昭和五十八年の六月。雛見沢に引っ越してきた圭一は、村に住むレナたちとの新しい生活を楽しんでいた。そんな六月のある日、圭一はダム工事現場の跡地で、偶然出会った写真家の富竹から不穏な話を聞かされる。

かつて雛見沢村で起こったダム工事にまつわるバラバラ殺人事件のことを知った圭一は、その日以来、まるで自分を見張るようなレナの視線に気づき、得体の知れない恐怖に苛まれるようになる。

日に日に疑心暗鬼を募らせる圭一は、朝迎えに来たレナと顔を合わせることができず、学校を休む。それでも仲間であるレナを信じたくて葛藤する圭一に、思わぬ人物が声をかける。

昭和五十八年六月のある日、圭一は魅音とレナからの電話で興宮へ呼び出される。部活の一環としてゲーム大会を楽しんだ圭一は、参加の謝礼として、意外なプレゼントを手にする。

不良に絡まれた圭一を救ったのは、詩音と雛見沢の住人たちだった。詩音は戸惑う圭一に、ダムの工事計画と闘い勝利した、雛見沢村に代々受け継がれる団結の歴史を話す。

詩音に誘われて綿流しの奉納演舞を抜け出した圭一は、偶然出会った鷹野の提案で、不可侵の祭具殿に忍び込む。そこで、圭一は雛見沢の恐ろしい伝承を聞かされる。

祭具殿に入ってしまったことを後悔する圭一は、鷹野や富竹のように自分も鬼隠しに遭うのではないかと怯える。

そんな中、村長に続いて新たな行方不明者が出てしまう。

圭一は些細な言い争いから、沙都子と料理勝負をすることに。自宅で料理を失敗したところを沙都子と梨花に助けられた圭一は、沙都子の普段見せない家庭的な一面を垣間見ることになる。

沙都子の辛い過去を知った圭一は、今まで以上に沙都子のことを気にかけるようになる。そんなある日、沙都子が急に学校を休んでしまう。梨花から事情を聞こうとする圭一たちだが…。

突然取り乱し泣き叫ぶ沙都子に、どうすることもできない圭一たち。大切な仲間を救うため、自分たちにできることを模索し、互いの主張を衝突させていく。

圭一の呼びかけで、児童相談所の前には大勢の人が押しかけている。学校だけではない、入江や富竹たちの協力も得て、圭一は沙都子を救うための訴えを続ける。

沙都子を救うため、ダム計画から続く北条家との因縁を精算し、雛見沢村が鬼ヶ淵死守同盟として団結する。しかし、そんな圭一たちの前に大石が現れ──。

圭一たちの活躍で沙都子は叔父である鉄平の元から助け出された。運命のサイコロに導かれる未来は、梨花が切望した結末へと向かっているかに思われたのだが……。

あと５回だけ、惨劇の運命に立ち向かうことを決めた梨花。次の世界で、部活のメンバーとともに興宮のおもちゃ屋を訪れた梨花は、懐かしい人物との再会を果たす。

願うことは、ほんの些細な幸せ。一度は手にしたはずの、日常の風景。一縷の希望を託し、梨花は最後の世界で目を開ける──。

死の連鎖の果てに梨花が辿り着いた世界は、惨劇のない、オヤシロさまの祟りから解放されたような、梨花のまったく知らない雛見沢だった。

昭和五十八年、六月。ひぐらしのなく声は、いつしか聞こえてくる祭囃しの音にかき消され、終わらない慟哭は勝利の歓喜へと変わっていく。そして刻は、昭和五十九年の六月へ──。

雛見沢村での幸せな日常を楽しんでいた沙都子は、梨花から長年胸の内に秘めていたという夢を聞かされる。

突然の告白に戸惑う沙都子だったが……。

念願だった聖ルチーア学園での新しい生活を手に入れた梨花は、学園の人気者になっていく。

一方、校風にも勉強にもついていくことができなくなっていた沙都子は、補習の毎日を送っていた。

何かに誘われるように祭具殿へと足を踏み入れた沙都子は、突如神々しい輝きに包まれる。目を開けた沙都子は、自分がこの世ならざる場所に立っていることに気づく。

昭和五十九年、六月。大好きな梨花といつまでも一緒にいたいという、たったひとつの願いを叶えるため、沙都子の孤独な戦いが始まる。

途方もない時間をかけて、雛見沢村を取り巻くすべての因子を理解した沙都子。 しかし、沙都子の知らないところで、カケラには小さな歪みが生まれ始めていた…。

エウアからもたらされた力によって、雛見沢はかつての姿を失いつつあった。やがてその影響は、ある人物にまで及ぶことになり…。これは、ヒトならざるモノとなった少女の、“業”を巡る物語──。