1 Eylül 1981’de Ankara’da doğdu. Robert Kolej bünyesindeki lise hayatı boyunca irili ufaklı birçok öykü, animasyon ve çizgi romanı tasarlayan Çağlar, ilk filmini lise ikideyken Kırgızistan'da çektiği belgesel filmi "Not So Far Away" ile gerçekleştirdi. Lise eğitimi ardından kazandığı burs ile Amerika'da University of Virginia'da okuyan yönetmen, eğitimini Medya İlişkileri, İletişim ve son olarak Bilkent Üniversitesi Grafik Tasarım bölümünde tamamladı. 2004 yılında çektiği “4 saat” isimli film ile devam etti. Reklam ve film projelerinde yer aldıktan sonra 2006’da ÇağlarArts isimli yapım şirketini kurdu. George Lucas hayranı olan Alper Çağlar, şirketine isim verirken LucasArts’tan ilham aldı. İlk 2 kısa filmiyle yerel festivallerden ödülleri alan Çağlar, ilk büyük festival başarısını Akbank Kısa Film Festivalinde “Camgöz” adlı noir filmiyle ödül kazanarak gerçekleştirdi. 2008 yılında kısa dönem askerlik görevini yaptı. 2009 yılında ise ilk uzun metraj filmi “Büşra”yı çekti. 2012 yılında Çağlar Ertuğrul, Ufuk Bayraktar, Mesut Akusta, Cengiz Çoşkun’un başrollerinde yer aldığı “Dağ” ile hem iyice tanındı hem de gişe başarısı kazandı. 2014 yılında Emin Boztepe, Cüneyt Arkın, Emir Benderlioğlu, Kaan Urgancıoğlu’nun rol aldığı “Panzehir” adlı sinema filminin senaristliğini ve yönetmenliğini yaptı. 2016’da ise Dağ 2 adlı devam filmini çekti.