上世纪八十年代，一架运输机在东南亚某国的边境坠毁，意外撞出了一个古代墓穴。两国联合考古，吴邪的三叔吴三省作为中方专家带队成立联合科考前往当地勘探。期间有队员失踪，吴三省立刻带队救人，却在墓中看到不可思议的异象。回来后，吴三省经常阶段性失踪，最后就彻底失踪了。多年后，长大后的吴邪成了一个古董铺的小老板，他和好友胖子接手了一个仓库坍塌的活儿。

三叔吴三省居然给吴邪留了一块地！吴邪按照地址，找到了一座废弃多年的气象站，还在密室了发现一具尸体，从留下的照片和证件判断，死者是三叔的朋友杨大广，他们还发现一堆录着雷声的磁带。吴邪报警，经检查，杨大广是突发疾病去世的。吴邪听磁带里的雷声，推测三叔和杨大广很早就开始听雷。一天，窗外打雷，吴邪意外发现雷声居然和磁带里的雷声频率完全相同。这并不符合科学规律，吴邪决定去问问学识渊博的二叔，吴二白。

吴邪和胖子去了被泥石流掩埋于地下的杨家老宅，吴邪发现那简直像个藏宝洞。吴邪发现里面有很多东西上面都有和三叔和杨大广照片后面同样的数字——044，编号044代表着什么？室内，还有杨家从其他地方搬过来的壁画，内容都是关于“听雷”的。吴邪在疑惑壁画主人身份和听雷行为时，又发现壁画后还藏有密室。进入密室，吴邪发现了一口棺材，棺材上吊着一个巨大的青铜钟，吴邪分析，认为大钟是雷声收集器。

在阿透的帮助下，众人知晓原来青铜片等来自南海王地宫，地宫在沿海滩涂附近。另一边，吴二白手下贰京调查出，一个姓焦的老板一直在资助和照顾母雪海，他也在听雷。吴二白判断吴邪突然收到短信，是有人在背后操纵，很有可能与044工程有关。吴二白打电话给黑眼镜，要他去调查焦老板的来历。吴邪锁定滩涂位，铁三角决即刻出发，沿途却遭到了吴二白的阻拦，吴邪与吴二白谈判后，接受了与吴二白合作的条件。

刘丧安排吴邪、胖子工作，几人相处很不愉快。根据黑眼镜提供的信息，吴二白说出青铜耳朵是定位地下河的，推测焦老板很有可能在找南海落云国，让黑眼镜找出地下河的确切位置。滩涂塌方，铁三角和刘丧四人陷入其中，意外进入南海王地宫。吴邪遭到大批海蟑螂攻击，直到吴邪逃到一尊雷公像面前，海蟑螂突然退去。

吴邪和胖子逃窜，最终，胖子被纸人士兵的铁戟刺穿了胸口，幸而张起灵及时赶来，救下吴邪，但面对胖子的死，吴邪崩溃。吴邪还未从胖子的死亡中恢复过来，纸人士兵又杀死了张起灵。吴邪沉浸在痛苦之中，突然发现这一切都是幻觉。吴邪从幻觉中清醒过来。此时，胖子如之前幻觉中一模一样的出现，偷藏小雷公像，打马虎眼。就在胖子想要触碰雷公像的时候，被吴邪制止。

就在吴邪和胖子疑惑时，陪葬坑底的尸体突然动了，开始攻击他们。吴邪和胖子制服尸体，发现尸体之所以会动，是因为他体内有一种贝类寄生物（人手贝）。地宫另一边，刘丧为了不让张起灵和吴邪汇合，有意隐瞒了吴邪所在位置。刘丧想帮张起灵找到吴邪，却意外导致吴邪和胖子被地宫中的人手贝抓走。吴邪和胖子被抓到了人手贝的巢穴。张起灵及时赶到，救下两人。但吴邪和胖子中了人手贝的毒素，开始精神亢奋，缅怀过去。吴邪等人在地宫中一直绕圈，为了找到出路，吴邪提议走一条被废弃的甬道。

