この世界には無数の本があるが、それらをこの世界から消し去ろうとする“侵蝕者”がいる。侵蝕者の標的となってしまった本には、その本を書いた作家の魂が囚われてしまうのだ――。太宰治は、走っていた。自分の身代わりとして、磔となっている親友との約束を果たすために。しかし、友の元に戻れば自分が王に殺される……。太宰の心は揺れるが、走り続けて王宮へ戻るようにとけしかけてくる不思議な男が現れる。幾多の困難を乗り越え、太宰は日没前に友が待つ王宮へとたどり着く。だが、王に促され親友の顔を改めて確認すると、それはかつて自分を裏切った人物だった……。

「大切な女房が首をほしがっているから……」と、太宰の目の前で美女の首を斬り落とした坂口。その姿は、作中に登場する“山賊の男”そのものだった。坂口は太刀を振りかぶり、太宰をも斬ろうとするが、既のところで芥川が助けに入る。その後しばらく、山賊と化した坂口とその女房の様子を偵察していた芥川と太宰。物語を正しく完遂させて侵蝕者を消滅するために、ふたりは物語を強制的に動かすことを決意し、ある行動に出るのだった。そのころ図書館では、再び潜書しようとしていた織田が「坂口があの本の囚われているのは、たぶん自分と太宰のせいや」と、中原中也に語る。

ヨージはある日、バスの中で遭遇した美しい少年・ハルカに心惹かれる。ハルカが読んでいた『斜陽』に興味を持ったヨージが、書店で探していると、どこからともなく本の作者や在り処をガイドする声が聞こえてくる。ヨージは文豪の姿と声を見聞きできる少年だったのだ。ハルカと親交を深めるために本を読み始めたヨージだが、徐々に文学に魅了されていく。しかしある日、大好きだった本たちが突如消え失せてしまう。消失したものが何だったのかも思い出せず、ただ喪失感で苦しむヨージは、ハルカに連絡を取ろうとするが……。

萩原朔太郎の『月に吠える』へと潜書した芥川ら、文豪たち。ピストルの音を聞き、駆けつけてみると、血だまりの中に中原が沈んでいた。太宰が声をかけてみると普通に受け答えをする中原だが、「どうやら死んでいるみたいだ」と言う。事態を解決するため、中原を殺した犯人を推理する太宰。その犯人が判明した瞬間、今度は太宰が中原同様の“意識のある死体”となって血だまりに沈んでいた！　犯人……つまり侵蝕者は、この物語の世界そのものに干渉していると、芥川は推測するが……。

武者小路実篤と志賀直哉が新たに転生し、図書館へやってきた。生前から志賀のことが気に入らない太宰はイライラを募らせ、芥川本人に向かって『羅生門』を批評する志賀を見て、怒りを爆発させる。そんななか武者小路が、図書館という閉鎖空間での生活がストレスを溜めると考え、全員で農業を始めようと提案。太宰たちが嫌がるも、王子様然としたところのある武者小路は無理くり押し切り、文豪たちは農業を始めることになってしまう。志賀に対抗心を燃やす太宰は、「どちらがおいしい農作物を作るか、芥川先生に判断してもらおう」と、勝負を持ちかける。

芥川の『地獄変』が突如侵蝕され始め、芥川本人も本に飲み込まれてしまった。助けたい太宰たちだが、誰ひとりとして本に呼ばれず、潜書ができない。いてもたってもいられない太宰は、無理やり本に触れて潜書を試みるが、即座に体が侵蝕されてしまい、もがき苦しむ。志賀が加勢し、再び本を掴んで侵蝕の苦しみに耐えるふたりだが……!?

志賀の一件以来、どことなく元気のない芥川。太宰は、芥川を元気づけるための会を発足しようと文豪たちに持ちかける。そのころ芥川は、自分を尊敬してくれる太宰に興味を持ち、同じ無頼派である坂口と織田に「太宰治」という男がどんな人間なのか尋ねてみることに。すると、太宰の本質を知るために、『人間失格』を読むことを勧められる。一方、自らの初期の作風を完全否定する芥川の思考に違和感を覚えていた島崎藤村は、芥川に対してある仮説を立てるのだった。

『人間失格』の侵蝕が始まり、本に選ばれた坂口と織田が潜書することになった。さっそく本の中へと入ってみると、屋敷の中には複数の血まみれの死体が転がっている。『人間失格』にはそんな描写はないはずだが……と、ふたりが戸惑っていると、そこへ返り血を浴びた太宰が現れる。そのころ図書館の独房では、意識を取り戻した芥川が、太宰を救うために立ち上がる。

「僕は芥川龍之介で間違いないのだろうか」――芥川は、転生直後、これまでの記憶が定かでは無かった。潜書者としての使命を通じて生前の自分を知る文豪たちと再会し、記憶を手繰り寄せることで“欠落した自分”を埋めようとしていた芥川。彼はこれまでどんな思いで戦い、文豪たちを侵蝕から救ってきたのだろうか。そして芥川は、自分自身を救うことができるのか……。

「これはきっと、すべて僕のせいなのだ」――。菊池寛、堀辰雄、久米正雄、そして芥川、4名の文豪はアルケミストに呼び出され、転生するはずだった。しかし、異形の侵蝕者によって“狭間の空間”へと送られてしまう。その空虚とされる空間で、いったい何が起こったのか？　今、芥川の本心、そして彼が抱えていた苦悩が明かされる……！

これは芥川が転生する前の話――。人々の期待に応えるため、常に自分を責め、その命と精神を削って物語を紡ぎ出していた芥川には、自分のことを肯定してくれる友人が必要だった。「最近、歯車が見えるんだ」――どんなに苦しくても書くことから逃れられない芥川は、”彼”にそうつぶやく。さらに芥川は、”彼”に哀しい頼み事をするのだった……。芥川の死によって、小説に憎悪を抱くようになった”彼”は、侵蝕者につけ入る隙を与えてしまう。 芥川の著作は侵蝕が進み、最後に残るは遺作の『歯車』のみ。彼が本で綴った想いを守るため、太宰をはじめとした文豪たちは『歯車』への潜書を試みる。

芥川の本を守りたい……そんな強固な想いが、太宰を奮い立たせる。傷だらけになりながらも、立ち向かおうとする太宰。しかし、作家たちの魂が砕かれてしまった今、為す術は残されていない。そんな絶望的状況のなか、アルケミストの石が淡く光を帯びる。この光は、文豪たちの希望となるのか!?