明末天啟年間，熹宗在位，宦官魏忠賢弄權，更為了一己的私利，廣收中外十三位孤魂，組成恐怖暗殺組織「十三死肖」，傳授各種獨門武藝，以排除異己，陷害忠良。

信王朱由檢不堪明室大好江山任由奸官魚肉，欲與楊漣、左光斗等「六君子」齊起反抗，無奈勢孤力弱，處處受魏忠賢制衡，大為失意傷感。

楊漣不甘熹宗被魏忠賢所蒙蔽，不惜冒死相諫，在朝中力指魏忠賢橫徵暴斂興建生祠，冒天子尊嚴於不理。可惜熹宗昏庸無能，終日沉醉木工，對朝事一概不理。

魏忠賢對楊漣懷恨於心，上奏誣告他與左光斗等人密謀造反，下令捉拿一干人等歸案。楊漣恐信王受牽連，著左光斗安排信王到遼東，投靠邊關守將袁崇煥。

魏忠賢將楊漣等囚禁後，嚴刑拷問其造反組織的頭目，一干人等寧死不屈。忠臣魏大中為助信王脫險，寧供出其子子敬以轉移忠賢注意。

信王藉詞以朝廷欽差之命，去遼東為魏忠賢之生祠主持開光，向熹宗辭行，魏忠賢早有防信王之心，故意扣留其妻信王妃在宮侍奉娘娘，藉此威脅信王。

信王往遼東錦州途中，被魏忠賢手下汪曲所追殺，幸得翩翩公子周廷鋒相救，汪曲不敵而死，但廷鋒卻未留名而別。

信王抵達後，發現崇煥擁有重兵，游說他立舉起義旗，率兵回京討滅魏忠賢。但崇煥表示錦州與金人駐紮陣地相距不到百里，恐一旦出兵後，會引金人乘機侵入關，勸信王暫且按兵不動。

