無限の可能性が広がるVRMMO『アーク・アースオンライン』で、召喚術を究めたプレイヤー・ダンブルフ。彼は仲間と建国したアルカイト王国の最高位「九賢者」として目覚ましい活躍を見せていた。この日も国王の臣下としてのロールプレイを楽しみながら、魔物討伐のクエストに挑むのだが……。ゲーム内に大きな異変が起こる。

アルカイト王国に帰還し、ゲーム内のフレンドであり国王のソロモンに再会するミラ。ロリっ子姿を盛大にいじられながら、この世界が大きく変質したことを知らされる。もはやゲームではなく、現実であった。ミラはダンブルフの弟子を名乗って生きることを決意するが、それは女の子として生きていくということでもあり……!?

アルカイト王国と周辺国との不戦条約の期限が近づいていた。国を守るためには、九賢者をできる限り集めなくてはならない。ソロモンから九賢者を探し出す依頼を受けたミラは、九賢者の一人と関わりの深い古代神殿ネブラポリスへ向かう。道中で出会った冒険者たちとともに、ダンジョンを攻略することになるのだが……。

暗丞の間の用事を済ませ、ミラたちはダンジョンの奥深くを目指すことに。白亜の城へたどり着くと、ミラは秘密の用事があると言って一人で奥へと進んでいく。実は、何かが限界に達しようとしていて……!?　そして、ミラは王の間でソウルハウルの秘密に触れるのだが……そこへ大きな脅威が近づこうとしていた。

カラナックは黒煙を上げて燃えさかり、街にはゾンビがあふれ出していた。ミラはヴァルキリーシスターズを召喚し、ゾンビたちに対抗しようとする。だが、そこへ黒い霧に包まれた人影が現れる。かつてダンブルフですら苦戦したという半魔族が復活を遂げようとしていたのだ。アルフィナはミラに新技の使用許可を求めるが……。

アルカイト王国へ帰還する途中、ミラは人間に襲われたという風の精霊に出会う。その傍らにいた猫の式神には思い当たる節があった。アルカイト王国へ帰還してからも、ミラには多くの難題が残っていた。ソウルハウルの研究資料の解読、悪魔の暗躍について……。さらには侍女たちに新しい服を何度も着せられることになって……!?

ソウルハウルに繋がる手がかりを探るため、ミラはアルカイト学園の地下にある「愚者の脅威の部屋（フール・ザ・ヴンダーカンマー）」を目指す。だが、召喚科の教師ヒナタに出会ったことで、学科対抗の術技審査会に出場することになってしまう。万年最下位の召喚科の名誉を回復しようと意気込むが……術のエンタメ化と超優秀な生徒に対応できるのか!?

「愚者の脅威の部屋（フール・ザ・ヴンダーカンマー）」にヒナタもついてくることになった。ヒナタはミラとクレオスに自分の召喚術を見てもらおうと、自ら魔物に立ち向かっていく。一方、ミラとクレオスはそんなヒナタに手本を見せながら、その極意をレクチャーするのだが……。この迷宮には力業では切り抜けられない、複雑なギミックが待ち構えていた！

マリアナとの楽しいひとときも束の間、再び冒険の旅に出るミラ。次なる目的地は、「祈り子の森」の御神木。道中の砦でひと休みしようとするが、砦は半壊状態だった。この地域には存在しないはずの魔物が出現したといい、重傷者も出ていた。ミラはここでも世界の異変を感じ取り、魔物を追いかけようとするのだが……。

ハンターズビレッジに立ち寄ったミラは、そこでセロ、エメラ、フリッカに再会。キャラバンの護衛をしている彼らと情報交換をすることになった。九賢者の一人に関係する、とある街の話を聞いていると、後続のキャラバンが魔物に襲われたとの報せが届く。

ミラも救出に加わるが……深い霧に包まれた森に迷い込んでしまう。

アルカイト王国内にかつてない規模の魔物の群れが発生。30年前のクエストの記憶が甦るソロモンだが、今回は九賢者が揃っていないという絶体絶命の危機にあった。休暇中のルミナリアも戦場に立ち、ソロモンも出撃を考える中、さらなる魔物の群れが出現する。窮地に陥るアルカイト王国。果たしてミラは間に合うのか!?