Şaman Yoh Asakura, efsanevi bir samurayın ruhunu da yanına alarak yeni sınıf arkadaşı Manta'ya kötü şöhretli bir gangstere karşı yardımcı olmayı teklif eder.

Yoh ve Manta, bir serseriyle savaşırken merhamet göstermeyen şaman Ren'le karşılaşır. Ren’in güçlerini kötüye kullanmasına öfkelenen Yoh, ona karşı savaşır.

Anna, Yoh'a bir sonraki Şaman Kralı'nın belirleneceği yeni turnuvadan bahseder. Ren'in kız kardeşi Jun, Yoh'u savaşa davet eder. Ödül ise Amidamaru'dur.

Ryu'yu ele geçiren Tokageroh, Manta'yı rehin alır. Yoh ve Amidamaru onunla savaşsa da Tokageroh, Harusame'yi kullanarak avantaj elde eder.

Patch Görevlilerinden Silva, Yoh'un Şaman Savaşı'na katılmaya layık olup olmadığını belirlemek için beş hayvan ruhunu onun üstüne salar.

Artık turnuvaya katılmaya hak kazanan Yoh, ilk olarak buz ve kara hükmedebilen gururlu Ainu şamanı Hokkaidolu Horohoro ile karşı karşıya gelir.

Cesetlere hükmedebilen ölüm büyücüsü VIII. Faust, karşılaşmalarından önce sadistçe bir deney için Manta'yı hedef alınca Yoh öfkeden deliye döner.

Bir sonraki rakibi Ren olan Yoh, arkadaşının güvenliğini sağlamak için Manta'dan uzak durur. Daha sonra Yoh, eğitimine devam etmek için Izumo'ya geri döner.

Ön eleme turunun son karşılaşması başlar. Ezeli rakipler Yoh ve Ren sınırlarını zorlayarak savaşır. Acaba ana turnuvaya katılmaya kim hak kazanacak?

Ren, yarım kalmış bir işi halletmek için Çin'e geri döner. BōZ Kardeşler, Yoh'u ve Tamao'yu pusuya düşürür. Ancak tanıdık bir yüz onları kurtarmaya gelir.

Evine dönen ve hapse atılan Ren, babasıyla yaptığı savaşı kaybeder ama onu yenmeye ant içer. Bu sırada Yoh ve diğerleri, Ren'i kurtarmak için Çin'e doğru yola çıkar.

Ren ve dostları, En'i bulmak için yola koyulur. Tao ailesinin reisi göz korkutucu bir düşman olsa da Yoh ve beraberindekiler geri adım atmaz.

Yoh'un grubu kendini geleceğin kralı ilan eden kişiyle tanışır. Ana turnuvaya katılanlar, bindikleri uçakta ilk sınavlarıyla karşılaşmak üzere olduklarından habersizdir.

Yoh ve diğerleri eskiden Patch Kabilesi köyünün olduğu bir kasabaya gitmeye hazırlanırken Arayıcı Lyserg ortaya çıkar ve onlara katılmak ister.

Yohmei, Anna'yı Asakura ailesine ait kadim bir kitabı ABD'deki Yoh'a ulaştırmakla görevlendirir. Horohoro’nun koruyucusu Kororo ortadan kaybolur.

Sorularına cevap arayan Yoh ve beraberindekiler Patch Kabilesi'nin eskiden yaşadığı köye ulaştıklarında etraflarının Hao’nun adamları tarafından sarıldığını görür.

Boris'le yüzleşen Ryu, Yoh'un büyükbabası Yohmei'den aldığı eğitimde elde ettiği yeni bir gücü kullanmaya başlar. Manta ve Anna'nın karşısına beklenmedik biri çıkar.

Yoh'un grubu Patch Köyü'ne ulaştığında Kadim Ruhlarla karşılaşır ve Şaman Savaşı'nın amacını öğrenir. Ekibe neşeli bir şaman katılır.

Yoh ve arkadaşlarının Lyserg'i ararken karşılaştığı Faust onlara şaşırtıcı bir teklifte bulunur. Nihayet tüm koşullar belirlenir ve Şaman Savaşı başlar.

Ren Takımı, Hao'nun hizmetkârlarından oluşan Tsuchi-gumi Takımı ile karşı karşıya gelir. Joco zor durumda kalıp köşeye sıkıştıktan sonra belli biriyle geçmişini hatırlar.

İkinci Şaman Savaşı başlar ve X-Laws'un X-I Takımı, Mısır'ın Niles Takımı ile karşı karşıya gelir. Ancak X-I'nın en yeni üyesi Yoh'un grubunun çok iyi tanıdığı biridir.

Funbari Kaplıcaları Takımı, Buz Adamlar'a karşı ilk maçına başlar. Ancak Yoh, onları Ultra Senji Ryakketsu sayesinde tek bir saldırı ile yenmeye ant içer.

Faust'un yeni Taşkın Ruhu ile baş edemeyen Buz Adamlar bu baskıyı kaldıramaz ve maçın sonu yaklaşırken tam yenilecekleri anda karşı saldırıya geçer.

Yoh uzun zamandır beklenen konuşmayı yapmak için Lyserg ile buluşur, ancak diğerleri araya girer. X-Laws'un takımı X-III nihayet Hao'nun Hoshi-gumi takımı ile karşılaşır.

X-III Takımı çaresiz şekilde Hao ile savaşırken Yoh, elinden hiçbir şey gelemeden onları izler. Hao, doğumu ve Asakura klanı ile bin yıllık geçmişine dair sırrı açıklar.

