一年戰爭時期的賈布羅防禦戰之後，地球聯邦軍為了奪取吉翁地球軍的所在地敖得薩，展開了一場大規模的反攻行動。主人公阿姆羅·雷與「白色基地」號的成員們在行動開始前前往貝爾法斯特進行補給。途中，他們接到了一個掃除殘留敵軍勢力所駐留島嶼「不歸之島」的任務。阿姆羅等人登島進行搜索時發現島上都是本不應該在那的孩子以及一架薩克。在與薩克的戰鬥中落敗的阿姆羅，被自稱庫克羅斯·德安的男人救起。 雖然是吉翁公國軍的一名逃兵，德安卻將戰爭孤兒們隱藏起來遠離戰爭。然而島上隱藏著的一個重大的秘密引得吉翁公國軍將軍馬·克貝下令德安以前的戰友南十字部隊出擊德安的小島。為此，德安決意不再逃避過去，阿姆羅也受到德安的啟發，與德安所守護的島上的孩子們一起迎來德安的最後一戰。