Mireille Bouquet, tueuse à gages réputée, reçoit un mail d'une certaine Kirika Yuumura, l'invitant à « faire une pèlerinage dans le passé » avec elle. La mélodie qui accompagne le message réveille chez Mireille des souvenirs douloureux. Lorsqu'elle arrive au rendez-vous, elle se retrouve la cible de mystérieux hommes en noir...

Mireille a accueilli Kirika chez elle et elles travaillent désormais ensemble sous le nom de Noir. Elles reçoivent un nouveau contrat : il s'agit d'abattre Pierre Cressoit, le chef d'un groupe de terroristes ainsi qu'un haut fonctionnaire de la police qui s'est rallié à leur cause et leur a vendu ses propres hommes...

Noir doit cette fois s'occuper de Hammond, le président d'Atlaide Corporation, un groupe dont l'occupation consiste à favoriser des coups d'état dans toutes les zones agitées de la planète. Mais la mission se complique considérablement lorsqu'une lettre anonyme révèle à Hammond et à ses hommes l'endroit où Mireille et Kirika se logent...

Vanel, un vieil ami de Mireille, donne rendez-vous à cette dernière pour lui faire des révélations. Lorsque Mireille et Kirika arrivent chez Vanel, elles le trouvent assassiné avec toute sa famille. Mais Vanel, se sentant menacé, a eu le temps de laisser à Mireille un message sous la forme d'une bouteille de whisky...

Noir doit cette fois exécuter Yuri Nazarov, un ancien membre du KGB responsable de l'extermination de tous les prisonniers d'un camp de concentration. Mais Mireille et Kirika découvrent un homme âgé qui tente de se repentir en consacrant sa vie aux autres, et Kirika ne peut s'empêcher de ressentir de la pitié pour le vieil homme...

Mireille et Kirika se retrouvent au Pakistan pour exécuter un révolutionnaire. Kirika est blessée au cours de l'exécution du contrat mais Mireille se refuse à l'abandonner et l'emmène en voiture. Elles sont poursuivies par les partisans de leur cible, qui finissent par les retrouver et par capturer Kirika...

Suite à leur dernier contrat, l'exécution d'un membre de la mafia new-yorkaise, Mireille et Kirika se retrouvent dans le collimateur de la Cosa Nostra. Pour s'occuper de cette affaire, celle-ci fait venir de Sicile la redoutable Intoccabile, ce qui réveille chez Mireille peur et doutes...

Malgré sa peur, Mireille a finalement décidé de se rendre en Sicile afin d'en finir une bonne fois pour toutes avec Intoccabile et de récupérer le fameux contrat qui doit leur en apprendre plus sur les Soldats. Kirika, toujours blessée au bras droit, s'entraîne à tirer de la main gauche...

Mireille et Kirika sont chargées d'éliminer Maurice Lubique, un policier corrompu qui a échappé à son jugement grâce à la complicité d'un juge complaisant. Mais leur cible se fait assassiner par un autre tueur avant même qu'elles aient pu l'approcher, et le bruit court que l'auteur de cet assassinat n'est autre que Noir...

Mireille reçoit un appel anonyme l'enjoignant à examiner les documents qui vont lui arriver par courrier. Lorsqu'elles ouvrent le paquet, Mireille et Kirika découvrent des photocopies d'un livre parlant des Soldats. Désireuses d'en apprendre plus, elles acceptent d'aller au rendez-vous qui leur est fixé...

Chloé reçoit une nouvelle mission d'Altena. Il s'agit d'exécuter le général Peter Lieman, un ancien membre des Soldats maintenant à la retraite. Mais lorsqu'elle arrive dans les Alpes, elle est accueille fort civilement par le général, qui lui propose une promenade en sa compagnie...

En se promenant le long de la Seine, Kirika rencontre un peintre dont le talent l'impressionne à un tel point qu'elle décide de se mettre à la peinture également. Pendant ce temps, Mireille apprend que l'associé d'un homme qu'elle avait éliminé est sorti de prison et qu'il cherche à se venger d'elle...

