ביג צ'יז מתכנן תוכנית מטורפת להכניע את טוקיו הקטנה בעזרת דרקון מכני ענק. החתולים מסכנים את כל 27 הנפשות שלהם כדי להציל העיר, כשהם דחוסים ביחד עם עורבי נינג'ה ערמומיים.

כשהוא נאלץ לספק תיאבונו הבלתי נדלה לבלגן, ביג צי'ז משכנע את שף הסושי הטוב ביותר בעיר להשתלט על מכונת סושי רובוטית. האם יוכלו החתולים הסמוראים לחסל את המזימה הזו?

עורבי הנינג'ה יוצרים היסטריה כשהם מטים רכבת נוסעים לתוך מנהרה סודית ומאלצים את הנוסעים לחפור כדי למצוא אוצר נסתר. החתולים מנסים למנוע את המהלך.

ביג צ'יז מתכוון להרוויח בגדול ממזימתו לשכנע את האנשים של טוקיו שכל חלומותיהם יתגשמו אם ישימו מבטחם בציפורניו של "התרנגול הזהוב הנהדר", ציפור ענקית רובוטית מגלת עתידות.

הנסיכה וי מייחלת להרפתקה מסעירה משלה, ולכן כאשר היא שומעת צלילי רוקנרול ממרתף העירייה, היא מכריחה את ספידי לעזור לה לחקור את מקור הקולות.

פולי ולוסיל אינן יכולות לסרב להצעתו של מפיק מוסיקלי המציע להפכן לכוכבות רוקנרול. אך הן אינן יודעות שביג צ'יז מכתיב את הקצב של המלכודת הזו.

טוקיו הקטנה הופכת עד מהרה לאתר פסולת רדיואקטיבית, אלא אם כן יצליחו החתולים הסמוראים לעצור את תוכניתו המרסקת של ביג צ'יז. הם זקוקים ליותר מכוחה של פיצה לרסק את הירק.

ביג צ'יז מחליט בלבו להצטרף להפקת תאטרון חובבנית של צלילי המוסיקה. אך כשילדה קטנה רואה אותו בטעות בלבוש ג'ולי אנדרוס לפני תחילת ההצגה, הבושה גדולה. אין ספק שהנקמה לא תאחר לבוא.

בזמן שטוקיו הקטנה חוגגת את פסטיבל האמנות השנתי, בוחרת הנסיכה וי להצטרף להמון הפשוט, בזהות סמויה. זו הזדמנות מצוינת בשבילה לבלות וליהנות. אך זו גם הזדמנות לביג צ'יז.

יש אנשים המתפללים לשינוי במזג האוויר. אך ביג צ'יז אינו לוקח סיכונים. הוא חוטף את החזאי הבכיר בעולם ומאלץ את נסיך הגשם להעניש את טוקיו הקטנה במחזור לא טבעי של גלי קור וחום.

ביג צ'יז ומשרתיו המעופשים נחושים לנצח את החתולים. בעזרת מצלמה נסתרת הם מקליטים בחשאי את המידע הנחוץ בכדי לנטרל את החתולים הסמוראים אחת ולתמיד.

החתולים מודאגים כאשר ביג צ'יז מזמין הופעה של להקת "הרעש הרועם" לאולם הקונצרטים של טוקיו הקטנה. הם מסתובבים באולם ומגלים שזו מוסיקת רקע למזימה מרושעת אף יותר.

יש רק דרך אחת לעצור את ביג צ'יז ואת גדודיו האפויים למחצה והיא בעזרתו של מומחה מושלם, גורו לוי. אך האם יצליחו החתולים לעבור את בחינות המסירות המטורללות שלו?

כולם בטוקיו הקטנה משתגעים ממוצרים של החתולים הסמוראים והסוחרים מוצפים בכסף מהמכירות. בינתיים, ביג צ'יז כועס בגלל העובדה שהחתולים פופולריים יותר ממנו.

ביג צ'יז נפגש עם אל דנטה ומראה לו תמונה של גנן שנראה זהה לקיסר. אל דנטה קורא לחתולי הפיצה מחשש שביג צ'יז ישתמש בכפיל כדי לשלוט בטוקיו הקטנה.

גבון לוכד חבורה של מדענים ומאלץ אותם לבנות לו מכונה שתפגע באוכלוסיה כולה עם האישיות המשעממת שלהם.

גבון חוטף שחקן בייסבול מפורסם שהנסיכה וי היא מעריצה גדולה שלו. הוא משתמש בו בקרב בייסבול של הטובים מול הרעים.

זריזי יוצא לדייט עם לוסיל, אבל שוכח שיש לו גם פגישה עם פולי. הוא מחליט לנוע קדימה ואחורה בין המחויבויות שלו וחושף תוכנית של גבון לתקוף את טוקיו הקטנה עם רובוט ג'קוזי ענק.

