Sinterklaas en de Verdwenen Pakjesboot neemt jong en oud mee op een spannend avontuur dat begint in Spanje, op het kasteel van Sinterklaas. Als Sinterklaas en Diego op een ochtend in de haven van Spanje aankomen, blijkt de pakjesboot al weg te zijn. Daarmee begint een race tegen de klok om de boot op tijd in te halen. Dat valt niet mee, want door toedoen van de boeven Joris en Boris zijn de pieten al een dag eerder naar Nederland vertrokken. Ook de kapitein van de pakjesboot denkt dat Sinterklaas gewoon aan boord is. De problemen stapelen zich als cadeautjes op als uitkomt dat twee kinderen zich aan boord verstopt hebben en zo per ongeluk meevaren naar Nederland. 'Sinterklaas en de Verdwenen Pakjesboot' is opnieuw een leuk en superspannend Sinterklaasavontuur. Het verhaal begint aan de Spaanse kust en neemt ons mee door Spanje, België en Nederland met als eindstation de intocht van de pakjesboot in het mooie plaatsje Zuiderzee.

De pakjesboot vertrekt zonder Sinterklaas. Sinterklaas moet in een race tegen de klok de pakjesboot inhalen, het opnemen tegen boeven en zorgen dat de kinderen hun cadeautjes krijgen.