Mireille Bouquet, uma assassina profissional em Paris, recebe uma mensagem de Kirika Yuumura, outra habilidosa assassina. Kirika não se lembra de seu passado, mas sabe que é uma das “virgens das mãos negras”. As duas decidem trabalhar juntas para desvendar seus segredos e enfrentam inimigos perigosos.

Tendo entrado no mundo dos negócios como Noir, Mireille e Kirika assumem seu primeiro trabalho juntos: o assassinato de um terrorista de extrema direita e de seu colaborador no Departamento de Paz.

Parece um trabalho simples para Noir quando eles são contratados por uma viúva para se vingar do assassino de seu marido. Mas quando o trabalho se revela uma armação, a situação inverte-se e os caçadores tornam-se caçados. Kirika e Mireille conseguirão superar seus inimigos e escapar com vida?

Hammond é um homem com muitas funções - por um lado, ele é o presidente da nefasta Atride Corporation, conhecida por incitar guerras para obter lucro, mas por outro, ele é um pai adorado por sua filha adolescente Rosalie. E agora, na ensolarada Ulgia, Hammond tem outro papel – como o próximo alvo de Noir. No entanto, ainda existem inimigos nas sombras que desejam nada mais do que o fracasso de Noir.

Depois de pedir ao seu velho amigo Vanel para encontrar informações sobre as pessoas que estão tentando matar Noir, Mireille fica chocada ao descobrir que tudo o que ele descobriu custou a vida dele e de toda a sua família. Percebendo que Vanel devia estar descobrindo algo importante, Mireille começa sua própria investigação para descobrir o segredo que custou a vida de seu amigo.

Durante a Guerra Fria, um agente da KGB chamado Yuri Nazarov ordenou o massacre de membros de uma minoria étnica conhecida como Tashkil. Agora, os poucos Tashkil sobreviventes encomendaram Noir para vingar essas mortes matando Nazarov. No entanto, hoje em dia Nazarov é um velho benevolente que se dedicou a ajudar os necessitados. Será que Noir conseguirá matar Nazarov dada sua aparente mudança para melhor?

Noir acaba de cumprir um contrato para matar um líder revolucionário, mas Kirika leva um tiro enquanto ataca. Com os revolucionários restantes no encalço de Noir e em busca de vingança, Mireille percebe que sua única chance de escapar pode ser aliviar-se do fardo de seu parceiro ferido...

Em troca de um documento que tem ligação com os misteriosos soldados, Mireille e Kirika assassinam um Don da Máfia. Mas a Máfia é bem conhecida pelas suas políticas de vingança, e Noir logo se vê alvo da cruel princesa da Máfia conhecida como Intoccabile, uma mulher que Mireille conheceu há muito tempo e que tem motivos para temer.

Noir e o Intoccabile ainda têm assuntos inacabados entre si após o último confronto, e cada lado sabe que as questões só podem ser resolvidas com um confronto final. Para tanto, ambos os lados viajam para a Sicília, onde Mireille e o Intoccabile se conheceram quando crianças. Mas com o braço de Kirika ferido e Mireille com medo e em dúvida sobre sua capacidade de derrotar o Intoccabile, Noir tem alguma esperança de vitória? E será que o passado de Mireille e do Intoccabile terá um papel no próximo encontro?

Kirika e Mireille terão uma surpresa ao descobrir que outro profissional já atingiu seu próximo alvo. O que se diz nas ruas é que Noir foi o assassino - os rumores referem-se a Kirika e Mireille ou outra pessoa está usando o mesmo codinome?

Mireille e Kirika são contatadas por um homem dos Soldats que está disposto a lhes dar um livro contendo informações valiosas. À medida que as duas mulheres seguem esta pista intrigante, elas mais uma vez se deparam com o ""verdadeiro Noir"", a misteriosa assassina Chloe.

A misteriosa Chloe tem uma última missão a cumprir antes de voltar para casa, para Altena e para a mansão: ela recebeu ordens de matar um antigo oficial de inteligência da OTAN. Ao viajar para a Suíça para cumprir sua tarefa, Chloe descobre que ela não é a única que foi enviada para matar Reimann, e que ela pode ter que protegê-lo se quiser ser a única a eliminá-lo.

Quando Kirika começa a passar todo o tempo no rio na companhia de um jovem pintor, Mireille a avisa para não se aproximar muito - afinal, relacionamentos não são algo que você possa buscar facilmente quando estiver no ramo de trabalho deles. Mireille tem seus próprios problemas, no entanto - um antigo emprego volta para assombrá-la quando um dos sobreviventes decide montar sua própria missão de vingança.

