Ölümü birçok kez haksız yere aldatmış gibi hisseden ve hayatta kalan Kamikaze pilotu Shikishima, Odo Adası'nda birçok savaş uçağı mühendisiyle birlikte devasa bir canavarın saldırısına uğrar. Shikishima'nın canavarın dikkatini dağıtmayı başaramaması nedeniyle mühendisler öldükten sonra, özellikle de geri döndüğünde evine evsiz bir kadın ve bir bebek taşındıktan sonra, ezici bir suçluluk duygusuna kapılır. Artık kişisel bir görevde olan Shikishima, Godzilla olarak bilinen canavarı nihayet alt etmek için büyük bir gazi grubuyla işbirliği yapar.