哑巴村的大当家带着村民和武器，强行夺走了哑女的DV。黑眼镜认为哑女一定是拍到了哑巴村不愿外人知道的秘密。并在之前自己从哑女DV里夺走的内存卡中，知道了哑巴村确实有一条地下河。吴邪等人走到甬道尽头，看到一个刻着“以此往前百多米，入者无返，永不见天日”字样的石碑，旁边是一个半人高的孔洞连接一条极长的甬道。三人决定爬入甬道，发现甬道内标有从引七到引一的刻度。三人在引一处发现了一个犀角蜡烛，点燃后，发现了一道原本看不见的门。但同时，胖子身后出现了大量的皮俑，皮俑攻击三人。

铁三角默契配合，成功躲避皮俑追击，跳下井逃走。哑巴村那边，黑眼镜想到对付瞎老头的计策，设计偷走了阿婆身上特有气味的香料，再教导哑女假扮阿婆，涂抹阿婆身上的味道，企图骗过瞎老头，混进地下河。铁三角逃进地宫排水系统，遇到许多陪葬的皮俑在此休眠，吴邪研究推断，皮俑体内寄生了人手贝，人手贝控制着皮俑行动，让它们看起来像活了一样。而这种人手贝对雷声敏感，一听到雷声就会进行攻击，所以他们在密室听雷后，才会遭到皮俑的二次进攻。

危急时刻，张起灵带着刘丧及时赶回来，救下二人。与此同时，整个地宫的人手贝受到雷声影响，全部苏醒，开始控制皮俑攻击铁三角和刘丧。众人一边抵御攻击，一边寻找出路。吴二白在滩涂上发现异状，局部爆破滩涂，众人逃脱。但吴邪为救刘丧，再次跌回地宫，吴邪利用地宫内封存的沼气，带着女皮俑逃了出来。吴邪发现传说中的“诶告供注”指的就是女皮俑，也就是哑巴公主的意思。

黑眼镜等人听完阿婆述说的故事，为之动容。南海王地宫外，吴邪等人和二叔庆祝劫后余生。酒过三巡，吴邪趁机问吴二白，当年吴三省在南海王地宫下的详细经历。吴二白由此展开回忆。多年前，吴三省和女友陈文锦前往南海王地宫考察，而领队正是吴二白的心上人齐晋，但齐晋喜欢的人，却是吴三省。考古队来到南海王地宫的大门前，遭到成群的海蟑螂攻击。慌乱中，沼气突然爆炸了，震开了大门，考古队躲进地宫里，坍塌的泥土封死了地宫入口，众人被困。

众人在地宫中受到人手贝攻击。吴三省为保护陈文锦力挽狂澜，最终，带着众人逃脱。谁也不知道母雪海又是怎么回到地宫里去的，母学海在那儿不停地拼壁画，陷入癫狂。最终还拼出了一副地图，就是雷城。经历这次考古，齐晋看透吴三省心中只有陈文锦，伤心欲绝，选择和吴二白在一起。吴邪疑惑雷城究竟是个什么地方，和听雷有什么关系？杨大广死了，母雪海疯了，那三叔和这一切又有什么关联呢？吴邪和吴二白决定去雷城一探究竟。

吴二白一行人在哑巴村修整。哑女哥哥准备带哑女离开，哑女舍不得黑眼镜，向黑眼镜表白，还坚持要和黑眼镜一起进入地下河。吴二白等人汇总信息，吴二白说传说南海王意外得到得到一个天外来物——听雷神器，海南王还利用神器收敛大量财宝。吴二白分析判断哑巴村民口中的仙境雷城就是可以驱动神器的地方，也是吴三省进入后再也没有出现的地方。吴二白一行决定进入地下河，寻找雷城，从而找到吴三省。吴二白不想让吴邪再涉险，于是让刘丧把吴邪和胖子送到安全地带。

吴邪、胖子和刘丧遭遇江子算追击坠入山崖。哑巴村地下河内，吴二白等人找到一处机关，使用青铜耳朵，看到了水中的雷城地图。这时，焦老板带人包围吴二白等人，把他们全部抓捕。焦老板与吴二白对话，想套出地下河深处雷城的方向，吴二白不肯说，二人陷入僵持。另一边，吴邪、胖子和刘丧遭遇追击并坠入山崖，被当做劳工带到一家黑采石场。