魏忠賢見汪曲死在錦州，以為崇煥包庇手下魏子敬，存心與他作對，遂派手下「羊」殺手楊環捉拿兇徒。幸崇煥機智過人，施計將楊環等殲滅。

魏子敬見老父已為國捐軀，不甘孑然一身避居海外，立誓行刺魏忠賢，以祭亡父在天之靈，可惜寡不敵眾，慘被忠賢當為餐中肉。

忠賢為練成邪功，要儲足一萬個人的喉骨之數，遂因利乘便派「人」殺手暗殺崇煥，混亂中「人」負傷而逃。

原來崇煥為成全信王，故意向「人」自認為反魏的頭目，以消忠賢對信王的疑心，藉此信王可重新接近忠賢，以作裡應外合，伺機剷除忠賢。

廷鋒遇上官家少女田小霖上京與父會合，途中被人洗劫毒打一頓，受傷倒地，連忙扶她回家養傷。

廷鋒與小霖朝夕相對一段時期，彼此發生感情，令廷鋒冰冷的性格漸變溫和。其後廷鋒追問小霖身世時，小霖支吾以對，黯然離開廷鋒，令他大表心痛。

魏忠賢果然對崇煥所言信以為真，下令通緝崇煥，格殺勿論，並傳令信王返回京中效忠朝廷。

信王回京後，為求接近魏忠賢，不惜卑躬屈膝取悅他。信王妃為成大事，乘魏忠賢與奉聖娘娘的曖昧關係，竟以自己的鳳冠改裝珍珠鞋送予奉聖娘娘，令信王大感羞辱。

崇煥走投無路，迫於投靠表弟常鈞。常鈞見利忘義，欲向魏忠賢賣親求榮，被其妻秦良玉揭發，親手殺死常鈞後放走崇煥。

熹宗因病駕崩，魏忠賢以信王為唯一承繼大統之人，連忙立他為帝，改元崇禎，欲藉此進一步操縱朝野。

崇禎在魏忠賢嚴密監視下，無意中發現其寢室內，有暗道直通紫禁城外的御水河，頓時歡喜若狂，希望有朝走投無路下亦有逃生之路。

魏忠賢為進一步控制崇禎的行動，藉詞替其選妃，乘機安排冊立小霖為田妃，向崇禎大獻媚功，以圖令他沉迷酒色，疏於朝政。

其實崇禎早看穿魏忠賢詭計，故意受田妃的迷惑，對忠臣王承恩諫言置諸腦後，並當著魏忠賢面前亂棍打傷承恩。其後崇禎暗中救回承恩，著他康復後尋找徐迅，圖謀反魏之策。

豈料承恩找到徐迅時，突被魏忠賢手下發現蹤跡，徐迅護承恩逃脫後，被押往忠賢發落。徐迅自知命不久矣，欲以太祖皇帝的鐵碑彈劾忠賢，無奈勢孤力弱，終命喪忠賢手上。

承恩千辛萬苦逃避追殺，終能如崇禎所託找到崇煥，向他陳述朝中境況，並勸崇煥及早與崇禎會合，密謀除奸之策，崇煥欣然答允。

崇禎見魏忠賢武功深不可測，在朝中全無敵手，遂派承恩與崇煥呈商秦良玉與周廷鋒聯手對付忠賢，並秘密調集遼東舊部趕至京都，以配合其行動。

承恩往游說良玉時，被魏忠賢手下發現其蹤跡，立將他捉回宮中，崇禎乘機搶走良玉。

崇禎為除去魏忠賢親信，著良玉冒充崔呈秀劫獄，並教承恩誣稱呈秀以魏忠賢之名，向皇上索取宮中寶物珍藏，魏忠賢信以為真，立刻將呈秀處死。

崇煥憑其三寸不爛之舌，極力游說廷鋒效力崇禎，可惜廷鋒淡薄功名，拒絕涉足朝廷。

崇禎為著黎民百姓免再受苦，不惜三顧草蘆，無奈廷鋒意志堅強。其後崇禎無意中發現廷鋒的心上人為田妃，藉此引廷鋒回宮。

良玉乘魏忠賢出巡時，喬裝攔途行刺他，不敵，負傷逃回乾清宮，被魏忠賢發現，下令搜查崇禎寢宮，幸崇禎機警瞞過，魏忠賢無奈而去。

良玉被魏忠賢毒掌所傷，性命危在旦夕，眾人大表擔心之際，廷鋒替他刮骨去毒，崇禎稍感安心。

魏忠賢心生不忿，再派手下召集乾清宮內上下人等查驗。崇禎不忍交出良玉，頓不知所措，田妃為得崇禎信任，不惜施苦肉計自傷左肩後，假意替良玉向魏忠賢頂罪。

崇禎獲悉田妃被囚詔獄內，內疚難當，派人率軍救出田妃，皇后極力勸止。

廷鋒無意中發現田妃為自己思念已久的小霖，內心焦慮萬分，連忙向魏忠賢宣戰，故意成為其手下敗將，以圖入詔獄與田尚妃會合。

廷鋒如願見到田妃一面後，苦苦哀求田妃與他遠走高飛，無奈田妃有務在身，不忍傷害廷鋒，忍心訛稱其心中只愛崇禎一人，令廷鋒大受打擊。

崇煥見密謀造反之事已敗露，有待其舊部精銳部隊抵京後，乘魏忠賢不備，立舉義旗。此外，由於其行蹤已揭露，立領一干人等另覓藏身之所。

魏忠賢發現崇禎竟糾集黨羽對付自己，派人大肆毀壞乾清宮，並乘機發難逼崇禎讓位。崇禎見勢成騎虎，連忙率崇煥等討伐魏忠賢，魏忠賢終寡不敵眾，跑往與奉聖娘娘雙雙自殺死去。

崇禎見朝廷大奸已除，歡喜雀躍之餘，大事褒賞崇煥與良玉等人，眾人亦欣然接受。惟獨廷鋒要求在禁宮外賜地作茅居，崇禎亦只好答應。

玉娘與廷鋒相處一段時間後，對他暗生情愫，欲藉鋤奸責任已完，準備向崇禎請辭時，邀請廷鋒到貴州管理州中之事。無奈廷鋒對田妃仍未忘情，不願就此離開京師。

田妃獲悉魏忠賢死訊後，悲痛萬分。原來多年來魏忠賢對其恩重如山，猶勝親生父母。田妃決化悲憤為力量，立誓滅崇禎江山，以慰忠賢在天之靈。

承恩領兵到魏忠賢居處抄家時，得小太監曹化淳發現十三死肖所立的「血書」，遂知此秘密組織尚未能殲滅，令崇禎大表焦慮。

其實化淳為「十三死肖」中的「鼠」殺手，自魏忠賢死後徬徨無所，其後偶然間發現其餘十二死肖的名單，設法號令其他兄弟為魏忠賢報仇。

崇禎追問化淳有關十三死肖的內情，化淳無詞以對，將責任推在忠賢手下許遣純身上。遣純毫不知情，惟偽造名單以求瞞天過海。另一方面，化淳恐遣純會洩露他與忠賢的密切關係，招致崇禎猜疑，殺他滅口。

