Die 13-jährige Lain erhält nach dem tragischen Selbstmord einer Mitschülerin E-Mails der Verstorbenen.

Alice, Julie und Reika treffen in dem Club Cyberia ein Mädchen, das Lain bis aufs Haar gleicht.

Nach den Ereignissen im Club wird Lain von Herren in Schwarz verfolgt.

Lain entdeckt, dass alle Schüler, die Selbstmord begingen, in ein Spiel namens Phantoma verwickelt waren.

Während Lain über die Bedeutung rätselhafter Nachrichten nachdenkt, beginnt für ihre Schwester Mika ein Albtraum.

Lain trifft auf eine Gruppe von fanatischen Wissenschaftlern, die in der Vergangenheit mit der Gedankenkraft von Kindern experimentierten.

Während über die Aktivitäten der Gruppe KNIGHTS in den Nachrichten berichtet wird, nehmen die Herren in Schwarz mit Lain Kontakt auf.

Lain ist schockiert als sie erfährt, dass Sie für die Gerüchte im Wired verantwortlich sein soll.

Lain verstrickt sich immer mehr in die Netze der virtuellen Welt und fragt sich, ob ihr ganzes bisheriges Leben womöglich nur eine Lüge war.

Lain trifft auf Masami Eri, der sich ihr als Gott offenbart. Lains Realität scheint vollkommen zerstört, als ihre Familie und Freunde verschwinden.

Lain lädt sich einen Emulator in ihren Kopf, und durchbricht so die Grenze zwischen dem Wired und ihrer Realität.

Die technische Grenze zwischen dem Wired und der Realworld ist verschwunden. Alice versteht nicht, warum sie von Lains Erinnerungs-Manipulation außer Acht gelassen wurde.