Бенекс родился 8 октября 1946 года в Париже. Его первой полнометражной режиссерской работой стала картина «Дива», вышедшая на экраны в 1981 году. Считается, что именно «Дива» положила начало французскому движению Cinéma du look (или необарокко), в рамках которого, помимо Бенекса, творили Люк Бессон и Леос Каракс.

Самый большой успех Бенексу принесла драма «37,2º утром» (1986) — картина была номинирована на «Оскар» в категории «Лучший фильм на иностранном языке». Последней полнометражной игровой картиной режиссера стала черная комедия «Приключения трупа», премьера которой состоялась в январе 2001 года.13 января 2022 года в своем доме в Париже скончался после продолжительной болезни.