化淳下令「豬」殺手朱由麥毒害崇禎，不遂。由麥見陰謀敗露，乘亂行刺崇禎，反被崇煥制服。化淳恐他洩漏口風，突出面刺殺由麥滅口，反引起崇禎疑心。

崇煥見大任已完，以回遼東鎮守邊關之責請辭崇禎，崇禎無奈答允，以上方寶劍與免死金牌相贈，發動他驅逐外敵，重振大明。

廷鋒自棲身茅屋內，飽受相思之苦，朝夕遙對禁宮借酒消愁。崇煥恐崇禎知道廷鋒心意後，會對其不利，遂將免死金牌轉贈。

崇禎自受十三死肖行刺，頓感風聲鶴唳，性格變得乖張多疑，對朝中忠臣大失信心。再加上受到化淳唆擺，竟以「山靈犬」試探眾臣忠偽，令眾大臣大為憤怒。

崇煥返回遼東後，發現邊關一帶天旱成災，遂發起自給自足，不惜脅持金國公主翦格格，向其大王皇太極求授開墾耕種之道，太極對其瞻識過人本性大為讚賞。

崇禎在香山祈福時，「馬」殺手田中信子行刺，幸被廷鋒及時搶救，將刺客擊退。廷鋒立求崇禎重開月華宮之窗戶為賞賜，使他可朝夕目睹田妃芳容，崇禎始感事有蹊蹺。

崇禎見眾親王在魏忠賢掌權時候，不斷搜括民脂，中飽私囊，故意先向國舅李國純借款，聲言以填補國庫虛空，國舅感到此舉有失歷朝體統，籠絡眾親皇上奏崇禎收回成命。崇禎以為眾親王全心與他作對，竟杖打眾親王以示懲戒。

良玉見廷鋒長居於禁宮外苑，為情困擾，勸他放開心情到貴州共聚舊日情誼，可惜廷鋒冥頑不靈，令娘玉大失所望。

化淳假傳魏忠賢遺言，欲以其「玄冥令降」，號令田中信子聽命於他，但信子早識穿化淳懷不軌企圖，不肯就範。

化淳公報私仇，游說崇禎利用廷鋒對田妃的感情，下令他剷除信子。當廷鋒捉到信子時，發現他畢竟存信義而為魏忠賢報仇，對他大為欽佩，甘願不顧一切放走他。

化淳見廷鋒未能替他除敵，親自殺死信子後，向崇禎告密廷鋒私自放走欽犯。崇禎大為震怒，令化淳殺死廷鋒。

化淳乘廷鋒走投無路，利用田妃迫他加入十三死肖。田妃不忍傷害廷鋒，坦言自己的真正身份，勸他知難而退。無奈廷鋒情痴，要與田妃同生共死。田妃乘機擊傷廷鋒後而去。

化淳見田妃未能從命，遂殺死皇后之婢女嫁禍予她，以示懲戒。皇后以為田妃為爭風呷醋，向她顯以顏色，在宮內大吵大鬧，剛巧崇禎至，以為皇后恃權凌人，嚴懲皇后一番。

崇禎發現李國純將先皇御賜的珍寶當街拍賣，下令將他押入詔獄，國純當場被嚇至大病垂危，遍尋大夫醫治無效。

「猴」殺手崔應猿乘機喬裝為仙人，藉詞為李國純驅散妖氣，利用李妻作法陷害崇禎，終被崇禎發覺，下令將國舅一家財物變賣送至遼東。

崇禎受皇太極之邀，參加其射鹿比賽，欲藉此緩和邊疆緊張氣氛。另一方面，崇煥念念不忘前宋受金人所辱，極力反對崇禎與金人議和，令崇禎大感矛盾。

化淳感到田妃曾多次違約釋放廷鋒，欲持玄冥令處死她。幸廷鋒趕至，預先佈下天羅地網，令化淳以為官兵大軍殺到，迫於放過田、鋒二人。田妃患難中感廷鋒真情所在，答允與他雙雙退出江湖，覓地隱居。

