19世紀末，英國。只將少年當成目標的連續殺人事件令倫敦的市民們深感威脅。威廉‧詹姆斯‧莫里亞蒂從被害者的共通點中，察覺到犯人是某個貴族。為了制裁利用特權階級的立場，向弱小的少年們發洩欲望的殺人犯，身為「犯罪顧問」的威廉所規劃的計畫究竟是……

從出生就決定一輩子身分的階級制度產生了人與人之間的歧視。厭惡這種階級制度的莫利亞蒂伯爵家長男阿爾伯特，在因為慈善活動前往的貧民學校裡，遇到了有著神奇魅力的孤兒少年。他因為擁有超越大人的豐富知識，而且能幫忙解決各種問題，使得人們很自然就集中到他的身邊。接著，阿爾伯特也向他說出了一個提議。

孤兒兄弟在阿爾伯特的推薦下，成為莫利亞蒂家的養子。 然而即使是養子，依然是下流（底層）階級出身， 根本不可能轉身成為真正的「貴族小孩」。 別說家族成員，就連傭人都瞧不起並虐待孤兒兄弟， 看著這副景象，阿爾伯特他…… 莫利亞蒂家的三兄弟──阿爾伯特、威廉及路易斯。 比起血緣，兒時的契約與誓言將他們緊緊相連在一起。 壯烈的過去如今明朗化……！

威廉等人移住到他前去赴任的大學附近，還收到領主貝爾法子爵共進晚餐的邀請。 在吃完奢侈至極的餐點後，子爵帶眾人前去參觀他自傲的溫室，裡面集滿了各種稀少的植物。 負責照顧植物的園丁是名為巴頓的男子。 威廉在這時想起自己曾聽說巴頓的妻子米雪兒非常憎恨子爵。 然而即使被子爵用蠻橫的態度指使，巴頓仍然默默地遵從命令……

以數學教授在達拉姆大學執教鞭的威廉，得知自己的學生路西安出門後已經三天沒有回宿舍。而且與路西安互許終身的酒場女服務生，才剛剛從橋上跳河身亡。雖然幫忙經營大學的地方名士達特利表示不需要擔心……然而覺得事有蹊蹺的威廉叫來了兩名夥伴，開始調查路西安的動向。

威廉為了革命打出了新的計畫。那正是「犯罪劇場化」， 他們要上演最能凸顯世間扭曲的死亡，來讓作為觀眾的倫敦市民們觀賞。 被威廉選為犯罪劇第一號舞台的，是豪華遊輪「諾蒂奇號」。 主角是有著會狩獵人類這種負面傳聞的年輕伯爵——布里茲．埃佐德斯。在 計畫進行途中，搭上諾蒂奇號的威廉遇見了一名神祕男子。

19世紀末。隨著產業革命的發展，英國的實力不斷壯大以致繁華至極。但是在技術的進步及發展的反面，自古扎根的階級制度，讓不到人口3％的貴族們支配了這個國家。理所當然地享受著特權的貴族。不知道能不能活到明天的底層階級。人們的生活都被束縛在一出生就定下的階級中。為了打破這種腐敗的階級制度，建立理想中的國家，威廉．詹姆斯．莫里亞蒂展開了行動。就連夏洛克．福爾摩斯也能玩弄於鼓掌之間的「犯罪卿」莫里亞蒂。

貝克街221B。從阿富汗戰爭歸國的前軍醫約翰，通過了房東哈德森的鑑定，成為諮詢偵探夏洛克的同居人。然而兩人才剛剛認識，夏洛克就不知為何因為涉嫌殺害德雷帕伯爵遭到逮捕！除了在現場用血留下了夏洛克的名字外，警察還找到了大量的證據，然而……

尋找殺害德雷帕伯爵真兇的夏洛克與約翰，用在犯罪現場找到的結婚戒指為誘餌，設下了引誘犯人的圈套。雖然威廉他們在一陣追逐後奪走了戒指，但夏洛克仍靠推理找出了真兇。然而承認自己犯案的真兇，卻向夏洛克提出一件奇妙的交易。

諾蒂奇號事件、德雷帕殺害事件，兩名犯人的背後都有幕後黑手存在。苦於明知如此，卻毫無線索能找出對方真實身分的福爾摩斯，雖然跑去調查了可疑的貴族死亡事件，結果卻是徒勞無功……而且那種遷怒的態度甚至讓他和約翰大吵一架。巧合的是在回家的火車上，福爾摩斯再次見到了威廉。

在行走中的列車上發生了殺人事件。夏洛克與威廉一同宣言，要在抵達下一站的48分鐘內找出犯人。夏洛克從犯罪現場的情況證據逐漸鎖定犯人，另一方面威廉則是以犯罪心理學做出犯罪側寫。兩人所導出的答案是……