Yoh'un arkadaşları, Hao hakkında ortaya çıkan gerçekle şaşkına döner. Maskeli gizemli bir adam, Ren Takımı'nın karşısına çıkarak onları güçlendirmeyi teklif eder.

Güçlü rakibiyle karşılaşan Ren yeni bir güç kazanır. Şaman Savaşı sürerken Hao'nun takipçileri arenanın dışındaki takımları hedef almaya başlar.

Horohoro ve Joco, yaralı olan Ren'le birlikte Hao'nun takipçisi Peyote Díaz'dan kaçmaya çalışır, ama Yoh şaşırtıcı bir giriş yapar. Anna ise hamlesini yapar.

Anna, Mikihisa'nın takım arkadaşlarının Şaman Savaşları'na kaçmasına yardım ederken Tamao ve Jun ile Hao'nun Hana-gumi adlı takımı arasındaki savaş kızışır.

Yoh, Ren'in iyileştirilmesi karşılığında Jeanne'in koşullarını kabul ederek arkadaşlarını şoke eder. Anna, Yoh ile beş yıl önce ilk kez karşılaştıkları anı hatırlar.

Yoh, onu ve kasabaya saldıran iblisle bağlantısını reddetmeyi sürdüren nişanlısını anlamaya çalışır. Matamune'nin geçmişi ortaya çıkar.

Birlikte yeni yıl için tapınağı ziyaret eden Anna ve Yoh yavaş yavaş yakınlaşır. Ama Anna'nın güçleri tehlikeli bir duruma neden olur.

Yoh ve Matamune, Anna'yı insanların kalplerinden doğan dev iblisten kurtarmak için Osorezan Dağı'na ulaşır. Ama Yoh'un onu kurtarmak için tek bir şansı vardır.

Yoh, Şaman Kralı olma yolculuğunda sona gelir. Ryu ve Manta, Ren'i dirilten Jeanne'i gizlice izler. Üstelik bu diriliş beklenmedik şekilde güçlü bir yan etkiye sahiptir.

Horohoro, Brocken'ın takımıyla savaşını bitirir. Peyote öldürme niyetiyle saldırınca Lyserg yaralı olan Horohoro'yu Yoh'un takımına getirir.

Mikihisa'nın takım arkadaşları olan Ludsev ve Seyram kardeşler, babalarını öldüren kişiden intikam almak ister. Ama Yoh çok geç olmadan araya girer.

Ren, Ludsev ve diğerleri kendilerine gelmek için bir plan yaparken Golem'in yeni kullanıcısı ortalığı kasıp kavurur. Hao, Opacho'ya bir görev verir.

Opacho bir mesajla Yoh'un karşısına çıkar: Yoh, Şaman Savaşı'na geri dönmelidir, yoksa Hao, Golem'i ve çocukları yok edecektir. Yoh ne karar verecek dersiniz?

Yoh'un Şaman Savaşı'na tekrar girmek için X-Laws'la olan mücadelesi, Luchist Lasso ve Jeanne'in gelmesiyle sona erer. Daha sonra Yoh, Hao'yu yenme planını açıklar.

Şaman Savaşı maçlarının son aşamalarında Ren Takımı, kişilerin Taşkın Ruh'unu etkisiz hâle getirebilen Bilgelik Kralları'na karşı zorlu bir mücadele vermek zorundadır.

Horohoro, Ren Takımı'na galibiyet getirir ve bir sonraki rakipleri Funbari Kaplıcaları Takımı olur. Bu esnada şaibeli bir grup, Yoh ve diğerlerine yanaşır.

Yoh, yeni yeteneğiyle cehennemde savaşmaya devam eder. Şaman Savaşı giderek karmaşık bir hâl alırken Yoh'un takımını eşi görülmemiş bir sınav beklemektedir.

Marco ve diğerleri, Jeanne'i korumak için Hao'nun saldırılarına umarsızca direnirler. Hao'nun X-Laws'la çarpışması, beklenmedik bir krize yol açar.

Hao'nun hizmetkârları, onun niyetinden şüphe etmeye başlarlar. Anna, taşkın ruhunu gösteren Hao'yla yüzleşir. Yoh'un grubu Şaman Savaşı ringine çıkar.

Funbari Kaplıcaları Takımı ile Ren Takımı arasındaki Şaman Savaşı başlar! Fakat Yoh, karşı atağa geçemeden maçta beklenmedik bir gelişme olur.

Yoh ve diğerleri, ikinci turnuva için alana girerler ama turnuva başlamadan önce Yoh sürpriz bir duyuru yapar.

Şaman Savaşı'nın galibi nihayet belli olacaktır. Yoh ve diğerleri, Hao'nun Kadim Ruh'a katışmasını engellemeye çalışırlar.

Yoh ve diğerleri ellerinden geleni yaparlar ama tüm çabalarına ve fedakârlıklarına rağmen Hao, Kral'ın tapınağına ulaşmayı başarır.

Yoh ve diğerleri, hak ettikleri molayı vermek üzere Patch Görevlisi Kalim'in evine giderler. Ama kısa süre sonra bir sürprizle karşılaşırlar.

Kalim'e karşı verilen savaşta, Horohoro'nun üzerine çökmüş olan karanlık nihayet gün ışığına çıkar.

Grup nihayet son biyoma ulaşır ve orada gelmiş geçmiş en zorlu rakipleri olan Rutherfor'la karşı karşıya gelir.

Hao yeni edindiği güçlerini Yoh ve diğerlerine karşı kullanır ama mücadeleci ekip, umudunu yitirmez.