崇禎獲悉田妃與廷鋒私奔後，性格愈變得殘暴專橫，洩怒於在獄中的李國舅，向他大事折磨至死。

皇太極發現其妹翦格格一直鍾情崇煥，極力撮合二人，以藉其關係，協助他侵佔明室。

崇煥接獲崇禎下旨急召，遂披星戴月趕回京師，始發覺崇禎只為田妃私奔一事，要他出力追殺廷鋒。崇煥大表忿怒，決拒崇禎所令。

翦格格性向率直豪邁，暗向崇煥示愛，可惜崇煥不在，卻被其手下祖大壽偷聽到，格格老羞成怒，向皇太極撒嬌。

化淳乘崇禎眾叛親離，極力游說他挑選民間有識之士，組織「神武隊」護駕，藉此滲入自己的勢力。

縣令徐北麟自上任後，發現流寇猖獗，恐怕自己年老無能，以致城鎮不保，求崇禎將他調任他處。但崇禎為顯君威，誣指兆麟失職，當朝下旨斬首以示懲戒，令朝中百官大為反感。

化淳派手下白玉麟遍尋找回田妃與廷鋒蹤跡，終押田妃回京交予崇禎。崇禎雖千辛萬苦仍未能挽回田妃苦心，一怒之下下旨處斬她。皇后聞訊大起憐心，勸崇禎應成人之美，反被崇禎痛斥一頓。

