柳若水指出勇是杀金兰花之凶手。林找鹏，鹏却承认所有罪行。

云鹏一力承担曹翠莺等多宗血案，佟林并不相信，还对柳若水起疑。麦玉芝得悉小雀儿并无通灵眼，原来一切皆为水之骗局。林往山庄找水，却被她以毒针偷袭，幸逃脱获麦青山父女相救。芝劝水自首，水对杀人的事直认不讳。

（大结局）柳若水向麦玉芝细诉她犯下的命案，芝疑团尽释，水欲杀芝灭口，幸佟林负伤赶来相救。时云鹏担心芝的安危而越狱赶至，他见林欲逮捕水，愿一死以维护水。水见事情败露，遂挥斧杀鹏并自刎，与鹏一起共赴黄泉。

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