讲述少年少女驾驶「有人驾驶的无人机」于「不存在的第86区」奋战，少年「辛」，与透过特殊通信指挥作战的指挥管制官少女「蕾娜」壮烈而悲伤的战斗与离别的故事。

共和國遭到攻擊時，一群被國家列為次等人的飛行員在富有同理心的指揮官帶領下投入戰爭。

When the Republic is attacked, a group of pilots considered subhuman by their own country go to war under the command of a sympathetic officer.

ギアーデ帝国が開発した完全自律無人戦闘機械〈レギオン〉の侵攻に対応すべく、その隣国であるサンマグノリア共和国が開発した無人戦闘機械〈ジャガーノート〉。だが、無人機とは名ばかりであり、そこには“人”として認められていない者たち――エイティシックス――が搭乗し、道具のように扱われていたのである。エイティシックスで編成された部隊〈スピアヘッド〉の隊長である少年・シンは、ただ死を待つような絶望的な戦場の中で、ある目的のために戦いを続けていた。そこに新たな指揮管制官〈ハンドラー〉として、共和国軍人のエリート・レーナが着任する。彼女はエイティシックスたちの犠牲の元に成り立つ共和国の体制を嫌悪しており、“人型の豚”として蔑まれていた彼らに人間として接しようとしていた。死と隣り合わせに最前線に立ち続けるエイティシックスの少年と、将来を嘱望されるエリートの才女。決して交わることがなかったはずのふたりが、激しい戦いの中で未来を見る――。

Una máquina de combate no tripulada desarrollada por la República de San Magnolia, un país vecino, para responder a la invasión de la máquina de combate no tripulada completamente autónoma desarrollada por el Imperio Giade. Sin embargo, el avión no tripulado era solo de nombre, y había personas que no eran reconocidas como 'personas' - Eighty Six - y eran tratadas como herramientas. El chico Shin, el capitán de la unidad organizada por Eighty Six, continuaba luchando por cierto propósito en un campo de batalla desesperado donde solo esperaba la muerte. Un soldado de la República, Elite Rena, es designado como nuevo comandante (manejador). No le gusta el sistema de la república, que se basa en los sacrificios de los Eightysix, y trata de tratarlos como seres humanos, que fueron despreciados como 'cerdos humanoides'. Un chico de ochenta y seis años que sigue en primera línea al lado de la muerte, y una mujer de élite con talento y un futuro prometedor.