Kun terroristien pommi tuhoaa rakennuksen Dallasissa, Teksasissa joutuvat FBI:n agentit Fox Mulder ja Dana Scully selvittämään uransa vaarallisinta ja uskomattominta salaliittoa. Vainoharhaisen professorin avustuksella Mulder ja Scully vaarantavat tulevaisuutensa ja henkensä metsästäessään mahdollisesti ulkoavaruudesta kotoisin olevaa tappavan vaarallista virusta, joka voi tuhota kaiken elämän maapallolta. He saavat vastaansa salaperäisen Syndikaatin, jonka vallankäyttäjät eivät kaihda mitään keinoja turvatakseen salaisuutensa. Agentit seuraavat jälkiä Teksasin luolasta FBI:n salattuihin suojiin ja lopulta ikuisen jään peittämälle Etelänapamantereelle, jonne on kätketty salaisuuksista suurin.