张三丰拜别花万紫，前往金陵欲查探霍都的阴谋。期间，丰与故友常遇春久别重逢，获春推荐而收了任重为徒。时皇觉寺获朱元璋封赏，可是随后却遭人劫杀灭门，不少官员更因此案而被问斩，原来一切竟是璋指使司空绝所为。

任重原来是当今太子懿文，他为官员求情，却遭朱元璋所拒。沈双双之父沈万三为金陵首富，霍都潜伏沈家图谋不轨。文偶遇双，对她一见钟情，张三丰遂偕同文赴双之约会，时燕王传旨予三，要他三天内捐出五十万件绵衣。

常遇春、懿文、燕王为沈万三向朱元璋求情不果，不料三却如期交出绵衣，张三丰担心三会因此惹祸。春奉命往太行山讨伐幽灵山庄，出发前与丰等畅聚，沈双双无意中向霍都透露了春的行踪，春回家途中遭伏击，幸获丰相救。

常遇春遇袭身中剧毒，张三丰为追查泄露春行踪的人，因而得悉懿文的太子身份。丰请花万紫来为春解毒，霍都从沈双双口中得知此事，遂挑拨司空绝对付丰。绝跟踪紫与丰，误会二人相好，紫愤而与他兵刃相见，绝含恨离去。

花万紫为常遇春去除剧毒后，张三丰查出沈双双的老师甚有可疑，查探下发现他正是霍都，惜被他逃去。司空绝奉命缉捕都，他严加搜查而令江湖中人大受影响，紫苦劝他不果。都欲令绝误会丰为其同党，遂施计引丰堕入圈套。

张三丰与花万紫前往棺材店查探霍都的行踪，时都引司空绝前来，并留下字条插贜嫁祸丰，丰被指为都的同党而被捕。朱元璋借机逼丰效忠于他，却为丰所拒。懿文与常遇春力保丰，璋答允释放丰，绝不忿决意辞官并约丰决斗。

张三丰与司空绝决斗，却因伤落败，绝得悉后愤然离去。沈双双对丰钟情，惜被丰拒爱，双离家出走。时霍都与蝙蝠王联手抢劫沈万三之财物，并掳走双要求赎款。燕王暗铸兵器图谋不轨，都要胁他共同合作，将来平分天下。

沈双双得张三丰与花万紫救出后，却负气离去，后遇上燕王并获他关怀。丰为懿文向沈家提亲，双愤然离家找燕，险遭他污辱，幸得文相救。丰与紫回百花谷疗伤，蝙蝠王率众摧毁百花谷，事后他们遭霍都相逼，被都罗致旗下。

张三丰与花万紫欲重建百花谷，无意中发现虎山暗藏军火库，两人深入查探却被识破，时军火库被炸，幸丰找到燕王谋反的证据。丰与紫将证据交予总兵后，向朱元璋上奏一切。璋软禁燕，燕却向懿文假意求死，趁机制造混乱。

燕王手下逃出王府，成功与霍都联络。总兵运送证据途中，人证被杀，物证亦遭调包，结果懿文反被控谋反，总兵更作假口供诬害他。张三丰虽劝服总兵推翻其供词，岂料总兵被杀，丰因此遭朱元璋囚禁，更被逼服毒废去武功。

花万紫得懿文及司空绝相助，成功救出张三丰。文遭软禁，燕王利用他引紫盗解药救丰，却暗中换以毒药，幸紫悉破其奸计并取得解药，紫与常遇春因而猜到燕已勾结霍都。时朱元璋病倒，春欲为璋祈福，燕与都伺机进行阴谋。

燕王与霍都合谋假造天象以迷惑百官，令众人以为燕是天命所归，幸常遇春悉破燕之诡计。司空绝与张三丰比武落败，竟放暗箭却误杀花万紫后逃去，遭丰及武林同道追杀。绝获都相救并加入幽灵山庄，都决定派他往刺杀懿文。

