Towa, die mit ihrer Schwester Setsuna in einem Wald in der Sengoku-Zeit aufwuchs, wird durch die Zeit geschleudert und muss nun in der Neuzeit leben, was selbstverständlich einige Schwierigkeiten mit sich bringt. Die Yōkai-Jäger Hisui und Kohaku treffen auf der Suche nach dem Yōkai, welcher ein Dorf am Fuße des Berges angegriffen hat, auf Moroha, die hinter eben jenem Yōkai her ist.

Moroha findet einen Weg zurück in die Sengoku-Zeit und Towa beschließt, die beiden zu begleiten. Leider beinhaltet dieser Weg eine Abmachung mit dem Wurzelkopf-Yōkai, die Moroha allerdings nicht einzuhalten beabsichtigt. Während sie den Durchgang zur Sengoku-Zeit passieren, geschieht jedoch etwas Seltsames und die drei finden sich vor der Gestalt einer Priesterin wieder.

Der Mönch Miroku wird von einer mysteriösen Fremden aufgesucht. Setsuna bringt derweil ihre Naginata zum besten Klingenschleifer der Region. Als Towa, Setsuna und Moroha später durch die Stadt schlendern, bietet dieselbe mysteriöse Fremde, die den Mönch Miroku aufsuchte, Towa einen Apfel an. Zu spät bemerken die drei, wer diese Dame in Wahrheit ist.

Mithilfe des Azusa no Yumihari nehmen die drei Halbdämonen-Prinzessinen Zeros Verfolgung auf. Als sie diese erreichen, stellt sich ihnen jedoch auch Riku in den Weg. Ein Kampf ist unvermeidlich und nach Towas silbernen Regenbogenperle geraten infolge dieses Kampfes auch Setsunas und Morohas Regenbogenperlen in Zeros Besitz. Als Setsunas Perle ihren Körper verlässt, geschieht jedoch etwas, womit Zero nicht gerechnet hat.

Towa gelang es zwar, Sesshōmaru zu retten, doch dabei hat sie all ihr Kon, ihre geistige Energie, aufgebraucht. Andererorts verbringt Moroha etwas Zeit mit ihren Eltern, die sie endlich wiedergefunden hat. Und die Yōkaijäger sowie Miroku, Sango und ihre beiden Töchter bereiten sich auf einen Kampf gegen Kirinmaru vor.

Towa, Setsuna und Moroha sind zurück in der Neuzeit, doch sie haben keine Zeit, ihr Wiedersehen mit ihren Verwandten und Freunden zu feiern, denn sie sind auf einer wichtigen Mission. Ihre erste Station auf dieser: Kirin-sensei, Towas Klassenlehrer und einst Kirinmarus rechter Arm. Dieser berichtet ihnen jedoch von weiteren Bedrohungen, denen ungünstigerweise auch Towas Adoptivmutter bald ausgesetzt sein wird.

Towa, Setsuna, Moroha und Kirin-sensei versuchen alles, um zu verhindern, dass Yōreisei auf die Erde stürzt. Anderenorts suchen Rion und Riku nach einem Weg, Kirinmaru aufzuhalten. Und auch die Dämonenjäger um Kohaku sehen sich in der Sengoku-Zeit einem erbitterten Kampf gegen anstürmende Yōkai ausgesetzt.

Kirin-sensei bringt Yōreisei in die Sengoku-Zeit mit der Absicht, mit seiner Hilfe sämtliche Yōkai auszulöschen. Was selbstverständlich auch Towas, Setsunas und Morohas Väter beinhaltet: Inuyasha und Sesshōmaru. Doch das Tor, durch das die drei durch die Zeit gereist sind, lässt sich nicht mehr öffnen. Während die drei in der Neuzeit festsitzen, beginnt so nun das Zeitalter des Untergangs in der Sengoku-Zeit.

Der Yōrei-Schmetterling droht sämtliche Yōkai in der Sengoku-Zeit auszulöschen. Kirin-sensei behauptet, dies sei Rions Wunsch, die mit dem Yōrei-Schmetterling verschmolz. Riku hingegen ist überzeugt, dass Rion sich wünscht gerettet zu werden. Also begeben sich Towa, Setsuna und Moroha in den Yōrei-Schmetterling, um Rion zu retten, während die anderen versuchen, ihn von außen aufzuhalten.

Während Towa Kirin Osamu konfrontiert, versuchen Setsuna und Moroha Rion zu befreien, indem sie die sichtbaren Schicksalsfäden zertrennen. Jedoch ohne großen Erfolg, sodass Towa, als sie zu ihnen stößt, einmal mehr nichts anderes übrig bleibt, als Zanseiken einzusetzen. Anderenorts tragen Kirinmaru und Sesshōmaru ihr finales Duell aus.