"時空の扉"を通りペルム紀から帰還したニックは、現在の世界で恋人のクローディアの存在が消えてしまっていることに愕然とする。ニックたちの闘いが進化の過程をゆがめ、今の世界が影響を受けていたのだ。

新たに広報担当者としてチームに加わったジェニー。クローディアと瓜二つの彼女に、ニックは戸惑いを隠せないでいた。矢先、あるオフィスビルで火災警報がなり、ビル内に悪臭を放つ霧が発生する。

コナーが開発した"時空の扉逆探知機"。しかし探知機の反応がないにもかかわらず、あるテーマ・パークで来場者が謎の生物の襲われたとの知らせが届く。

広場でバスケをしていた少年が行方不明となる。マンホールから現れた生物によって少年が襲われたと考えたニックたちは、排水路の出口となる運河の捜索を開始する。

ロンドンに住む少女テイラーが、愛犬スプラットと共に"時空の扉"を通り、シルル紀の荒涼とした砂漠地帯へ迷い込んでしまう。"時空の扉"に駆けつけたニックは、スティーブンと共に彼女の救出に向かう。

ニックたちの行動を妨害していたのは、リークだった。太古の生物を使い、巨大な権力を握ろうとするリークは、シルル紀の巨大サソリを観光客で賑わう海水浴場へ解き放つ...。