Didier Mathure, brillant ingénieur spatial, ne s’est pas remis de l’explosion de sa fusée CRISTAL qu’il est nommé contre son gré à la tête du GEPAN, groupe d’étude des phénomènes aérospatiaux non-identifiés. Une pluie de flamants roses est à l’origine du premier mystère qu’il doit élucider.

Didier doit composer avec sa nouvelle équipe : Marcel croit que les cartes postales envoyées par André, l’ancien directeur du GEPAN, sont codées, Rémy s’enthousiasme d’un potentiel atterrissage extraterrestre et Véra répond aux appels de témoins de phénomènes non-identifiés tout en prenant soin d’Hatchepsout, le flamant rose qu’elle a recueilli. Didier apprend qu’une commission est créée pour enquêter sur l’explosion de la fusée CRISTAL et qu’Elise, son ex-femme, en fera partie.

Le GEPAN, en effervescence, se prépare aux grandes rencontres ufologiques où l’équipe doit faire bonne figure. Didier se résout à accepter un marché avec le Commandant Delbrosse, de la Sécurité Militaire, pour obtenir des informations. Marcel se confie à Didier : les cartes postales envoyées par l’ancien directeur du GEPAN permettent d’identifier des témoins d’un phénomène inconnu, qui ont mystérieusement disparu.

Didier et Véra tentent de comprendre ce qu’il est arrivé à Hatchepsout, le flamant rose, qui s’est volatilisé ! Mais plus ils cherchent une réponse rationnelle, plus ils perdent pied. Marcel pense qu’un complot militaire se trame derrière la disparition de quatre témoins d’un même phénomène. Didier comprend que son retard au spectacle d’école de son fils est dû à une saute temporelle.

Didier fait face à la commission d’enquête qui évalue sa responsabilité dans l’explosion de la fusée CRISTAL. Son ex-épouse, Elise, en fait partie. Zorel est prêt à livrer au GEPAN le film recherché par l’armée qui serait la preuve d’un phénomène ovni, à condition que Didier l’aide à prendre la fuite.

Les témoins disparus refont surface tandis que Didier s’interroge sur ce phénomène inconnu qui génère des perturbations électromagnétiques et influe le cours du temps. Véra et Rémy tentent de percer le mystère de l’étang de chaussures. L’étau se resserre autour de Didier : s’il veut rejoindre Elise et travailler sur le projet aérospatial ARIANE, il a un mois pour fermer le GEPAN.

Le commandant Delbrosse pose à Didier un ultimatum pour qu’il prouve que la menace ovni est bien réelle. Elise et Didier se remettent à travailler ensemble mais Elise s’inquiète en voyant que Didier commence à croire à la possibilité d’une vie extraterrestre. Véra va à la rencontre d’un des témoins qui a été en contact avec le phénomène pour comprendre ce qu’il a vécu.

Suite au crash d’un satellite que tout le monde prend pour l’explosion d’une soucoupe volante, Didier est l’invité du journal de 20H. Rémy a peur d’être accusé de la destruction du satellite et de perdre son poste au GEPAN. Véra pense que la clé du mystérieux phénomène se trouve dans les souvenirs des quatre témoins. Elle les aide à se remémorer le moment où ils ont été en contact avec le phénomène.

Le bureau est en ébullition : alors qu’ils cherchent à établir un lien entre les quatre témoins du phénomène, un jeune réalisateur américain débarque au GEPAN, où il veut tourner son prochain film sur les ovnis. Didier fait tout pour l’en dissuader, au risque de se mettre à dos l’équipe. Didier et Elise essaient de tempérer la rébellion de leur fille Diane.

Didier et Véra déchiffrent le message reliant les témoins du phénomène. En enquêtant sur un crop circle dans un champ de maïs, Marcel découvre l’existence d’un prototype d’arme à micro-ondes. Il pense qu’ils se sont faits berner par le Commandant Delbrosse. Didier déchante. Véra continue à croire que les faits surnaturels auxquels ils ont été confrontés ont pour point commun Didier.

L’équipe est sous le choc : elle a découvert le rapport de Didier qui recommande la fermeture du Gepan. Didier décide de démissionner. Elise et Didier trouvent la cause de l’explosion de la fusée CRISTAL. Didier comprend qu’une attaque de grande ampleur va avoir lieu le jour d’une manifestation au Larzac à laquelle sa fille assiste. Didier part pour la sauver.