Un homme interpelle Mireille dans la rue. Lorsqu'elle se retourne, elle a la surprise de reconnaître son oncle Claude, qui s'est occupé d'elle et lui a fait quitter la Corse à la mort de ses parents. Ils échangent des souvenirs autour d'un café mais, très vite, Claude commence à poser des questions sur Noir...

Mireille et Kirika reçoivent une offre de contrat. Il s'agit d'éliminer Wu Jihua, le chef d'une des plus puissantes triades de la mafia taïwanaise, Hong Li Pan. Leur employeur n'est autre que l'organisation des Soldats. Bien déterminée à en apprendre plus, Mireille décide d'accepter le contrat...

Mireille et Kirika se retrouvent en bien mauvaise posture face à Shaoli et aux hommes de main de Hong Li Pan. Mais alors que Mireille se fait capturer, Kirika, elle, reçoit l'aide inattendue de Chloé. Ensemble, elles parviennent à libérer Mireille, alors que Shaoli bat en retraite...

Mireille décide de retourner en Corse afin d'éclaircir les circonstances de la mort de ses parents. Mais son apparition semble susciter peur et méfiance chez les habitants. Elle finit par retrouver Georges Madelin, l'ami et le collaborateur de son père. Au moment où celui-ci va lui faire des révélations, il est abattu...

Encore sous le choc des révélations qui lui ont été faites en Corse, Mireille demande à Kirika de s'éloigner d'elle. Désemparée, Kirika erre dans Paris. C'est alors qu'elle est contactée par un membre des Soldats qui lui dit avoir des renseignements pour elle. Elle apprend également de Chloé que Mireille est en danger...

Grâce à un spécialiste en documents historiques, Mireille et Kirika apprennent que le texte sur les Soldats proviendrait d'un manuscrit très ancien appelé Manuscrit de Langogne. Pendant ce temps, une faction des Soldats opposée à Altena décide d'en finir une bonne fois pour toutes avec Mireille, Kirika et Chloé...

Mireille et Kirika doivent cette fois affronter l'épreuve ultime en se débarrassant des Soldats qui les attaquent dans leur appartement. À l'issue du combat, Chloé apparait. Elle est venue donner à Kirika le dernier fil conducteur qui lui permettra de trouver le chemin du Domaine où l'attend Altena...

Chloé a tiré sur Kirika, selon les instructions d'Altena, afin de réveiller les souvenirs enfouis en elle et de lui donner le dernier fil conducteur qui la ramènera vers son village natal. Le temps est également venu pour Mireille d'enfin apprendre le nom de l'assassin de ses parents...

À moitié consciente, Kirika a entrepris un voyage qui l'amène près de la frontière espagnole. À bout de forces, elle s'écroule à l'entrée d'un petit village. Lorsqu'elle se réveille, elle est saluée par un vieil homme et sa femme qui l'ont recueillie chez eux et qui lui disent qu'elle est arrivée au bout de sa route...

Restée seule à Paris, Mireille est contactée par un membre des Soldats. Il s'agit d'un membre d'une faction opposée aux projets d'Altena. Il propose à Mireille de rejoindre leur organisation et de devenir Noir. Désireuse de revoir Kirika, Mireille finit par accepter de se rendre au Domaine...

Kirika est enfin parvenue au Domaine, où elle est accueillie à bras ouverts par Altena et par Chloé. Il est maintenant temps pour les deux jeunes filles d'accomplir les rituels nécessaires à la préparation de la cérémonie du Grand Retour...

Alors que les préparatifs de la cérémonie approchent à grands pas, Mireille arrive à son tour au Domaine. Il est accueillie à coups de feu par Kirika. Mireille sera-t-elle de taille à affronter les deux machines à tuer que sont Chloé et Kirika ?

Noir s'est enfin constitué. Il ne lui reste désormais plus qu'une tâche à accomplir : retrouver Altena et l'empêcher de mener à bien le Grand Retour...