Джеффри Дин Морган родился 22 апреля 1966 года в Сиэтле (штат Вашингтон) в семье Сэнди Томас и Ричарда Дина Моргана. Ходил в начальную школу имени Франклина, среднюю Роуз Хилл (англ. Rose Hill Junior High). В 1984 году Морган закончил старшие классы школы Лейк Вашингтон (англ. Lake Washington High School). Джеффри хотел стать профессиональным баскетболистом, но травма заставила оставить спорт. Некоторое время он занимался рисованием и писательством, но после переезда в Лос-Анджелес Морган попал в киноиндустрию.

Первые роли Моргана были в сериалах («Uncaged Campaigns», «Уокер, техасский рейнджер», «Скорая помощь»). Снимался в популярных телесериалах «Анатомия страсти» и «Сверхъестественное» . С декабря 2006 год в средствах массовой информации обсуждаются роман и размолвки Джеффри Дина Моргана и актрисы Мэри-Луиз Паркер. В 2009 году начинает встречаться с актрисой Хилари Бертон.