Punkkisota kertoo globaalista punkkitautiepidemiasta. Dokumenttielokuvassa ohjaaja Berghäll etsii vastausta siihen, miksi globaalia punkkitautiepidemiaa ei pysäytetä ja miksi maailma kieltää epidemian todellisen vakavuuden. Henkilökohtaiseksi tarinan tekee se, että Joonas sairastaa itse vakavaa kroonista borrelioosia. Joonas Berghäll matkustaa elokuvassa Saksaan, Yhdysvaltoihin, Italiaan ja Ranskaan tautiin sairastuneiden ihmisten luokse, jotka kukin painivat sairauden parissa. Hän tapaa matkallaan useita kohtalotovereitaan, paikallisia lääkäreitä sekä maailman johtavia asiantuntijoita. Hän kuulee pysäyttäviä tarinoita, selvittää parannuskeinoja sairauteen ja etsii kiihkeästi vastausta siihen, miksi globaalin punkkitautiepidemian pysäyttämiseksi ei toimita maailmalla tehokkaammin.