常遇春拆穿燕王假造天象的把戏，众官推举懿文为监国。时霍都倾巢而出欲杀文，却遭司空绝出卖而败走，原来绝早与张三丰、花万紫合谋里应外合，成功瓦解幽灵山庄。文施行仁政，燕伺机向朱元璋进谗，令他对文产生猜忌。

懿文废除朱元璋制定的酷刑，惹璋不满，常遇春为文求情，最终亦被璋削去兵权，春愤慨万分。张三丰独自前往寻找霍都，被璋设下圈套生擒，丰于水牢内竟遇上璋的师父布袋和尚。璋下令处决丰与袋，两人只好设法破牢逃生。

张三丰与布袋和尚成功逃生，常遇春赶往百花谷与两人相见，袋却私下离去。袋偶遇司空绝，并收他为徒。春得悉朱元璋之所为，决意回京与璋对质，时霍都杀害锦衣卫以嫁祸春与丰，又潜进百花谷污辱花万紫，要陷丰于不义。

朱元璋以为常遇春杀害锦衣卫，欲斩春，终碍于情面而放过他，并砌辞掩饰囚布袋和尚之事。璋派人杀袋不果，又着燕王暗杀春，却被张三丰阻止。袋潜入禁宫留书劝璋收手，璋感心惊，急忙着春为袋建庙立像，假意向他报恩。

布袋和尚与朱元璋相见，璋假意答应不再逼害明教中人。燕王提议分封诸王欲进行阴谋，璋终采纳其主张。司空绝的师兄风雷剑受霍都唆摆，要与丰一战。绝欲与花万紫重修旧好，却发现她竟身怀张三丰的骨肉，他誓向丰报复。

张三丰不忍花万紫受伤害，终答应司空绝娶紫；霍都竟于紫出嫁时留书揭开真相，紫决定取消与丰之婚事。风雷剑获朱元璋封为国师，欲挑战丰却遭拒。沈万三催促懿文娶沈双双，朱元璋却要三交出其家财，三拒绝，婚事告吹。

燕王挑拨风雷剑与张三丰交战，丰答允，两人展开激战。花万紫诞下男婴，母子获司空绝照顾，二人为婴孩取名司空过。霍都前来夺子，紫为阻止都而牺牲，临终前托绝交子予丰教导。朱元璋派剑暗杀布袋和尚，袋为救绝而亡。

张三丰潜入禁宫留下布袋和尚的字条，藉以警示朱元璋，璋派风雷剑追查袋之生死。司空绝为保袋之骨灰，被剑杀害，丰亦遭璋通缉，逃亡时发现袋留下之武功心法。璋逼沈万三出一半费用建城墙，三不忿与璋斗气，触怒龙颜。

沈万三被朱元璋抄家，沈双双遭贬为官奴，燕王与霍都趁机捏造文书，陷害常遇春与三谋反。懿文与张三丰设法救双，成功以女尸将她调包。春病重，都与燕再施计诬陷他，璋赐蒸鹅予春，害春背瘤毒发，丰赶来见春最后一面。

朱元璋压逼群臣，张三丰潜入宫中警告璋，风雷剑赶来，丰杀出重围。霍都跟踪丰，施计掳去司空过。璋逼得沈万三饿死街头，沈双双为见三而被锦衣卫发现，懿文为救她出手杀人灭口。燕王以童谣诬陷文欲夺权，文被璋囚禁。

沈双双决意为懿文留下血脉，她与张三丰求得洪大人帮忙，双终与文短聚。燕王、晋王不断向朱元璋进谗，璋决定赐死文。燕欲铲除霍都，都找燕算帐，却被风雷剑刺瞎双眼，丰跟踪都终寻回司空过。璋病重，燕计划伺机夺位。

（大结局）燕王发现沈双双为懿文诞下儿子允炆，遂派风雷剑对付他们，张三丰将剑诛杀。丰欲带双母子、司空过逃亡，双却决定将炆交回朱家。双告知朱元璋一切，璋与炆相认，并将燕王、晋王调离京师。丰带着过浪迹天涯。