吴邪反制江子算，挟持金九爷离开营地，并向金九爷借用人马。焦老板为去雷城敛财，控制黑眼镜等人要挟吴二白画出雷城方向，吴二白回旋之际拔出了保镖的手枪反制了焦老板。两方发生了激烈的交战，难分胜负之际，吴邪带着金九爷的人杀到。焦老板的雇佣兵被打得节节败退。此时天色突变，雷声响起，焦老板好似疯了一般逃进了山林之中。张起灵欲乘胜追击，不想吴邪忽然发病倒地。

坎肩发现女皮俑突然出现在吴邪的屋子里，众人发现原来是皮俑会动是因为体内寄生的人手贝在作祟。吴邪发现皮俑头部内有一个铁坠装置，还没等解密，就被吴二白打住，吴二白担心吴邪身体状况，认为吴邪神思恍惚，让吴邪快点回吴洲休息。吴二白将地下河里的所有遗迹，以及女皮俑全部封存并委托十一仓运送回国内，之后移送文物保护局。

解雨臣将哑女带回别墅，阿透用古法金针治疗哑女声带，众人都在等待。十一仓运输员李加乐前来拉货，吴邪远远的跟着，最后跳上车，将李加乐打晕，自己假扮成运输员进入十一仓。车辆进入十一仓前需要接受检查，吴邪强装镇定，接受检查，却被后台监控室的“高层”发现端倪，“高层”故意放吴邪进入十一仓。吴邪在熏蒸区卸货，差点被熏蒸蒸熟，最后从通风管道逃了出来。

吴邪在白昊天的帮助下，顺利找到女皮俑离开十一仓。胖子也被二叔弄出来了。吴邪在研究女皮俑时，发现女皮俑脑子里的铁坠已经被吴二白拆走了。此时，贰京奉吴二白命令赶来，收回了吴山居。吴邪和胖子被赶出门，蜗居在一个破房子里。这天吴邪在医院看病时，胖子偶遇了他学生时代暗恋的女神飘飘，飘飘的女儿小梅患有罕见重病。

吴邪想要离开十一仓，却收到王俊义发来吴三省在十一仓的视频，为了得到更多关于三叔和听雷事件的信息，吴邪打算留下来一探究竟。哑女在阿透的治疗下，终于可以说话。她给黑眼镜发了感谢短信。黑眼镜此时正跟着吴二白等人慢慢进入地下河中，他并未回信。吴邪在十一仓的职位是L1，盲跑助理。王俊义给吴邪发信息，只要他升职L4级，就会收到第二段关于吴三省的视频。吴邪电话胖子告知自己的近况。

胖子对飘飘关怀备至。另一边，白昊天带吴邪来到仓库，里面放着最有名的“五大诡货”之一的魂瓶。魂瓶非常离奇，能聚水，所有触碰过魂瓶的仓员，都陆续出事了。吴邪决定调查魂瓶，发现其中一个受害者杜鸣夏的弟弟杜鸣秋也在十一仓工作，但他什么也不肯告诉吴邪。可吴邪仍然发现了杜鸣秋的柜子里有张飞机的照片，正是酒窖区的飞机，从而推断出酒窖区飞机与魂瓶必有关联。

吴邪破解了魂瓶聚水的原因，是因为魂瓶内部有活物，产生温差，形成水汽，也就是说魂瓶滴水的时候就表示里面有活物，就是凶手。但魂瓶太小，根本装不下一个成年人。白昊天忽然想到十一仓里有一个仓库名叫子仓，以前子仓里有小孩子，但是子仓已经被封了，十一仓现在并无小孩。吴邪找丁主管询问子仓资料的事，丁主管却说是资料库意外着火，子仓只是被销毁资料的仓库之一。

白昊天不想吴邪再折腾自己身体，于是自己利用液化氮进入子仓，白昊天发现子仓中竟然有一具成年人的尸体，吴邪推测这个人一直呆在子仓中，命令历届仓管为他做事。吴邪意识到危险让白昊天就在这时，白昊天遭受了小个子仓管的袭击。子仓外，杜鸣秋打算炸毁子仓。吴邪及时赶到，救下白昊天和小个子仓管，并制服了杜鸣秋。吴邪已经猜测到了之前是杜鸣秋杀死了哥哥，就是为了躲避子仓仓管的追杀。

