故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

原本小新和家人一起過著刺激又和平的日常，某天，一名自稱「屁祖隱千代女」的女性造訪了野原家，還帶來了一個爆炸性的消息，她說自己才是新之助真正的母親，小新其實並不是野原家的小孩？同時她身邊帶著一位名叫「珍藏」的5歲少年。當天晚上，千代女與珍藏留宿在野原家中，但是某個不知名的忍者軍團卻襲擊了野原家，這才爆出「千代女」的真實身份，是一名從忍者村逃脫的女忍者，忍者軍團追捕她的同時，認為小新就是千代女的兒子，兩人就這麼一起被抓走！ 同時在忍者村裡，屁祖隱家以代代相傳的「幽靈之術」守護著封印地球能量的「地球肚臍」，假如地球肚臍的能量外洩，地球就會枯萎並停止自轉，全世界都再也無法迎接明天的到來，忍者村此時正面臨著這個重大危機！但是，被忍者軍團抓走的小新，真的就是千代女的兒子「屁祖隱新之助」嗎？忍者村守護的地球肚臍到底遭遇到什麼危機？被捲進混亂事件的野原一家，真的能齊心協力、揭開真相，守護地球的明日嗎？

原本小新和家人一起過著刺激又和平的日常，某天，一名自稱「屁祖隱千代女」的女性造訪了野原家，還帶來了一個爆炸性的消息，她說自己才是新之助真正的母親，小新其實並不是野原家的小孩？同時她身邊帶著一位名叫「珍藏」的5歲少年。當天晚上，千代女與珍藏留宿在野原家中，但是某個不知名的忍者軍團卻襲擊了野原家，這才爆出「千代女」的真實身份，是一名從忍者村逃脫的女忍者，忍者軍團追捕她的同時，認為小新就是千代女的兒子，兩人就這麼一起被抓走！ 同時在忍者村裡，屁祖隱家以代代相傳的「幽靈之術」守護著封印地球能量的「地球肚臍」，假如地球肚臍的能量外洩，地球就會枯萎並停止自轉，全世界都再也無法迎接明天的到來，忍者村此時正面臨著這個重大危機！但是，被忍者軍團抓走的小新，真的就是千代女的兒子「屁祖隱新之助」嗎？忍者村守護的地球肚臍到底遭遇到什麼危機？被捲進混亂事件的野原一家，真的能齊心協力、揭開真相，守護地球的明日嗎？

One day, a woman named Chiyome Hesogakure with a child named Chinzō visits the Nohara family and claims that she is the real mother of Shinnosuke and takes him away to a Ninja Village. In the Ninja Village, the Hesogakure family has been protecting "the earth's navel" by blocking it with a pure gold stopper using the "Mononoke technique" that has been passed down from generation. If it comes off, the earth will wither, the rotation will stop, and the "tomorrow" of the world will be lost! It is up to Shinnosuke to reveal the mystery of his birth and protect the future of the earth and the "tomorrow" of his family.

ひろしとみさえのもとに「しんのすけ」が誕生して5年。嵐のような平和な日々を過ごしていたが、ある日、屁祖隠ちよめと名乗る女性が 野原家を訪れる。「私、しんのすけくんの本当の母親なんです」傍らには5才の少年、名は珍蔵。突然のことに戸惑いながらも、追い返す わけにもいかず、2人を泊めることに。しかし、その夜、突如謎の忍者軍団が襲い掛かる！ちよめはなんと、忍者の里を抜け出して追われ ているくノ一だった！そして、その息子として、しんのすけもさらわれてしまう。

忍者の里には地球のエネルギー（ニントル）を閉じ込める「地球のへそ」があり、それを屁祖隠家は代々伝わる「もののけの術」を使っ て純金の栓で塞ぎ、守ってきたという。もしも栓が抜けたらニントルが漏れ出し、地球は枯れ、時点が止まり、世界の「明日」は失われて しまう！

屁祖隠の名を継ぐ息子”屁祖隠しんのすけ”は、果たして地球の未来、家族の明日を守れるのか！？

어느 날 ‘짱구‘와 동갑내기인 5살 ‘진구’를 데리고, 짱구 가족을 찾아온 수상한 여성. 서로의 아이가 바뀌었다는 충격적인 소식을 전한다. 하루아침에 닌자 가문의 후계자 ‘진구’로 불리게 된 짱구는 ‘부리부리 엉덩이 분신술’로 닌자 유치원을 초토화시킨다. 한편, 떡잎마을에 남겨진 진구와 짱구 가족은 짱구를 찾으러 닌자 마을로 향하고, 세상의 중심인 ‘지구의 배꼽’이 흔들리기 시작하며, 지구가 붕괴될 위기에 처하는데… 과연 짱구는 세상을 지켜낼 수 있을까?!

Un día, una mujer llamada Chiyome Hesogakure con un niño llamado Chinzō visita a la familia Nohara y afirma que ella es la verdadera madre de Shinnosuke y se lo lleva a una Aldea Ninja. En Ninja Village, la familia Hesogakure ha estado protegiendo "el ombligo de la tierra" bloqueándolo con un tapón de oro puro utilizando la "técnica Mononoke" que se ha transmitido de generación en generación. Si se desprende, la tierra se marchitará, la rotación se detendrá y ¡el "mañana" del mundo se perderá! Depende de Shinnosuke revelar el misterio de su nacimiento y proteger el futuro de la tierra y el "mañana" de su familia.

วันนึงหญิงสาวนาม จิโยเมะ เฮโซกะคูเระ พร้อมเด็กชายนาม ชินโซ ได้เดินทางมาพบครอบครัวโนฮาร่าที่บ้าน เพื่อบอกกับฮิโรชิและมิซาเอะว่าตัวของเธอนั้นคือแม่ที่แท้จริงของชินจัง!?

Trong phần phim này, khán giả sẽ được quay lại những ký ức khi nhóc Shin vừa chào đời trong niềm hạnh phúc của cả gia đình. Thế nhưng một ngày kia, một người phụ nữ thuộc gia tộc Ninja Hesogakure đến tìm gia đình Shin và nói rằng cậu nhóc đã bị tráo đổi từ khi mới chào đời, cô ta mới chính là mẹ ruột của cậu. Shin theo Chiyome Hesogakure đến ngôi làng Ninja, tập luyện để trở thành một Ninja thực thụ. Tại đây, Shin-chan được biết về bí mật của “Rốn Trái Đất”, thứ mà các Ninja hết lòng bảo vệ. Nếu như nút chặn bị tuột ra, toàn nhân loại sẽ rơi vào thảm kịch. Nhóc Shin và gia đình sẽ phải làm gì để bảo vệ tương lai của thế giới và của chính họ? Bí mật đằng sau thân thế thực sự của Shin là gì?