阿爾伯特被陸軍情報部長官麥考夫找去，並且接到指令要奪回會動搖國本的機密文件，以及抹殺偷走文件的女人。另一方面，即將結婚的波西米亞國王遭到威脅，於是委託夏洛克追查犯案的神祕女性。女性的名字是艾琳．艾德勒，她同時也是阿爾伯特收到的機密指令的目標……

基於威廉的計畫，阿爾伯特邀請艾琳參加蒙面舞會。會場中以傳遍大街小巷的話題「犯罪卿」為主題，召開了餘興節目。女扮男裝現身的艾琳運用這場餘興節目庾阿爾伯特接觸。接著，她雖然以交出文件作為交換，希望能確保自身安全以及赦免偷竊文件的罪行，然而……

夏洛克看穿艾琳交涉的對象並非政府而是犯罪卿，卻依然目送她前往交涉地點。艾琳在廢棄教會展開與犯罪卿的交涉，然而就在她準備交出文件時，明明已經與她道別夏洛克卻突然現身。夏洛克為了保護艾琳與犯罪卿達成的交易究竟是……

得到新的名字後，龐德成為莫里亞蒂陣營的成員。威廉向龐德、莫蘭、路易斯和佛瑞德下達指示，要他們去取回放在銀行出租保險箱的物品。然而四人拜訪的銀行卻很巧地被搶匪佔領。看到莫蘭等人立刻察覺自身義務後，龐德所採取的行動是……？

自稱是「開膛手傑克」的犯人以妓女為目標犯下的連續殺人事件。案發現場的貧民窟以此為契機組成自警團，並與警察展開對立。威廉從「真正的」傑克那邊接下委託，在看穿了犯人真正的目的後，就策劃一場破壞真兇計畫的大型追逐戰。

「開膛手傑克」事件的犯人明明被威廉等人解決，如今卻遭到逮捕！然而雷斯垂德懷疑這是艾特頓偵查隊長栽贓的冤罪，而且他聽從同事巴特森的建議，委託福爾摩斯尋找能成為冤罪證據的祕密帳本。另一方面，巴特森與龐德接觸，協助他侵入警察局內部——

過去仍住在孤兒院時，威廉曾靠他超越大人的知識及膽量從危機中拯救過孤兒院。根據遺留下來的開庭記錄，威廉借了某個貴族六百英鎊，並且簽下模仿自某話劇的合約。面對打算毀約的貴族，威廉所採取的方法是……

下議院的年輕議員懷特利，努力想實現平等的社會，並擁有正義的「白騎士」這個稱號，深受民眾支持。然而對於他的活躍感到不快的人提出了委託，要米爾沃頓開始排除懷特利。另一方面，對於懷特利的志向抱持興趣的威廉等人也出手試探他……

懷特利從阿爾伯特那邊取得能作為上議院犯法證明的資料後，為了嘗試與上議院交易獨自前往交涉地點。然而等在那裡的卻是恐嚇王米爾沃頓。當懷特利與米爾沃頓進行交易時，米爾沃頓的魔手正伸向他心愛的弟弟……

約翰帶了未婚妻瑪麗來拜訪。雖然夏洛克對於突如其來的婚事感到錯愕，但仍注意到瑪麗正在煩惱。詢問之後，她拿出了六顆美麗的珍珠，並說起珍珠之謎及她父親失蹤的事情。雖然瑪麗表示因為想要知道真相所以委託夏洛克調查，但她似乎還有在隱瞞些什麼……

瑪麗在學生時代參與反政府組織的往事，被米爾沃頓拿來當成威脅的材料。夏洛克為了偷出用來當恐嚇材料的證據，決定趁米爾沃頓不在家潛入他的宅邸。然而就連他的這項行動也在米爾沃頓的計畫之內。夏洛克所抵達的地點。出現在那裡的是——

被報紙揭露身分的「犯罪卿」威廉‧詹姆斯‧莫里亞蒂，由於他突然發表的犯罪宣言，令貴族們的指責及民眾的憤怒全都對準了「莫里亞蒂」。由威廉所策劃的莫里亞蒂計畫收官之作，「最後一案」終於拉開了序幕——

打算以自身的死亡完成計畫的威廉。在他那股堅強的意志下，阿爾伯特等人為了完成自身的職責而開始行動。另一方面，受「犯罪卿」威廉所託負責劃下句點的「偵探」夏洛克，也看穿了威廉執行企劃的真正意圖。在俯視倫敦的塔橋上，威廉與夏洛克再度展開對決……