经历了严苛的训练和各种危险的救援任务，仙崎大辅（伊藤英明 饰）和伙伴吉冈哲也（佐藤隆太 饰）已经成为足以独当一面的优秀海猿战士。此时，他们正在第十管区鹿儿岛航空基地机动救难队进行集训，而伊泽环菜（加藤爱 饰）借助工作调动的机会驱车20小时来到鹿儿岛，只为向仙崎要一个订婚的承诺。与此同时，一艘豪华游轮撞上货船后搁浅，正在执行训练任务的海猿战士迅速前往救援。船上旅客众多，事故情况复杂，各种意外情况层出不穷。在有限的时间内，仙崎和伙伴们能否让所有遇难乘客成功脱险？

　　本片由小森阳一取材、佐藤秀峰创作的漫画作品《海猿》改编。

續集中的主角仙崎因歷經了一次次的救難行動而有所成長，但心中卻也產生了許多的不確定感，因而和女友環菜 漸漸有了隔閡。就在這個時候，消息傳出鹿兒島海面的渡輪發生了動大觸礁事故，仙崎及隊員等人急忙趕往現場， 發現海水已經開始以驚人的速度灌入傾科的船隻。而9層樓高的船內還裝載著195台車輛，稍不小心就會引起爆炸， 再加上船上緊急救難設備早已破損不堪使用，致使船上620名乘客全陷入極大的恐慌之中！！四小時後，船隻開始 沉沒，抱著絕不放棄的精神，仙崎主動要求前往最危險的前線救援。但仙崎的聲聲呼喚，卻逐漸消失在爆炸聲中…

水流號除役後，船員都各散東西，仙崎大輔與吉岡哲也一同編往鹿兒島機動救難隊。伊沢環菜到鹿兒島希望與仙崎大輔談論婚禮的事宜，但仙崎大輔卻表示仍未有結婚的打算，令環菜感到失望，並乘搭遊輪離開。恰巧，她乘搭的船觸礁入水，更有機會沉沒；仙崎奉命到場協助救緩，遇到環菜，並說下一句：我會最後一個離開。此句說話令到岸後的環菜擔心不已。水流號潛水隊隊長下川嵓調往霞關後（晉升為三等海上保安監，相當於海軍中校階層），被指令擔任此次災難的控制主任，協助仙崎離開將要沉沒的船隻。

A small team of Coast Guard divers, including Daisuke, rappels onto the ship from a helicopter and begins to evacuate the panicked passengers. Then Daisuke finds a familiar face - Kanna. They had a tiff the night before about their wedding plans - Kanna had already made her dress, while Daisuke was still reluctant to propose - and she left for Tokyo, feeling like a fool. Now she see Daisuke in a different, more heroic light - but before they can properly reconcile, she has to evacuate, while Daisuke searches for stray passengers.

Une petite équipe de plongeurs des garde-côtes, dont Daisuke, descend en rappel sur un navire depuis un hélicoptère et commence à évacuer les passagers paniqués. Daisuke retrouve alors un visage familier, celui de Kanna. La veille, ils se sont disputés au sujet de leurs projets de mariage - Kanna avait déjà préparé sa robe, tandis que Daisuke hésitait encore à la demander en mariage - et elle est partie pour Tokyo, se sentant comme une idiote. Aujourd'hui, elle voit Daisuke sous un jour différent, plus héroïque. Mais avant qu'ils puissent se réconcilier, elle doit évacuer dans l'avion, tandis que Daisuke recherche les passagers égarés.

潜水士として成長した仙崎（伊藤英明）は、鹿児島・第十管区で吉岡（佐藤隆太）たちと任務に就いていたが、ある日、鹿児島沖3キロで乗員・乗客620名を乗せた大型フェリー船座礁の一報を受ける。船内に積まれた車に引火すれば未曾有の大惨事は免れないが、その船には、仙崎の恋人である環菜（加藤あい）も偶然乗り合わせていた。

잠수사가 된 지 만 2년. 해상보안관이 된 센자키 다이스케는 가고시마 제10관구로 옮겨와, 기동구조대원으로서 해난구조의 최전선에서 일하고 있었다. 한편 연인 이사와 칸나와는 장래를 생각하면서 원거리 연애 중이었다. 다양한 경험을 하면서 훌쩍 성장한 다이스케지만 성장하면서 가지게 된 새로운 고민도 있다. 바로 그것이 원인이 되어 칸나와의 사이도 삐걱거려 마음이 복잡하기만 하다.그런 상황에서 가고시마만 3km 지점에서 대형 페리호 클로바가 좌초되는 사건이 발생한다. 파트너인 요시오카 테츠야를 비롯해 동료들과 함께 현장으로 달려간 다이스케는 그곳에서 놀랄만한 상황을 목격한다. 빠른 속도로 물에 잠기며 기울어지고 있는 선체. 9층 빌딩 높이에 해당하는 배 안에는 195대의 자동차가 실려 있어서 불이 붙으면 폭발할 위험도 있다. 게다가 비상용 시스템은 모두 파괴된 상태. 그리고 당황해 우왕좌왕하고 있는 620명의 승객들. 그곳에는 우연히 배에 타게 된 칸나도 포함되어 있었다.최악의 상황에서 이제 다이스케의 구조 작전이 시작된다.