ユタ州のソルトレイクシティにやってきたジョエルとエリーは、目的地の病院へと向かう。野外病院の跡地にいた2人はファイアフライの兵に襲われ、連行された病院でマーリーンから驚愕の事実を告げられるのだった。

湖畔地帯の空き家に逃げ込んだエリーとジョエル。狩りに出たエリーは、デビッドとジェームズと名乗る男たちと出会うが、彼らの仲間がジョエルに殺されていて恨みを買っていることを知りその場から逃げ去ろうとする。

エリーは負傷したジョエルにトミーの所へ行けと言われ、ジョエルから離れ、立ち去ろうとするが、そんな時、FEDRAの訓練生時代に親友だったライリーと封鎖されたモールで過ごしたあの夜を思い出すのだった。

ワイオミング州に到着したジョエルとエリーは、山小屋でひっそりと暮らすマーロンに出会う。弟のトミーを捜しに西へ向かおうとするジョエルたちに、マーロンは「死の川は決して渡るな」と警告するのだった。

カンザスシティーではキャスリン率いるレジスタンスがFEDRAを制圧していた。キャスリンが血眼になって捜すヘンリーは、弟のサムと逃亡している中で、ジョエルとエリーに自分たちと手を組むことを持ちかける。

ジョエルとエリーは危険なカンザスシティーを徒歩で移動することになる。また反乱軍のリーダーであるキャスリンは、殺された兄の仇を討つためヘンリーという男を捜していたが、その捜索は戦いの火種となるのだった。

ひとりでこの状況を乗り切ろうと準備をしてるビルは、フランクという男が現れ、一緒に暮らすようになる。数年後、ジョエルとエリーは助言を求めビルを訪れるが、そこで自分たちへ向けられた手紙を読むのだった。

感染を疑いジョエルとテスはエリーに銃を向けるが、エリーは腕の傷を見せ、悪化してない理由を説明する。一行はエリーの運命をめぐって衝突しながら、長く放置され感染者が溢れかえるボストンの街を進んでいく。

2003年、建築関係の仕事をしていたジョエルは、娘のサラと平穏に暮らしていた。だがある日、町で謎の寄生菌が発生し、自我を失って凶暴化した人たちが周囲の人に襲いかかる事態となり町を脱出することに...。