Een noodoproep van luitenant Noonien-Singh dwingt Spock om bevelen niet op te volgen en de U.S.S. Enterprise en zijn bemanning naar de betwiste ruimte en riskeren hernieuwde vijandelijkheden met de Klingons in een poging hun scheepsmaat te helpen.

Commandant Una staat voor de krijgsraad, mogelijk gevangenschap en oneervol ontslag uit Starfleet.

La'an reist terug in de tijd naar de eenentwintigste-eeuwse aarde om een aanval te voorkomen die de toekomstige geschiedenis van de mensheid zal veranderen.

Terugkerend naar een planeet die tragische herinneringen oproept, vergeten Captain Pike en zijn landingsgezelschap alles, inclusief hun eigen identiteit, terwijl hij een geest uit zijn verleden confronteert.

Een shuttle-ongeluk leidt ertoe dat Spock's Vulcan-DNA wordt verwijderd door buitenaardse wezens, waardoor hij volledig mens is en totaal onvoorbereid om de familie van T'Pring te ontmoeten tijdens een belangrijk ceremonieel diner.

Een ongeluk tijdens het onderzoeken van een tijdportaal stuurt vaandrig Brad Boimler door de tijd van de 24e eeuw, en kapitein Pike en zijn bemanning moeten hem terugbrengen naar waar hij thuishoort voordat hij de tijdlijn op de een of andere manier kan veranderen.

Kapitein Pike en zijn bemanning verwelkomen een Klingon-overloper aan boord van de U.S.S. Enterprise, maar zijn aanwezigheid leidt tot de onthulling van een aantal schokkende geheimen.

Een ongeluk met een experimenteel quantum waarschijnlijkheidsveld zorgt ervoor dat iedereen op de U.S.S. Enterprise ongecontroleerd in gezang uit barst, maar het echte gevaar is dat het veld zich uitbreidt en andere schepen begint te beïnvloeden, zowel bondgenoten als vijanden.

Waneer de U.S.S. Enterprise een aanval onderzoekt op een kolonie aan de rand van de Federatieruimte. Worden Kapitein Pike en zijn bemanning geconfronteerd met de terugkeer van een geduchte vijand.