Urodzony w Los Angeles Flanigan przeprowadził się wraz z rodziną na małe ranczo w Reno w Nevadzie kiedy miał sześć lat. W wieku 14 lat zaczął naukę w Ojai, Kalifornia., gdzie zagrał Stanleya Kowalskiego w szkolnym przedstawieniu "Tramwaj zwany pożądaniem". Potem studiował historię na University of Colorado. Flanigan wystąpił w tytułowej roli w "Coriolanus" i studiował w Paryżu w ramach programu Junior Year Abroad. Po skończeniu nauki rozwinął swój talent pisarki i zaczął pisać dla nowojorskich magazynów "Interview" i "Town & Country". Potem, dzięki znajomościom, zaczął robić karierę aktorską. Po studiach na Neighborhood Playhouse, gdzie grał Eddiego w "Rabbit Trap", Flanigan zamieskał w Los Angeles. Innymi zainteresowaniami Flanigana są: narty, wspinaczka górska, surfing, tenis, chodzenie po górach i jazda konna. Aktor nie ma za wiele czasu na oglądanie sportu, co również jest jego wielką pasją. Joe przeprowadził się ze swoją rodziną z Malibu do Vancouver, gdzie aktor kręci "Stargate Atlantis".