Wyjątkowy aktor i reżyser, który wszedł do świata filmu niezapomnianymi rolami dziwaków: zagrał znudzonego fotoreportera w "Polach śmierci" i niewidomego lokatora Willa, w filmie Roberta Bentona "Miejsca w sercu". Udowodnił talent komiczny w niezbyt znaczącym filmie "Making Mr. Right". Zupełnie inne oblicze zaprezentował w "Niebezpiecznych związkach" - odtwarzał tam postać Vicomte de Valmont, najwyższego kapłana uwodzenia. W "Pod osłoną nieba" Bernardo Bertolucciego zagrał kompozytora podróżującego po powojennej Afryce w poszukiwaniu samorealizacji i ratunku dla swojego małżeństwa. W roku 1993 ponownie ukazał swój geniusz, wcielając się w postać zabójcy w filmie Wolfganga Petersena "Na linii ognia", co przyniosło mu drugą nominację do Oscara. Zamiłowanie Malkovicha do niekomercyjnych projektów uwidoczniło się przy realizacji "Przypadkowego turysty". Jego dalsze wybory były różne, począwszy od romantycznych komedii, takich jak "Queens Logic" i "The Object of Beauty", po filmy akcji, takie jak "Jennifer 8" (1992). W "Myszach i ludziach" mistrzowsko zagrał umysłowo upośledzonego. Niezapomnianą, wstrząsającą kreację stworzył w "Jądrze ciemności", za co nominowany był do Złotego Globu. W 1999 roku powstał przewrotny obraz "Być jak John Malkovich", w którym aktor zagrał samego siebie.