Alors que Sarah et Connor pensent avoir trouvé la signification de l'artefact, Danny et le capitaine Becker remarquent que des caméras de surveillance sont dispersées dans le CRA. Des soldats investissent le CRA pour récupérer le mystérieux objet. L'équipe décide de se mettre à l'abri dans une vieille maison abandonnée, mais elle est victime d'une attaque de Phorusrhacos...

カッターが遺した謎の"筒"を手に入れるためクリスティーンがARCを占拠してしまう。間一髪、脱出したダニーたちは、レスターが用意した森の隠れ家に避難するが...。

Dannyék rájönnek, hogy Johnsonék figyelik őket. Így megtudják azt is, hogy náluk van a lelet. Johnson átveszi az irányítást az AKK-ban, ám Lester biztonságos helyre menekíti a leletet. Időközben anomália nyílik meg, és a rejtekhelyen lévő csapatot őslények támadják meg. Nagy erőfeszítések árán visszaküldik a lényeket az anomálián. Időközben újra Lester lesz a főnök, ám a csapat még mindig nem tudja, hogyan lehet kinyitni a leletet.

Po náhlém a nečekaném odchodu Jenny Lewisové se tým pod vedením nově jmenovaného šéfa Dannyho Quinna nestačí ani vzpamatovat a musí čelit další kritické situaci. Ctižádostivá Christine Johnsonová dosáhne intrikou odvolání Jamese Lestera z funkce a se svými lidmi obsadí Archu. Artefakt, po kterém pase, se jí ale získat nepodaří. Tým ve složení Danny, Connor, Abby a Sarah jej na poslední chvíli odveze a najde útočiště v opuštěném vojenském objektu v hlubokých lesích. Zde musí odolávat útokům prehistorických ptáků, kteří do současnosti pronikli anomálií vedoucí do období pliocénu. Pochybnosti ovšem budí chování kapitána Beckera a do děje neblaze zasáhne i Abbyin mladší bratr Jack se svou slabostí pro hazardní hry.

When Johnson takes Lester's control over the ARC, the team are forced to flee into hiding from Johnson's forces at an abandoned rural military outpost, where they come under attack by a pack of bloodthirsty Terror Birds.

El equipo se verá asediado por enormes pájaros de la era del Plioceno y deberá luchar contra ellas utilizando su inteligencia, sin ninguna tecnología con la que poder defenderse.