神話に登場する幻獣たちが、時空の扉の発生によるものだと推測したカッターは、その発生を予測しようとする。最初の予測に成功した場所には、カムフラージュ機能を持つ謎の生物が棲んでいた。

ロンドン市内の病院で時空の扉が開き、ペルム紀の恐竜ディイクトドンが入り込んでくる。この機に乗じてヘレンが、未来の技術で創りあげたクローン兵士たちを使ってARCを占拠してしまう。

特ダネのため、ジェニーから時空の扉探知機を盗んだ記者ハーパー。飛行場の格納庫で時空の扉が発生したことを知ったハーパーたちは現場に先回りするが、そんな彼らの前に巨大恐竜ギガノトサウルスが現れ...。

謎のカビに侵された大富豪が失踪。街が汚染されてしまう前に身柄を確保しようとするジェニーたち。一方、ARCにスパイとしてやってきたクリスティーンの部下が、カビに寄生され恐ろしいカビ人間となってしまう。

カッターが遺した謎の"筒"を手に入れるためクリスティーンがARCを占拠してしまう。間一髪、脱出したダニーたちは、レスターが用意した森の隠れ家に避難するが...。

車のスクラップ場に現れた時空の扉から恐竜ドラコレックスがやってくる。ダニーたちは、おびえるドラコレックスを誘導し元の世界に戻そうとするが、新たに時空の扉から鎧を纏った中世の騎士がやってくる。

アビーの持つ時空の扉探知機を盗んだ弟のジャックが、謎の巨大昆虫から逃れるため、未来の世界へとやってくる。アビーたちはジャック救出のため、捕食動物と巨大昆虫たちが支配する世界へ足を踏み入れる...。

キャンプ場にやってきた先史時代のエンボロテリウムを救おうとするアビー。しかし、彼女の努力も虚しく時空の扉は閉じてしまう。矢先、ダニーが救い出した謎の女が時空の扉を発生させ...。

人類の抹殺を企むヘレンを追ってダニー、コナー、アビーは白亜紀へとたどり着く。しかし、ラプトルに襲われ怪我をしたコナーはアビーと白亜紀に残り、ダニーは単身、400万年前の人類誕生の地へと向かう...。