玉麟以田妃之性命，威脅廷鋒與他比武，藉此耽誤他搶救田妃。當廷鋒知道玉麟詭計後，始發現田妃已遭奸人所害，令他悔恨難當。

原來當田妃被送法場途中，剛巧遇上崇煥，被他救走，田妃得以逃出生天。

當崇煥返回遼東時，發現皇大極乘其回京時，曾率大軍攻陷錦州城。致士兵死傷參半。皇太極更得寸進尺，以軍餉短缺逼崇煥投降，但崇煥堅守原則，誓死保衛明朝聲譽。

化淳施計迷惑崇禎，令他相信崔應猿能進入文武百官夢境，窺探其夢中思維，跟著冤枉各忠臣為密謀叛逆之徒，將朝中大臣逐一剷除。

鋒、田被「蛇」殺手艾美黛找到蹤跡，指揮毒蛇對付二人，廷鋒以火驅蛇。其後廷鋒本以硫磺護屋，卻被艾美黛換走，乘虛以毒香毒害廷鋒，藉此逼田妃就範。

崇禎見朝中群臣盡奏各地河水泛濫與蝗蟲為禍慘況，力求開放國庫撥款賑災，對江山大失信心，竟掩耳盜鈴，嚴禁上奏天災人禍，違例者斬。

田妃見廷鋒中毒既深，生命危在旦夕，不惜私入禁宮向化淳索取解藥。其後在宮內遇上皇后，雖得她庇護，終被崇禎找到。皇后被指窩藏欽犯，下旨打入冷宮。

崇禎重遇心上人，內心矛盾萬分，以廷鋒的性命，威脅田妃重投自己懷抱。田妃為著廷鋒性命安危，不得不向崇禎就範。

艾美黛向廷鋒手下焙酒施妖法，欲擺佈他行刺廷鋒，幸茗煙極力阻止，混亂中焙酒毒發身亡，而茗煙立刻奔往通知田妃。

當田妃趕回家時，發現廷鋒已毒發垂危，被艾美黛玩弄於掌上，連忙與她惡鬥一頓。艾美黛不敵而逃，田妃立以解藥替廷鋒療傷。

廷鋒得田妃悉心照料下，身體已無大礙，遂與田妃合力對付艾美黛。最後雖能將艾美黛殲滅，但田妃為著廷鋒性命安危，迫於忍痛離廷鋒回宮。

崇煥見金兵在城外虎視眈眈，派祖大壽向毛文龍借兵，反被他扣留抵抗流寇，遂心生一計，欲以卵擊石率軍突圍金兵，令金兵傷亡慘重。

翦格格不忍崇煥與皇太極兩敗俱傷，親入漢軍軍營游說崇煥議和，然後暗示二人婚事。崇煥大為感動，立啟程上奏崇禎，卻遭他激烈反對。

田妃發現自己身懷廷鋒骨肉，回京後藉詞居在白雲庵內帶髮修行，寧死不肯居於三宮六苑中，令崇禎亦表無奈。

崇煥在京日久，恐金人會再動干戈，請求崇禎准他返回邊關鎮守，但崇禎視崇煥為唯一護駕之人，立封他為「太子太傳」，要他續留宮中。

化淳派「雞」殺手孫雲鳳逐步接近廷鋒，以毒散迷惑他，迫令他歸為組織旗下。其後被良玉無言中窺聽到，連忙向崇禎告密。

崇煥眼見崇禎作繭自縛，重用化淳後，令朝政混亂，欲以上方寶劍先斬後奏，為朝廷除害。怎料化淳拿出「免死金牌」，二人爭持不下，齊齊向崇禎面奏。

崇煥得良玉搜集化淳貪贓枉法的證據，向崇禎上奏。崇禎大為忿怒，欲將化淳凌遲處斬，怎料化淳以廷鋒之性命為代價，威脅崇禎放過他，崇禎果輕信狂言，暫將他押入天牢聽候發落。

良玉見廷鋒已被雲鳳控制，欲勸他防範，可惜他已被深深迷惑，忠言遂耳，令良玉大為失望。

田妃臨盆在即，恐連累庵中人，寧偷到野外產子，不幸體弱當場暈倒，被庵中老尼救回休養。

崇禎為避人耳目，下旨暗掘一條隧道至白雲庵，以便隨時入庵探望田妃。一日，當崇禎突訪白雲庵時，發現她原來暗地產下廷鋒骨肉，仿如晴天霹靂，一怒之下拂袖而去。

王承恩受命捉拿田妃入宮，但他為田妃報恩，甘受崇禎降罪而放過田妃母子。

崇禎下令釋放化淳，協助他捉回田妃。化淳見自己僥倖回復自由，以為大明江山必會滅於其手上，決急積極另謀推翻崇禎之法。

化淳派「龍」殺手溫人龍易容為廷鋒，乘機接近田妃，伺機將她生擒。其實田妃早已識穿人龍計劃，先將愛子交託老尼身上，然後與人龍大戰一頓。

崇禎獲悉田妃蹤跡後，大表心焦，下令立刻捉田妃回宮，將她摧殘一輪後，田妃重傷而死，崇禎亦大表痛心。

廷鋒獲悉田妃已遭崇禎毒害，大受刺激，再加上雲鳳從中挑撥，決依其計向崇禎報仇。

良玉幾經調查後，發現雲鳳以毒藥令廷鋒不知不覺中受其催眠，任其擺佈，終依其師父之見，以真情打開其心鎖，望能使廷鋒有恢復心性的一日。

皇后不值廷鋒受崇禎欺壓，暗中安排廷鋒離去，可惜被崇禎發覺，及時阻止。廷鋒與崇禎苦戰一輪，終將崇禎打傷後抱子而去。

化淳為殲滅崇煥，派崔應猿行刺他，不敵，反被崇煥殺死。化淳乘機以猿之匕首，插贓嫁禍崇煥為「十三死肖」中的「猴」。崇禎信以為真，下旨通輯崇煥回宮。

翦格格為報復崇煥拒愛，以金兵大肆屠殺錦州城，到處濫殺無辜。崇煥為保衛明室國土，立將格格處斬，藉此警示金人。

皇太極驚聞愛妹被崇煥所殺，大受刺激，決化悲憤為力量，秘密發兵繞過錦州直取燕京，以圖令明軍措手不及。

皇后獲悉明室面臨氣數盡時，不惜在寺內割指滴血抄寫金剛經，以求菩薩大發慈悲，佐大明度過厄運，令眾人大表欽佩。

崇煥獲悉金軍大舉侵明，立搶先趕回京協助退敵，皇太極本視為大忌，怎料崇禎以為崇煥串通金人攻陷京城，拒開城門，並下令斷給其軍餉。

皇太極乘崇煥被拒於城外，故意施反間計向他議和，贈送一批軍餉救濟明軍，以圖藉此令崇禎以為崇煥歸降金人。

化淳到處散播流言，聲稱崇煥引金人入侵，崇禎大為忿怒，下令削去崇煥兵權後，將他押入天牢聽候治罪。

崇煥壯志未酬，著王承恩將血書交予祖大壽，囑他繼承其志願。大壽被其所動，立允所請，但堅拒依從崇禎之命發兵。

崇禎身在高位而無能抵抗外敵，在朝中殘害忠良，故說歷史中被譽為「狂龍」。