Suite à la mort de Nick et à la disparition de Connor et Abby dans le Crétacé, le Centre de Recherche des Anomalies est dirigé par une nouvelle équipe avec à sa tête Matt, qui cache un secret au sujet des anomalies.

Connor et Abby reprennent finalement leur place au sein de l'équipe du CRA. Connor est surpris de retrouver Duncan, un de ses anciens amis, à la poursuite d'une créature : un Kaprosuchus. Ensemble, ils entament une longue course-poursuite sur les docks...

Un professeur est tué par un Therocéphalien dans une école. Les élèves, inconscients du drame mais laissés sans surveillance, paniquent. Matt, Becker et Connor partent à la poursuite de la créature et doivent en même temps gérer les étudiants déchaînés. Suite à la découverte d'un nid de Therocéphaliens dans la cantine scolaire, l'équipe va devoir solliciter leur aide...

Connor découvre une anomalie dont le signal est constamment interrompu. Lorsqu'il se rend sur les lieux avec Abby, ils trouvent un ver géant qui sévit près d'un lac d'où le signal était émis. En traquant la créature, ils rencontrent un groupe de fermiers trafiquant du carburant. Pendant ce temps, au CRA, Matt tente de retrouver Emily qui a mystérieusement disparu...

Suite à une alerte, l'équipe est envoyée dans un château où a lieu un mariage. Connor et Abby connaissent la mariée car elle a travaillé au CRA, mais le futur époux ignore ce passé. Beck et Jess sont à la recherche d'Ethan pour l'empêcher de commettre un nouveau meurtre...

L'équipe du CRA est appelée à la prison d'Alcatraz pour une disparition d'individus. Elle y fait face à un problème jamais rencontré auparavant : la multiplication d'anomalies. Dans le même temps, Ethan a retrouvé la trace d'Emily et cherche toujours à se venger...