Fuu, uma jovem de 15 anos, quer encontrar "o samurai com cheiro de girassóis" e tudo o que sabe a respeito dele, além disso, é que ele habita a outra extremidade do Japão e, no seu caminho, cruza com Mugen, um vagabundo de 20 anos, e Jin, um rônin de 20 anos, que deverão segui-la devido à uma aposta estupidamente perdida.

O mangá se passa na Era Tokugawa, quando os estrangeiros eram proibidos de pôr o pé sobre em solo japonês; quando a religião cristã era proibida e que todos que praticavam esta religião ocidental eram perseguidos e mortos.

E sobretudo, é a época onde a idade de ouro dos samurai apaga-se pouco a pouco, onde as antigas famílias respeitáveis tornam-se elevados funcionários e abandonam a espada em proveito da caneta e a política.

É nesta época de mudanças radicais no Japão que nossos três heróis atravessam o País do sol nascente.