Matka salaiselle saarelle saa alkunsa, kun nuori Sean Anderson vastaanottaa signaalin salaperäiseltä saarelta, joka sijaitsee paikassa, jossa ei kartan mukaan ole maata lainkaan. Sean päättää lähteä tutkimaan, mistä on kysymys ja kun hänen uusi isäpuolensa Hank ei pysty estämään poikaansa, lähtee hän Seanin mukaan. Paikan päällä heitä odottaa kuin odottaakin saari. Eikä mikä tahansa saari, vaan paikka, jossa kummalliset elämänmuodot, kultavuoret, tappavat tulivuoret ja useampi kuin yksi salaisuus odottavat löytäjäänsä.