飘飘女儿病情加重，急需医药费，胖子希望吴邪能伸手相助。吴邪让胖子想办法卖货，并把自己的工资都给了胖子。深夜，吴邪认为胖子有了情感寄托，应该稳定下来，自己的私事不能再麻烦胖子了。明着不行，暗着来。胖子张贴招聘广告，打算雇人替自己卖货。飘飘看到了招聘广告，因为提成很高，她短信联系胖子应聘。胖子不知道应聘者是飘飘，两人短信沟通，飘飘成功完成了第一单货物。

十一仓只有当了三年仓管的人才能参加二层考试，吴邪本没有考试资格，但丁主管以“考试失败则离开十一仓”为条件，将吴邪加入了考试名单中。丁主管认为，在这么短的时间内，吴邪不可能掌握考试规则。商人老六索要赔偿。飘飘没钱，提出拿一个价值相当的物件赔偿，所幸有胖子帮忙，飘飘拿到了一座价值不菲的座钟。但内部有些故障，飘飘用家中祖传的技艺，修复座钟，老六满意离开。

二层考试开始，贾咳子用听力定位，告知李加乐吴邪的位置。李加乐率人攻击吴邪，吴邪用声音干扰贾咳子，躲开了李加乐的攻击，并用口香糖黏住启明星，所有人失去了关键参照物，无法定位货物，考场一片混乱。这时，突然有人出现袭击吴邪。吴邪躲开，继续考试，他将启明星用另外一个星标代替，并在心中换算坐标，找到了不少货物。考试结束，吴邪取得了第三名，按规定可成为二层仓管。但所有人认为吴邪作弊，不满结果，吴邪也主动要求重赛。

吴邪在考试时放出这些萤火虫，扰乱坐标。期间那人再次袭击吴邪，被吴邪制服，是凌南。原来是有人指使凌南这么做，为的是保护十一仓的货物。幕后指使以为吴邪是陆晨的同伙，也要做对十一仓不利的事情，所以才找了凌南攻击吴邪。分析已有线索，依然指向二层。所以，吴邪想尽快下二层，找到这个人。

吴邪和白昊天潜入水底，看到一系列水下奇观，并意外发现水中人俑身上很多配饰都不见了。两人判断灨阳仓底下丢失的东西都和陆晨事件有关，是陆晨偷运货物出去的，那个当年把陆晨搞疯的人，就是为了保护十一仓货物，阻止外流。吴邪认为白昊天早就知道陆晨盗取十一仓货物的事情，指出她就是猎头王俊义本人，引导自己一步步进入局。白昊天否认，表白吴邪，并说自己会证明给吴邪看。吴邪烦闷找胖子诉说，胖子边给为飘飘准备爱心餐食，边开导吴邪。

丁主管为了听说胖子在帮吴邪，找上薛五要阻挠胖子，他们决定从飘飘下手。飘飘只身一人找到老六的上家薛五要买货，被薛五怀疑她背后有供货人，有可能是吴邪或者胖子。薛五用小梅的治疗费做条件，让飘飘供出背后的供货人是谁。危急时刻，胖子出手，小梅将薛五引到了一个地下室，让他以为这是飘飘无意间发现的。薛五假装打消了疑虑，反邀飘飘为自己工作。

在海女的协助下，丁主管以为被人盯上了，也中了毒，丁主管让吴邪找出那个害自己的人，作为条件他放了白昊天。吴邪得到白昊天留给自己的信息：第四个诡货在外仓，是扳倒丁主管的关键。飘飘前夫听说女儿治病花了一大笔钱，认定飘飘赚了大钱，于是又找上门来闹事，被胖子打跑，飘飘心怀感激。

胖子发现飘飘居然在帮薛五打工。飘飘再次试探胖子是否供货人。吴邪用供货人身份给飘飘发信息，飘飘彻底打消了胖子是供货人的想法。薛五愿意给飘飘提供小梅的医药费，但要求她打探出吴邪胖子来这里的目的，未果。另一边，吴邪见李加乐本性不坏，善意提醒李加乐小心别被丁主管利用。

原来这一切都是丁主管给吴邪设下的陷阱，是他在白昊天的手机里留下的假消息，从而引诱吴邪上钩。丁主管认为吴邪是吴三省安排进十一仓来破坏他的计划，他下令让李加乐把吴邪一众一网打尽。关键时刻，李加乐良心发现，帮助吴邪一众逃出了外仓，并制服了丁主管。