宫藤芳佳于人类的防卫线“第501统合战斗航空团”入伍！ …但是，重要的敌人·涅洛伊迟迟不来。 于是大家过着非战斗，而是忙于做饭洗衣的日常。 有时被充满个性的队员们折腾，有时会吐槽，有时做后援，如此的芳佳和愉快的魔女们的奇怪日常就此开始！

宮藤芳佳在摧毀涅洛伊巢穴的戰鬥中失去了魔力。 501部隊解散後，她回到家鄉扶桑，久違地過上了平靜的生活，但在前上司坂本等人的安排下，她決定出國留學，去歐洲的一所醫學院學習。 宮藤與坂本在海軍學院的學生服部静夏再次前往歐洲。 同時，前501部隊的成員分散在各地，過著各自的生活，但在宮藤返回歐洲並出現新的尼羅伊跡象後，他們又開始聚集。 這時，強大的涅洛伊出現在正在歐洲旅行的宮藤和静夏面前，宮藤陷入了有史以來最大的危機。 原501部隊成員能否安全營救宮藤等人？！

After the 501st is disbanded, Miyafuji spends her days at home, slacking off and doing nothing. But when she gets the call to go back to Europe, it's time to bring the whole gang together again!

ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。５０１部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで欧州の医学校へ留学する事になる。海軍兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一緒に再び欧州へ向かう宮藤。一方、かつての５０１部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんな時、欧州を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう。元５０１部隊の仲間たちは、無事に宮藤たちを救い出す事ができるだろうか──!?