霍都成立幽靈山莊，挑撥江湖中人自相殘殺。張三丰阻止司空絕與司晨四客決戰後，他為救沈雙雙而中了五毒尊者的毒針，幸獲百花谷主花萬紫相救。紫原與絕相戀，絕卻為得寶劍捨她而去。丰勸雙回家，並答允雙提出之約會。

張三丰拜別花萬紫，前往金陵欲查探霍都的陰謀。期間，丰與故友常遇春久別重逢，獲春推薦而收了任重為徒。時皇覺寺獲朱元璋封賞，可是隨後卻遭人劫殺滅門，不少官員更因此案而被問斬，原來一切竟是璋指使司空絕所為。

任重原來是當今太子懿文，他為官員求情，卻遭朱元璋所拒。沈雙雙之父沈萬三為金陵首富，霍都潛伏沈家圖謀不軌。文偶遇雙，對她一見鍾情，張三丰遂偕同文赴雙之約會，時燕王傳旨予三，要他三天內捐出五十萬件綿衣。

常遇春、懿文、燕王為沈萬三向朱元璋求情不果，不料三卻如期交出綿衣，張三丰擔心三會因此惹禍。春奉命往太行山討伐幽靈山莊，出發前與丰等暢聚，沈雙雙無意中向霍都透露了春的行蹤，春回家途中遭伏擊，幸獲丰相救。

常遇春遇襲身中劇毒，張三丰為追查洩露春行蹤的人，因而得悉懿文的太子身份。丰請花萬紫來為春解毒，霍都從沈雙雙口中得知此事，遂挑撥司空絕對付丰。絕跟蹤紫與丰，誤會二人相好，紫憤而與他兵刃相見，絕含恨離去。

花萬紫為常遇春去除劇毒後，張三丰查出沈雙雙的老師甚有可疑，查探下發現他正是霍都，惜被他逃去。司空絕奉命緝捕都，他嚴加搜查而令江湖中人大受影響，紫苦勸他不果。都欲令絕誤會丰為其同黨，遂施計引丰墮入圈套。

張三丰與花萬紫前往棺材店查探霍都的行蹤，時都引司空絕前來，並留下字條插贜嫁禍丰，丰被指為都的同黨而被捕。朱元璋借機逼丰效忠於他，卻為丰所拒。懿文與常遇春力保丰，璋答允釋放丰，絕不忿決意辭官並約丰決鬥。

沈雙雙得張三丰與花萬紫救出後，卻負氣離去，後遇上燕王並獲他關懷。丰為懿文向沈家提親，雙憤然離家找燕，險遭他污辱，幸得文相救。丰與紫回百花谷療傷，蝙蝠王率眾摧毀百花谷，事後他們遭霍都相逼，被都羅致旗下。

張三丰與花萬紫欲重建百花谷，無意中發現虎山暗藏軍火庫，兩人深入查探卻被識破，時軍火庫被炸，幸丰找到燕王謀反的證據。丰與紫將證據交予總兵後，向朱元璋上奏一切。璋軟禁燕，燕卻向懿文假意求死，趁機製造混亂。

燕王手下逃出王府，成功與霍都聯絡。總兵運送證據途中，人證被殺，物證亦遭調包，結果懿文反被控謀反，總兵更作假口供誣害他。張三丰雖勸服總兵推翻其供詞，豈料總兵被殺，丰因此遭朱元璋囚禁，更被逼服毒廢去武功。

花萬紫得懿文及司空絕相助，成功救出張三丰。文遭軟禁，燕王利用他引紫盜解藥救丰，卻暗中換以毒藥，幸紫悉破其奸計並取得解藥，紫與常遇春因而猜到燕已勾結霍都。時朱元璋病倒，春欲為璋祈福，燕與都伺機進行陰謀。

燕王與霍都合謀假造天象以迷惑百官，令眾人以為燕是天命所歸，幸常遇春悉破燕之詭計。司空絕與張三丰比武落敗，竟放暗箭卻誤殺花萬紫後逃去，遭丰及武林同道追殺。絕獲都相救並加入幽靈山莊，都決定派他往刺殺懿文。