Há dez anos, Mireille deixou a Córsega com seu tio Claude, que cuidou dela e a treinou como assassina. Agora, Claude voltou a Paris, mas a alegria de Mireille ao ver seu tio novamente está cheia de dúvidas. Um assassino do calibre de Claude certamente terá seus próprios segredos - segredos que podem significar problemas para Noir...

Mireille e Kirika recebem uma oferta de emprego em Taiwan - e seu empregador não é outro senão os Soldats. Apesar do perigo, Noir decide aceitar, esperando que trabalhar para os Soldados os ajude a descobrir algumas respostas. Mas a tarefa mostra-se longe de ser simples quando eles se vêem alvo do assassino taiwanês Shaoli, mais conhecido como o ""Assassino de Sangue Frio...""

A missão de Kirika e Mireille de destruir a tríade Hang Yiban deu errado quando Hang Yiban enviou seu próprio assassino - o implacável Shaoli, para destruir Noir. Agora, Mireille foi capturada pelo Hang Yiban, e Kirika deve trabalhar com a misteriosa Chloe para libertá-la. Mas mesmo que Mireille possa ser resgatada, Noir ainda tem a tarefa de eliminar os líderes Hang Yiban e a própria Shaoli...

Já se passou uma década desde que Mireile foi forçada a fugir da Córsega após o assassinato de sua família, e ela sempre teve muito medo de retornar – até agora. Determinada a descobrir a verdade sobre o assassinato de seus pais e sua ligação com os Soldats, Mireille retorna à casa de sua infância. Mas ao tentar resgatar informações do passado, ela atrai a atenção daqueles que prefeririam que permanecessem enterradas...

Ainda chateada com as verdades que aprendeu na Córsega, Mireille não quer nada mais do que ficar sozinha e manda Kirika embora por um tempo. Vagando sozinha pelas ruas, Kirika é abordada por uma facção dos Soldados, prometendo fornecer informações. Mas se Kirika seguir esse exemplo, ela deixará Mireille sozinha e vulnerável...

Mireille e Kirika continuam a perseguir pistas que possam ajudá-las a localizar uma cópia do manuscrito sobre os soldados, sem saberem que o perigo é maior do que nunca. Pois o conselho dos Soldados está farto de jogar os jogos de Altena, nos quais Kirika e Mireille recebem “testes”, e decidem que agora é a hora de acabar com eles, de uma vez por todas...

Duas donzelas leais aos soldados, testadas em julgamentos e nomeadas por rituais antigos - esta é a verdadeira natureza de Noir. Enquanto Altena conta a história dos Soldados, o próprio Conselho planeja agir contra ela e contra sua ideia de recriar Noir. Enquanto isso, Chloe aguarda ansiosamente enquanto Kirika enfrenta um último julgamento, esperando que os dois realmente se provem dignos de se tornarem a próxima encarnação do verdadeiro Noir.

Para Kirika e Mireille, o ponto sem retorno foi alcançado. Pois, à medida que as memórias de Kirika voltam, Chloe desvenda os mistérios do passado para Mireille, revelando a verdadeira identidade do assassino de seus pais. Quando eles se conheceram, Mireille prometeu que mataria Kirika assim que descobrissem a verdade, mas agora que aparentemente chegou a hora, ela manterá sua palavra?

A parceria de Kirika e Mireille chegou ao fim e, sem ter para onde voltar, Kirika se vê vagando pela selva. Encontrada e resgatada, ela é levada para o que parece ser uma simples vila no interior. No entanto, quando Kirika percebe que todos os aldeões não apenas a reconhecem, mas também esperam sua chegada, fica claro que nem tudo é o que parece.

Kirika e Chloe estão agora nas mãos de Altena, mas os soldados que se opõem a ela têm uma última carta para jogar: eles podem tentar recrutar Mireille. Se Mireille aceitar, ela terá que se infiltrar na mansão e tomar seu lugar como metade de Noir, matando Chloe ou Kirika. E se ela recusar, os Soldados não terão escolha senão matá-la. Será que Mireille conseguirá encontrar uma saída para o acordo ou estará fadada a se tornar uma ferramenta dos Soldados?

Atraída por seus instintos e memórias enterradas do passado, Kirika finalmente se junta a Chloe e Altena na mansão. Enquanto Chloe encantada mostra o local a Kirika e tenta ajudá-la a relembrar sua infância compartilhada, Altena começa a reunir tudo o que precisa para o ritual final que confirmará as duas mulheres como a próxima encarnação de Noir.

Apenas duas donzelas podem servir como Noir, mas agora que Mireille chegou à mansão, todos os três candidatos estão presentes – e um deles deve perder. Será que Chloe e Kirika se unirão para tirar o “estranho” da disputa ou Mireille encontrará uma maneira de falar com seu ex-parceiro? Somente um conflito acalorado nos próprios terrenos pode decidir a resposta...