Un appel de détresse de la lieutenante Noonien-Singh pousse Spock à désobéir aux ordres et à conduire le U.S.S Enterprise et son équipage dans une zone disputée.

La commandante Una comparaît devant la cour martiale, avec risque d'incarcération et d'exclusion de Starfleet pour indignité.

La'an voyage dans le temps jusqu'à la Terre du XXIe siècle pour empêcher une attaque qui modifiera l'histoire future de l'humanité et la mettra face à face avec son propre héritage controversé.

De retour sur une planète faisant remonter de tragiques souvenirs, le capitaine Pike et son équipage perdent la mémoire, y compris leur propre identité alors qu'il affronte un fantôme de son passé.

Suite à un accident de navette, l'ADN vulcain de Spock se retrouve supprimé par des extraterrestres, le rendant entièrement humain et très peu préparé à faire face à la famille de T'Pring.

Un accident lors d'une enquête sur un portail temporel envoie les enseignes Beckett Mariner et Bradward Boimler à travers le temps à partir du 24ème siècle, et le capitaine Pike et son équipage doivent les ramener à leur époque avant qu'ils ne puissent modifier la chronologie.

Le capitaine Pike et son équipage accueillent un transfuge Klingon à bord du U.S.S. Enterprise, mais sa présence déclenche la révélation de quelques secrets choquants.

Un accident avec un champ de probabilité quantique expérimental fait que tout le monde sur l'U.S.S. L'Enterprise se met à chanter de manière incontrôlable, mais le vrai danger est que le champ s'étende et commence à avoir un impact sur d'autres navires, alliés comme ennemis.

Lorsque l'U.S.S. L'Enterprise enquête sur une attaque contre une colonie aux confins de l'espace de la Fédération, le capitaine Pike et son équipage font face au retour d'un ennemi redoutable.