פוליאסתר מחליטה שהיא צריכה להיות פחות עצבנית ויותר נשית, אז היא הולכת לבית ספר לנימוסים סמוראיים, שזה בעצם כיסוי לתוכנית של ביג צ'יז לשכור כמה נשים לוחמות.

ביג צ'יז בונה רובוט שיכול להשמיע פעימת תוף מהפנט, שאומר לתושבי טוקיו הקטנה לקרוא לפיטוריו של הקיסר פרד.

החתולים קורסים תחת העול בעבודה השוטפת מול לקוחות בפיצריה ומחפשים עובד נוסף. העובד היחיד שמגיע לראיון העבודה הוא לא אחר מאשר ציפור רעה...

כאשר הנסיכה וי מכריזה שהיא עומדת להפיק סרט, גבון משתוקק לשחק בתפקיד הראשי. הוא אינו בוחל באמצעים, אף אם פירוש הדבר הוא לוותר על דרכיו המרושעות.

כשילד שמגיע לארמון טוען שגבון הוא אביו, הנסיכה וי מצווה עליו לפתוח מעון יום ושירות לניקוי חיתולים. הילד והניקיון גורמים לעיכובים עם הרובוט הענק האחרון שלו.

פרנסין מאוהבת בצבי בשם באקי, אבל האחריות שלה לחתולים הסמוראים גורמת לבעיות במערכת היחסים.

זריזי, פוליאסתר, אנשובי ופרנסין נשלחים למסעדות הפרברים בגלל ביצועים נמוכים, וצוות ההצלה משתלט על האמפוריום הראשי.

כשהקיסר פרד מצטנן ומשתגע, אל דנטה שולח את החתולים הסמוראים להר קוצ'י כדי להחזיר את ציפור הקוקיה שתשיב את הטירוף של הקיסר פרד ותרפא את הצינון. אבל גם גבון מצונן ורוצה את הקוקיה.

Emperor Fred comes down with a bad cold. Big Al Dente summons the Pizza Cats to go to Mount Coochie to bring back the CooCoo bird which will restore Emperor Fred's insanity and cure his cold. But the Big Cheese also has a cold and he sends Bad Bird to get the CooCoo bird first.

There is a flaw in the palace. The Pizza Cats are sent to find the architect, who has been banished to an island by Princess Vi, but the Ninja Crows are after him too.

The Rude Noise spy on the Pizza Cats to try to find a way to beat them.

Guido feels left out when Polly, Lucille, and even Speedy become music stars. But now it's up to him to save the city from Big Cheese's singing.

Big Cheese decides to marry his way up, so the Bad Guys make a cupid robot to make Princess Vi fall in love with him, but things don't go as planned.

Big Cheese discovers a legend about a flute that can be used to find a treasure, so he collects all the flutes in the city, including Polly's.

Speedy befriends a pig from space, but this pig's appetite is out of control.

After reviewing their previous encounters with the Pizza Cats, the Big Cheese decides to combine the features from previous robots into one.

Spritz disappears while making a delivery to a lakeside village, where mysterious creatures have been frightening the locals.

The city is in terrorized by a group of exploding robot teens. And to make things worse, Guru Lou is testing his new formula.

Bad Bird is back with powerful new weapons, and challenges Speedy to a battle. Can Speedy defeat him?

Speedy goes to Guru Lou to learn the secret of the Pizza Cats' power.

The Pizza Cats travel to meet the New York Pizza Cats. The Big Cheese also goes to New York for a crime conference.

A flying saucer appears, and kidnaps Princess Vi. The Pizza Cats have to rescue her.

Princess Vi's mother returns, and gives Vi a gem that the Big Cheese needs for his latest robot.

The Pizza Cats go to a spa to protect Emperor Fred and Princess Vi, but Big Cheese and the Ninja Crows are there too, trying to get some rest and relaxation.

Princess Vi holds a martial arts fighting contest to see who is the top fighter in the city. The Pizza Cats, Lucille, Bad Bird and one of Big Cheese's robots are among the entrants into battle.

The bad guys steal the Speedy's magical Ginzu Sword and make a copy of it.

Jerry and Bad Bird builds a robot that brings luck. It was supposed to be delivered to Big Cheese, but was lost to Speedy instead.

The Big Cheese builds a robot that can travel through time. His plan is to travel back in time to stop the Pizza Cats from being formed.

Big Cheese, Jerry, and Bad Bird dress up like the Pizza Cats to ruin the cats' reputations.

Big Cheese is having a bad Christmas, so he dress up like Santa and gives kids masks that won't come off.

Speedy gives Princess Vi's pizza to Emperor Fred, who ruins it. The Princess has a temper tantrum and banishes both of them.

The Ninja Crows build an earthquake creating robot, which terrifies Speedy, and Big Cheese.

A recap on the Big Cheese's greatest failures

In a last desperate act the Big Cheese diverts a comet towards Little Tokyo and blackmails the city.

Speedy and Bad Bird join forces to save the world from the comet.