Wanneer een van Pike's officieren vermist wordt tijdens een geheime missie voor Starfleet, moet Pike uit de zelfopgelegde ballingschap komen. Hij moet navigeren hoe hij zijn officier moet redden, terwijl hij worstelt met wat hij moet doen met de visie van de toekomst die hij heeft gekregen.

Tijdens een onderzoeksmissie heeft de U.S.S. Enterprise ontdekt dat een komeet een bewoonde planeet gaat raken. Ze proberen de komeet om te leiden, maar ontdekken dat een oud buitenaards relikwie begraven op het ijzige oppervlak van de komeet hen op de een of andere manier tegenhoudt. Terwijl het uit-team de geheimen van het relikwie probeert te ontrafelen, hebben Pike en Number One te maken met een groep fanatici die willen voorkomen dat de U.S.S. Enterprise tegen inmenging.

De U.S.S. Enterprise ontmoet een besmetting die het schip verwoest. Een voor een is de hele bemanning arbeidsongeschikt, behalve nummer één, Una Chin-Riley, die nu de confrontatie moet aangaan met een geheim dat ze verborgen hield terwijl ze racet om een geneesmiddel te vinden.

Tijdens een routinebevoorradingsmissie naar een kolonieplaneet werd de U.S.S. Enterprise wordt aangevallen door een onbekende kwaadaardige kracht. Pike zet al zijn hart en ervaring in om de crisis het hoofd te bieden, maar de veiligheidsbeambte waarschuwt hem dat de vijand niet met conventionele Starfleet-middelen kan worden bestreden.

Het is een komedie van manieren wanneer Spock een persoonlijk bezoek krijgt midden in de cruciale onderhandelingen van Spock en Captain Pike met een ongewone buitenaardse soort.

Een bedreiging voor een idyllische planeet herenigt Captain Pike met de verloren liefde van zijn leven. Om haar en een wetenschappelijk heilig kind te beschermen tegen een samenzwering, biedt Pike zijn hulp aan en wordt hij gedwongen om onopgeloste gevoelens uit zijn verleden onder ogen te zien.

De U.S.S. Enterprise komt vast te zitten in een nevel die de thuisbasis is van een buitenaards bewustzijn dat de bemanning opsluit in een sprookje.

De U.S.S. De bemanning van de Enterprise komt oog in oog te staan met hun demonen, en ook angstaanjagende monsters, wanneer hun landingsgroep is gestrand op een kale planeet met een uitgehongerde vijand.

Net als Captain Pike denkt dat hij erachter is gekomen hoe hij aan zijn lot kan ontsnappen, krijgt hij bezoek van zijn toekomstige zelf, die hem de gevolgen van zijn acties laat zien.