绝地大师德帕·比拉巴领导克隆人指挥官葛雷以及克隆人士兵与战斗机器人交战，由于寡不敌众，他们等待比拉巴的学徒凯莱布·杜姆搬请援军到来。援军异等小队猎人、破坏者、技师、准星和回音赶到消灭机器人大军。此时，葛雷接到第66号密令，与其他克隆人士兵合力杀死比拉巴。

异等小队和欧米茄来到萨鲁卡米星球，与克隆人逃兵卡特·劳昆会面。卡特告知猎人，克隆人士兵体内安装有“行为控制芯片”，因此接到第66号密令后，开始杀戮绝地武士。新建立的银河帝国派遣大批帝国风暴兵陆续来到萨鲁卡米，卡特决定与妻子苏以及养女莎伊阿和养子杰克逃离此处。

异等小队在萨鲁卡米星球与风暴兵交战导致飞船受损，他们和欧米茄将飞船迫降至附近的卫星。奥多卫星龙偷走了飞船上的零件。猎人和欧米茄前去寻找零件，技师和其他人修理飞船。

异等小队在前往隐居地爱达弗洛星球（Idaflor）的途中遭遇物资短缺危机，被迫降落至潘托拉星球（Pantora）增添补给。为躲避银河帝国的通缉，技师在此期间修改飞船的电子标记。回音装扮成机器人，猎人将他卖给一名商人，换取“银河信用点”购买物资。

为了查明芬尼克·尚德的真实身份和幕后雇主，异等小队来到曼特尔兵站，寻找西德打探讯息。西德曾是绝地武士的线人。西德为得到赫特人贾霸的酬金，要求异等小队从奴隶贩子齐格里亚人手中解救穆奇（Muchi），之后才会将关于尚德的讯息告知他们。

异等小队接受西德提供的任务，前往科瑞利亚星球的退役机器人销毁站，取回分离势力的战术机器人。机器人内藏战斗情报。小队在站内遭遇机器人守卫以及同样追踪而来的姐妹拉法·马特兹和翠西·马特兹。

异等小队未能带回战术机器人中的数据，西德称小队需要执行更多的任务来偿还债务。雷克斯上尉正是马特兹姐妹的客户，他来到曼特尔兵站与异等小队会合。雷克斯得知小队成员尚未移除体内的行为控制芯片之后，他称这些芯片就像是“定时炸弹”，随时可能被激活。

异等小队甩掉准星的追击，尝试寻找欧米茄的下落。技师发现欧米茄是赏金猎人强格·费特唯二的未经改造的克隆人之一，另一个为波巴·费特，因此欧米茄成为生产更多克隆人的必要原材料来源。

拉克萨斯（Raxus）星球在此前的克隆战争期间是独立星系联邦的支持者，曾信奉分离主义。银河帝国企图在拉克萨斯星球推行新的宵禁法，要求当地的参议员阿维·辛格将此法律公示于民众。

奥恩·弗里·塔参议员向民众宣布在赖洛思星球为银河帝国建立新的精炼厂，并鼓励赖洛思星球上的提列克人与帝国合作，上交武器。抵抗运动的首领查姆·仙杜拉并不十分赞成奥恩·弗里·塔的做法。

希娜联系到欧米茄，向异等小队求援，请求他们回到赖洛思星球营救自己的父母。猎人起初表示不值得去冒险执行这项任务，欧米茄说服他与希娜会面。欧米茄想出营救方案，她与希娜、技师和破坏者佯攻精炼厂，调走帝国风暴兵，猎人和回音趁机救出希娜的父母查姆和埃莱妮以及其他的自由战士。

西德被犯罪集团首领罗兰·杜兰德（Roland Durand）赶出店铺。异等小队返回曼特尔兵站，在欧米茄的支持下，他们同意帮助西德夺回店铺。西德计划从罗兰手中偷走一批香料，这些香料原是罗兰给予派克·辛迪加（Pyke Syndicate）的酬劳。

异等小队接到雷克斯上尉的任务，前去达罗（Daro）星球营救克隆人突击队的格里高尔上尉。猎人、技师和回音跟踪格里高尔被捕前发出的求救信号，发现隐藏在森林之中的银河帝国秘密基地。

猎人被准星带至卡米诺星球的提波卡城（Tipoca City）。银河帝国已将大多数关键人员调出卡米诺，并清除剩余人员。准星设下陷阱，激活猎人的通讯设备，引诱其他的异等小队成员前来营救猎人。

提波卡城被彻底摧毁，沉入海底。塔金上将率领部队离开卡米诺。异等小队的众人在城市完全沉没之前开始逃离。欧米茄和机器人AZI-3从淹水的房间中救出准星。异等小队前往海底的秘密通道，发现这条通道已经被损坏。