常遇春拆穿燕王假造天象的把戲，眾官推舉懿文為監國。時霍都傾巢而出欲殺文，卻遭司空絕出賣而敗走，原來絕早與張三丰、花萬紫合謀裡應外合，成功瓦解幽靈山莊。文施行仁政，燕伺機向朱元璋進讒，令他對文產生猜忌。

懿文廢除朱元璋制定的酷刑，惹璋不滿，常遇春為文求情，最終亦被璋削去兵權，春憤慨萬分。張三丰獨自前往尋找霍都，被璋設下圈套生擒，丰於水牢內竟遇上璋的師父布袋和尚。璋下令處決丰與袋，兩人只好設法破牢逃生。

張三丰與布袋和尚成功逃生，常遇春趕往百花谷與兩人相見，袋卻私下離去。袋偶遇司空絕，並收他為徒。春得悉朱元璋之所為，決意回京與璋對質，時霍都殺害錦衣衛以嫁禍春與丰，又潛進百花谷污辱花萬紫，要陷丰於不義。

朱元璋以為常遇春殺害錦衣衛，欲斬春，終礙於情面而放過他，並砌辭掩飾囚布袋和尚之事。璋派人殺袋不果，又著燕王暗殺春，卻被張三丰阻止。袋潛入禁宮留書勸璋收手，璋感心驚，急忙著春為袋建廟立像，假意向他報恩。

布袋和尚與朱元璋相見，璋假意答應不再逼害明教中人。燕王提議分封諸王欲進行陰謀，璋終採納其主張。司空絕的師兄風雷劍受霍都唆擺，要與丰一戰。絕欲與花萬紫重修舊好，卻發現她竟身懷張三丰的骨肉，他誓向丰報復。

張三丰不忍花萬紫受傷害，終答應司空絕娶紫；霍都竟於紫出嫁時留書揭開真相，紫決定取消與丰之婚事。風雷劍獲朱元璋封為國師，欲挑戰丰卻遭拒。沈萬三催促懿文娶沈雙雙，朱元璋卻要三交出其家財，三拒絕，婚事告吹。

燕王挑撥風雷劍與張三丰交戰，丰答允，兩人展開激戰。花萬紫誕下男嬰，母子獲司空絕照顧，二人為嬰孩取名司空過。霍都前來奪子，紫為阻止都而犧牲，臨終前託絕交子予丰教導。朱元璋派劍暗殺布袋和尚，袋為救絕而亡。

張三丰潛入禁宮留下布袋和尚的字條，藉以警示朱元璋，璋派風雷劍追查袋之生死。司空絕為保袋之骨灰，被劍殺害，丰亦遭璋通緝，逃亡時發現袋留下之武功心法。璋逼沈萬三出一半費用建城牆，三不忿與璋鬥氣，觸怒龍顏。

沈萬三被朱元璋抄家，沈雙雙遭貶為官奴，燕王與霍都趁機捏造文書，陷害常遇春與三謀反。懿文與張三丰設法救雙，成功以女屍將她調包。春病重，都與燕再施計誣陷他，璋賜蒸鵝予春，害春背瘤毒發，丰趕來見春最後一面。

朱元璋壓逼群臣，張三丰潛入宮中警告璋，風雷劍趕來，丰殺出重圍。霍都跟蹤丰，施計擄去司空過。璋逼得沈萬三餓死街頭，沈雙雙為見三而被錦衣衛發現，懿文為救她出手殺人滅口。燕王以童謠誣陷文欲奪權，文被璋囚禁。

沈雙雙決意為懿文留下血脈，她與張三丰求得洪大人幫忙，雙終與文短聚。燕王、晉王不斷向朱元璋進讒，璋決定賜死文。燕欲剷除霍都，都找燕算帳，卻被風雷劍刺瞎雙眼，丰跟蹤都終尋回司空過。璋病重，燕計劃伺機奪位。

（大結局）燕王發現沈雙雙為懿文誕下兒子允炆，遂派風雷劍對付他們，張三丰將劍誅殺。丰欲帶雙母子、司空過逃亡，雙卻決定將炆交回朱家。雙告知朱元璋一切，璋與炆相認，並將燕王、晉王調離京師。丰帶著過浪跡天涯。